Одержавши рукопис з ЛНВ і не полишаючи думки в майбутньому надрукувати свій твір повністю, Леся Українка спробувала дещо пристосувати його до цензури, звернувши особливу увагу на місця, пов’язані з гострою критикою християнства і релігії. Не псуючи свого рукопису, вона поробила деякі купюри; нові варіанти написала на окремих смужках паперу і приклеїла їх до країв рукопису; автокупюри, що не мали варіантів, обережно заклеїла чистим папером, який закривав тільки попередній текст. Таким чином, текст всієї драми був збережений і став основою для повного її друкування вже в радянський час.
Леся Українка не раз поверталася думками до драми; дбаючи про історичну достовірність, вона ще в червні 1911 р. думала щось уточнити чи змінити в ній. Після опублікування «скаліченої» драми вона пише сестрі Ользі 27.Х 1911 р. з Хоні: «...забери «Руфіна і Прісціллу»... колись, може, сей рукопис буде потрібний, як буде нагода видати сю річ з непопсованим текстом, на що я не трачу надії». Навіть через рік, коли чергова спроба провести п’єсу через драматичну цензуру в Петербурзі не вдалася (див. журн. «Рідний край», 1912, № 7, стор. 23), Леся Українка 5.Х 1912 р. писала сестрі Ользі: «Мені здавалось, що я не смію вмерти, не скінчивши «Руфіна і Прісціллу».
З гірким почуттям писала Леся Українка і матері 25.ХІІ 1912 р. про «скалічену» драму, яку вона мусила підписати своїм власним іменем: «Невідомо, що тяжче, чи підписуватися ініціалами, чи підписувати своїм повним іменням річ свідомо скалічену, як це трапилося з «Руфіном і Прісціллою». Там автор сам калічив (і з яким болем!), сам і підписуватися мусив...»
Тільки через сорок років М. С. Возняк у праці «Свідомо скалічена драма Лесі Українки» опублікував за чистовим автографом вилучені з тексту драми місця та редакційні скорочення («Літературно-критичний збірник», Львів, 1951, стор. 52—77).
Вперше повністю за чистовим автографом (ф. 2, № 802) драма була опублікована в другому томі п’ятитомного видання 1951 р.
Між чистовим і чорновим автографами є великі відмінності. Чорновий автограф являє собою текст з численними авторськими поправками, закресленнями, варіантами окремих сцен, писаними чорним чорнилом, олівцем, а потім виправлених чорним і червоним чорнилом. У чорновому автографі зберігається аркуш, на якому Леся Українка записала назву планованої дилогії — «Великі роздоріжжя. Драматична поема в двох образах». Перший образ циклу мала скласти драма «Руфін і Прісцілла». Оскільки друга частина дилогії не була написана, в чистовому автографі ця загальна назва знята. У процесі роботи значних змін зазнав образ самої героїні, була перекомпонована перша дія, скорочені окремі монологи і діалоги, змінена кількість дійових осіб, знято деякі персонажі (Арістобал, Валерія, Альбіна), змінено ім’я Амрітіс на Нофретіс та ін.
Чистовий автограф відтворює текст чорнового з врахуванням останніх поправок, зроблених у ньому червоним чорнилом. Проте і в чистовому автографі є також чимало закреслень і поправок, варіантів окремих рядків, ремарок, реплік, діалогів та ін. Зберігаються окремі сторінки, розрізані на невеликі клаптики, які засвідчують перекомпонування сцен після повернення рукопису з ЛНВ. Є також сліди роботи редактора ЛНВ — закреслення і підкреслення червоним і синім олівцями, вказівки на те, які місця необхідно зняти у п’єсі (саме ці рядки у ЛНВ не друкувались) .
В чистовому автографі бракує кількох сторінок кінця четвертої дії, від слів Прісцілли:
Та хіба ж усі
такі, як той клієнт, умом убогий?..
Вони збереглись у чорновому автографі і збігаються з текстом, надрукованим у ЛНВ.
Переписуючи начисто драму, Леся Українка вносила деякі зміни, скорочувала, редагувала окремі місця, ущільнювала текст. Так, уже в чистовому автографі була закреслена частина слів Руфіна з другої дії:
Руфін Мені прийшлось сидіти близенько від Кріспіна Секста й чути, як він, сп’янівши, голосно занадто прошепотів до свого «друга» Крусти,—
далі йшло:
пройдисвіта відомого: «Сьогодні я пом’яну свою покійну жінку і наловлю кількадесят «святих», щоб згодом їх відправити на той світ — все ж веселіше буде їй, небіжці!»
Закреслено також кілька діалогів з п’ятої дії, які уповільнювали розвиток сюжету. Після слів:
1-й табулярій Я того не розібрав!
Вони й самі, либонь, того не тямлять..,
далі йшло:
Римлянин в далматиці
Ти не знавш, хто та чорнява молоденька? Якось я не почув, як викликали ймення.
Клієнт заклопотано поглядає на сусіда.
Багатий плебей
Я знаю, то Негріна, в неї батько багатий крамар, пурпуром торгує, така неслава! А родина чесна...