В начале XX века, когда многие положения теории были обнародованы и подкреплены доказательствами, венская ученая братия отнеслась к ним с глубочайшим презрением и негодованием. Возмущались все совершенно искренне, приятно чувствуя свою правоверность и правильность. Фрейд оставался в полной изоляции от научного мира с 1896 по 1902 год. Это не означает, что он не пишет и его не публикуют. В этот период выходят статьи Фрейда, в которых явно видно его мировоззрение и разрабатывается его теория: «Наследственность и этиология неврозов» (1896), «Сексуальность в этиологии неврозов» (1898), «Психический механизм забывчивости» (1898).
В конце 1890-х годов Фрейд перенес тяжелый нервный срыв, вызванный агонией и смертью его отца и потерей интереса к сексу после рождения его последнего ребенка. В процессе анализа тяжелых снов и даже кошмаров, преследовавших его в то время, он начал пользоваться психоанализом, этим «говорящим лечением», которое было впервые разработано и применено его учителем Джозефом Брейером. На протяжении последующих 40 лет жизнь Фрейда протекала в обстановке домашней стабильности и великих научных достижений. Позже, уже признанным ученым читая в США лекции по психоанализу, он охарактеризовал некоторые приведенные в качестве примера бессознательные стремления своих пациентов как «отвратительно эгоистические». Описывая в своих многочисленных работах эдипов комплекс, краеугольный камень страданий человека, он употребляет слова «преступное желание» и т. д. Надо было приноравливаться к языку эпохи.
Раз «вытесненная сексуальность», значит, по самому же Фрейду, истоки этой теории надо бы искать в жизни самого автора психоанализа. А жизнь Фрейда давала мало тем для этого. Лет десять брак Фрейдов был совершенно счастливым. Отец психоанализа, которого обвиняли в пропаганде греха, свободных браков и возврата к первобытному состоянию, проявлял необычайную щепетильность в вопросах супружеской верности. Но после рождения шести детей Зигмунд был слишком озабочен проблемой контролирования рождаемости, чтобы сохранить нежную привязанность к жене. А тут еще к ним переехала жить Минна Верней, сестра Марты. И Фрейд, рассудив, что никаких обещаний жене относительно ее сестер не давал, позволил себе увлечься. «Минна очень похожа на меня самого: мы оба неуправляемые, страстные и не очень хорошие люди», — мучился Фрейд. Впрочем, очень скоро он, по его собственному признанию, вообще потерял интерес к практической стороне секса. Зато теоретической стороной увлекся страстно… Карл Густав Юнг, швейцарский врач и в течение некоторого времени ученик Фрейда, вспоминал, как во время бесконечных бдений на пароходе по дороге в США в 1909 году Фрейд убеждал его: «Мой дорогой Юнг! Обещайте мне, что вы никогда не откажетесь от сексуальной теории! Мы должны сделать из нее догму, неколебимый оплот против оккультизма!». Юнг удивлялся: «Когда вы говорите о вашей сексуальной теории, ваша речь становится нездорово возбужденной. Право, я начинаю беспокоиться за вас…»
Вскоре после смерти отца Фрейд познакомился и подружился с Вильгельмом Флиссом, крупным берлинским специалистом по болезням уха, горла и носа. Они очень привязались друг к другу, часто обменивались письмами и встречались для «проведения съездов», как они сами называли эти встречи. Фрейд писал: «Я с огромным нетерпением ожидаю нашу следующую встречу… Жизнь моя тосклива… Только встреча с тобой может заставить меня вновь почувствовать себя лучше». Флисс очень бережно и заботливо относился к своему другу. Он попытался отучить Фрейда от привычки выкуривать по 20 сигар в день. Фрейд и сам, кстати, утверждал, что курение, употребление наркотиков и азартные игры — лишь тщетная попытка подмены «первобытной привычки» — мастурбации. Во время одного из их «съездов» Фрейд упал в обморок. Позже он так отозвался об инциденте: «Основой всего этого является какое-то неконтролируемое гомосексуальное чувство». Дружеские отношения с Флиссом прекратились в 1903 году, главным образом из-за реакции Фрейда на выдвинутую Вильгельмом теорию всеобщей бисексуальности. Вначале Фрейд отверг эту теорию, а затем стал утверждать, что она впервые была выдвинута им самим, и решил написать на эту тему большой научный труд. Фрейд полагал, что каждая личность бисексуальна, и даже заявил: «В любом сексуальном акте участвуют четыре самостоятельные личности». Сейчас мы смотрим на это несколько по-другому, зная, что мужские и женские половые гормоны вырабатываются людьми обоих полов, но в разных количествах.