16 грудня 1850 р. у листі до В. Жуковського Гоголь пише, що робота «близька до закінчення» (XIV, 215). С.Т. Аксаков свідчив у листі до С. Шевирьова, що Гоголь збирався «не друкувати другого тому, що в ньому все нікуди не годиться і що треба все переробити» (Из бумаг Степана Петровича Шевырева // Русский архив. — 1878. — № 2. — С. 54). У той же час Л. Арнольді згадував, що чув від Гоголя, ніби другий том поеми «зовсім закінчений» (Арнольди Л.И. Указ. соч. — С. 491).
Важливими є спогади духівника Гоголя протоієрея Матвія Константинівського, якому письменник у 1852 р. показував рукопис другого тому поеми: «Гоголь показав мені декілька розрізнених зошитів з написами: глава, як зазвичай він писав главами. Пам’ятаю на деяких написи: глава I, II, III, потім, мабуть, VII, а інші без означення; просив мене прочитати й висловити свою думку. Я відмовлявся, кажучи, що я не оцінювач світських творів, але він наполегливо просив, і я взяв і прочитав… Повертаючи зошити, я був проти публікації деяких з них. В одному чи двох зошитах був описаний священик. Я був проти публікації цих зошитів, навіть просив знищити. В іншому зошиті були начерки… але начерки якогось губернатора, яких не буває. Я радив не публікувати і цей зошит, сказавши, що висміють за нього навіть більше, ніж за Листування з друзями…» (Цит. за кн.: Воропаев В.А. Николай Гоголь: Опыт духовной биографии. — М., 2008. — С. 229‒230).
10 лютого 1852 р. Гоголь попросив О.П. Толстого передати рукописи митрополиту Філарету, щоб той вирішив, що варто друкувати після смерті письменника. Толстой, як відомо, відмовився, щоб не підтримувати Гоголеві думки по смерть.
За десять днів до смерті Гоголь у присутності слуги Семена спалив частину рукописів. «У ніч проти вівторка (з 11-го на 12-е лютого) він довго молився один у своїй кімнаті. У три години покликав хлопчика і запитав, чи тепло в іншій половині покоїв. “Свіжо”, — відповів той. — “Дай мені плаща, ходімо, мені потрібно там розпорядитися”. І він пішов, зі свічкою в руках, хрестячись у кожній кімнаті, крізь яку проходили. Прийшовши, звелів відкрити трубу, якомога тихіше, щоб нікого не розбудити, і потім подати з шафи портфель. Коли портфель принесли, він вийняв звідти жмут зошитів, перев’язаних тасьомкою, поклав його в піч і запалив свічкою зі своїх рук. Хлопчик, здогадавшись, впав перед ним на коліна і сказав: “Пане! Що це ви? Перестаньте!” — “Не твоє діло, — відповів він. — Молися!” Хлопчик почав плакати і просити його. Між тим вогонь згасав після того, як обгоріли кути зошитів. Він помітив це, вийняв жмут із печі, розв’язав тасьомку і уклав аркуші так, щоб легше було зайнятися вогню, запалив знову і сів на стільці перед вогнем, чекаючи, поки все згорить і зітліє. Тоді він, перехрестившись, повернувся до своєї кімнати, поцілував хлопчика, ліг на диван і заплакав» (Погодин М.П. Кончина Гоголя // Гоголезнавчі студії. — Вип. 9. — Ніжин, 2002. — С. 104‒105).
Які саме Гоголь спалив рукописи, достеменно невідомо. До цих пір це все у сфері здогадок. Нема й достовірних свідчень того, чи письменник закінчив другий том «Мертвих душ» (див.: Чижов В.П. Последние годы Гоголя// Вестник Европы. — 1872. — № 7. — С. 448; Кулиш П. Записки о жизни Николая Васильевича Гоголя, составленные из воспоминаний его друзей и знакомых и из его собственных писем: В 2 т. — СПб., 1856. — Т. 2. — С. 262).
Третій том Гоголь не розпочинав. С. Гончаров, реконструюючи зміст третього тому, зазначає: «Можна передбачити, що третя частина розгорталась би як релігійно-патріархальна утопія, що поєднувала сюжетну сповідь зі ще більш розвинутим і цілісним проповідним началом» (Гончаров С.А. Творчество Гоголя в религиозно-мистическом контексте. — С. 257).
Більш-менш вірогідним бачиться місце дії третього тому, реконструйоване за опосередкованими деталями. Так, Сибір кілька разів згадується у заключній главі першої редакції, у другому томі до Сибіру висилають Тентетникова. Слідом за ним туди рушає й Улінька. У статті «Предмети для ліричного поета в нинішній час», звертаючись до М. Язикова, Гоголь писав: «О, якщо б ти міг сказати йому те, що має сказати мій Плюшкін, якщо дістануся до третього тому “Мертвих душ”!» (VIII, 280). За гіпотезою О. Веселовського, яку поділяв В. Гіппіус, Плюшкін «мав перетворитися на безсрібника, який роздає майно бідним» (Гиппиус В. Гоголь. — Л.: Мысль, 1924. — С. 175, 233). Це теж, на погляд Ю. Манна, доказ ймовірності сибірського топосу: «…путь мандрівця з посохом жебрака міг і його (Плюшкіна) привести до сибірського краю» (Манн Ю.В. В поисках живой души. — С. 322). О.М. Бухарев (архімандрит Феодор), автор «Трьох листів до М.В. Гоголя, писаних у 1848 році», даючи свою версію ймовірного розвитку подій, звернувся за підтвердженням до автора: «Пам’ятається, коли дещо прочитав я Гоголю із мого розбору “Мертвих душ”, бажаючи тільки познайомити його з моїм способом розгляду цієї поеми, то і його прямо запитав, чим саме повинна закінчитися ця поема. Він, задумавшись, виказав своє затруднения висловити це докладно. Я відказав, що мені тільки треба знати, чи оживе, як чекається, Павло Іванович? Гоголь, ніби з радістю, підтвердив, що це неодмінно буде і оживленню його прислужиться прямою участю сам цар, і першим подихом Чичикова до істинного несхибного життя має закінчитися поема. На питання архімандрита Феодора, чи воскреснуть інші герої другого тому, Гоголь посміхаючись, відповів: “Якщо захочуть”» (Бухарев А.М. Три письма к Н.В. Гоголю, писанные в 1848 году // Гоголь в русской критике: Антология. — М.: Фортуна ЭЛ, 2008. — С. 142).