Робота над другим томом розпочалася, на думку Ю. Манна, ще 1840 р. (Манн Ю.В. В поисках живой души: «Мертвые души». Писатель — критика — читатель. — М.: Книга, 1984. — С. 173). Так, у листі до М. Погодіна від 28 грудня 1840 р. письменник свідчив: «…займаюся переправленнями, виправленнями і навіть продовженням “Мертвих душ”, бачу, що предмет стає глибшим і глибшим» (XI, 325), а в листі до С. Аксакова від 5 березня 1841 р. Гоголь висловлював сподівання, що для закінчення «Мертвих душ», які, за його задумом, мали складатися з трьох томів (подібно до трьох частин «Божественної комедії» Данте), йому потрібно «ще три роки» (XI, 330).
Із листів письменника цього періоду стає відомо, що можливість продовження поеми він пов’язував із власним самовдосконаленням: «Твори мої так тісно пов’язані з духовною самоосвітою і таке мені потрібно до того часу перенести внутрішнє сильне виховання душевне, глибоке виховання, що не можна і сподіватися на швидку появу моїх нових творів» (XII, 222). У 1843 р., за версією П. Анненкова, Гоголь спалює написані розділи: «Якщо не можна з достовірністю говорити про цілісне знищення рукопису другого тому в цей час, то, здається, можна припустити його цілісну переробку, що прирівнюється до знищення» (Анненков П.В. Литературные воспоминания. — С. 124). Скарги письменника на занепад творчих сил, на погіршення здоров’я також яскраво помітні в листах цих років.
Перше спалення рукопису другого тому поеми сталося в липні 1845 р. Тоді вцілів один зошит з останньою главою першої редакції. У «Чотирьох листах до різних осіб з приводу “Мертвих душ”» (1847) Гоголь зізнавався: «Поява другого тому в тому вигляді, в якому він був, спричинила б скоріше шкоду, ніж користь. Потрібно брати до уваги не насолоду якихось любителів мистецтв і літератури, але всіх читачів, для яких писалися “Мертві душі”. Змалювання декількох прекрасних характерів, що виявляють високе благородство нашої породи, ні до чого не приведе. Воно розпалить тільки одну даремну гордість і хвастощі… Ні, буває час, коли не можна інакше спрямувати суспільство або навіть все покоління до прекрасного, поки не покажеш всієї глибини його справжньої мерзоти; буває час, що навіть зовсім не слід говорити про високе і прекрасне, не показавши тут же ясно, як день, шляхів і доріг до нього для кожного. Остання обставина була мало і слабо розвинута в другому томі “Мертвих душ”, а вона повинна була бути чи не головною; ось тому він і спалений» (VIII, 298).
Після спалення Гоголь призупиняє роботу над другим томом поеми і видає «Вибрані місця із листування з друзями». Книга побачила світ на самому початку 1847 р.
Давно помічено дослідниками зв’язок між другим томом і «Вибраними місцями». Ю. Барабаш резонно зазначає, що «все “Листування”, взяте в цілому, було такою передмовою» до другого тому (Барабаш Ю. Гоголь: Загадка «Прощальной повести»: («Выбранные места из переписки с друзьями». Опыт непредвзятого прочтения). — М., 1993. — С. 258).
«Вибрані місця» є спробою викладу комплексу ідей, тієї позитивної програми, яка мала бути втілена в художній оповіді другого тому. Це ті засади ідеального світу, що мали привести до спасіння «мертвих душ». Апостольські листи-послання з «Вибраних місць» Гоголя накреслюють обриси нового світу, коли і мало наступити Воскресіння. Однак другий том лишився в центрі уваги письменника, потребуючи всіх його творчих зусиль.
У листі до С. Аксакова від 28 серпня 1847 р. Гоголь пише: «Побачивши, що ще не скоро я упораюся з моїми “Мертвими душами” <…> я поспішив заговорити про ті питання, які мене захоплювали і які готувався розвинути або створити в живих образах і особах» (XIII, 374). Робота над другим томом в основному полягала в збиранні матеріалу. 18 листопада 1848 р. Гоголь у листі до О. Смирнової пише: «…починаю серйозно обдумувати ту працю, для якої дав Бог засоби і сили» (XIV, 97), а восени 1849 р. повідомляє В. Жуковського, що «…скотина Чичиков ледве дістався до половини своїх мандрувань» (XIV, 152).
Гоголь настільки переживав за успіх своєї справи, що на створення поеми адаптував молитву, надіслану О. Іванову ще 12 січня 1847 р. (Памяти В.А. Жуковского и Н.В. Гоголя. — Вып. 3. — СПб., 1909. — С. 10‒11), тим самим віддаючи своє творіння під руку Всевишнього. Входячи в останній рік свого життя, він молитовно закликав: «Боже благослови! Хай з’явиться в наступному році визрілий і повний плід!» (с. 11). Серед іншого у молитві є й таке: «Ти поселив у мені й першу думку, ти зростив її, зростив і мене самого, а тому даси завершити, возводячи все во спасіння моє, піднімаючи і гоніння ворогів часті на звернення до тебе і на отримання сильної любові до тебе» (с. 10).