Холодным мартом 1938 года немецкие войска бескровно заняли Австрию. К 14 марта в стране было более 100 тысяч фашистских солдат, за которыми последовали 40 тысяч работников тайной полиции производить аресты. К этому году около 2200 немецких евреев уже оказались в концентрационных лагерях, таких как Дахау и Бухенвальд, в качестве «асоциальных типов». Глава австрийской ветви Ротшильдов, барон Луи де Ротшильд, убежать не успел. Его банк в Вене работал до самого 11 марта. Зигмунд Фрейд убежать не успел. Ротшильда узнал в венском аэропорту офицер СС и конфисковал его паспорт, потом он сам был арестован и помещен в тюрьму. И вот теперь, когда фашисты вошли в Вену, Фрейду без всяких аллегорий грозило быть разгромленным и сожженным. Его посадили под домашний арест, а имущество конфисковали. Дочь Анну вызвали на допрос в гестапо. Она боялась пыток и положила в карман яд. К счастью, не пригодился.
После аншлюса Австрии Гитлером Фрейд фактически становится узником еврейского гетто. Его четыре сестры позже погибают в газовых камерах.
В этот период судьбы культуры, религии, цивилизации привлекают Фрейда. Его мировоззрение окрашивается в скептические и пессимистические тона. Он не стремится вырваться из венского гетто, где провел всю жизнь. Англия пока официально была в мире с Германией, и английские психоаналитики могли навещать Фрейда в Вене. Прилетевший из Лондона в Вену ученик и один из ближайших друзей ученого Эрнст Джонс настойчиво пытался убедить его покинуть страну, где бесчинствовали нацисты. А он отвечал: «Австрия — мой дом». Как-то в ответ на очередные уговоры Джонса эмигрировать Фрейд возразил: «Я не могу покинуть мою родную страну. Это было бы равносильно дезертирству». Только поддавшись уговорам друзей, имея в виду возможность лечения, он с семьей переезжает в Лондон. Семью Фрейда спасла его мировая слава. Мари Бонапарт подняла на ноги американских послов в Австрии и во Франции, испанского короля и датскую королеву, президента Рузвельта и диктатора Муссолини (оказалось, Фрейд лечил кого-то из родственников Дуче). В конце концов нацисты согласились отпустить Фрейда из Австрии, но за выкуп. А поскольку имущество у него отобрали, выкуп за Зигмунда, Марту и Анну — 100 тысяч австрийских шиллингов — заплатила Мари Бонапарт.
Выпуская Фрейда на свободу, фашисты потребовали от него написать предусмотренный формой документ о том, что в гестапо с ним хорошо обращались: «Я, профессор Фрейд, подтверждаю, что после присоединения Австрии к немецкому рейху власти обходилось со мною почтительно, и я не имею ни малейших претензий к существующему режиму». Перед тем как подписать, Фрейд позволил себе сострить: «Нельзя ли добавить от себя: мол, обещаю всем и каждому наилучшим образом рекомендовать гестапо?» К счастью, обошлось без последствий.
14 июня 1938 года Фрейд покинул Вену — город, в котором он прожил 78 лет. В Париже Фрейда торжественно встречали принц Георг и Мари Бонапарт. От ступенек вагона до «роллс-ройса» постелили красную бархатную ковровую дорожку — некогда по ней ступал Наполеон Бонапарт, возвратившийся в Париж после победы под Аустерлицем. Вскоре Фрейда с семьей отправили в Лондон, в дом на Маресфилд-Гардене. Но прожил он там чуть больше года…
Эмигрировав в Англию, Зигмунд Фрейд очень болезненно переживал свой вынужденный отрыв от немецкого языка и австрийской культуры, которые он считал родными. Несколько дней спустя после приезда в Лондон, 11 июня 1938 года, он писал французскому психоаналитику Раймонду де Соссюру: «…Возможно, вы обратили внимание на мучительные переживания эмигранта. Можно сказать лишь одно: утрата языка, которым он жил и мыслил и который, несмотря на эмпатию и сопереживание, никогда не способен заменить другой. Я замечаю, как в английском языке обычные термины обманывают меня и как даже It [Es] оказывает сопротивление обычному готическому шрифту». Здесь под It [Es] Фрейд понимает свое собственное бессознательное, которое оказывает непроизвольное сопротивление латинскому шрифту в английском языке.