Фактически в руках Каммлера оказалось сосредоточено руководство всей военной программой «V‑2»: от производства ракет «Фау» до их размещения и ведения наступательных действий против Великобритании и Нидерландов.
31 января 1945 года Каммлер был назначен руководителем всех ракетных проектов III Рейха – и оборонительных и наступательных, а также стал уполномоченным руководителем фюрера по разработке реактивных двигателей. Уже 6 февраля Адольф Гитлер с формулировкой «пожизненно» назначил Ганса Каммлера куратором производства всего воздушного вооружения Германии. А с 13 февраля 1945 года он возглавил так называемый «спецштаб Каммлера» («Sonderstab Kammler»), отвечавший за все высокотехнологичные военные разработки III Рейха.
В начале апреля 1945 года, когда Советская Армия находилась уже на подступах к Берлину, Гитлер и Гиммлер передали под прямое руководство Каммлера все секретные системы вооружения III Рейха, аналогов которым не было ни у одной из стран – участниц антигитлеровской коалиции. 3 апреля 1945 года Йозеф Геббельс сделал в своём дневнике следующую запись: «Фюрер вёл длительные переговоры с обергруппенфюрером Каммлером, который несёт ответственность за реформу люфтваффе. Каммлер справляется со своими обязанностями великолепно, и на него возлагаются большие надежды».
Последнее сообщение от Ганса Каммлера датировано 17 апреля 1945 года, когда тот из своего офиса в Мюнхене отправил сообщение Генриху Гиммлеру в штаб‑квартиру СС в Берлине с отказом предоставить «тяжёлый грузовик» с автомобильной базы авиазавода «Юнкерс». Как отмечает Ник Кук, это сообщение было отправлено по телетайпу и, согласно немецкой традиции передачи сообщений, предварялось буквами «GEZ» («gezeichnet» – «подписано»). Это означало, что отправитель сообщения действительно находился в том самом месте, о котором заявлял.
С 18 апреля 1945 года никаких документально зафиксированных упоминаний о 43‑летнем Гансе Каммлере не имеется.
Пять версий смерти Каммлера
9 июля 1948 года вдова Каммлера выступила с ходатайством об объявлении своего мужа погибшим. Суд берлинского района «Шарлоттенбург», основываясь на данном под присягой заявлении личного водителя Каммлера – Курта Преука (Kurt Preuk), который якобы лично видел труп Каммлера и присутствовал на его похоронах 9 мая 1945 года, вынес 2 сентября 1948 года официальное решение о признании Ганса Каммлера умершим.
В своих более поздних показаниях (от 16 октября 1959 года) Курт Преук заявлял, что Каммлер умер «около 10 мая 1945 года», но причина смерти обергруппенфюрера ему неизвестна.
Позднее, 7 сентября 1965 года, Хайнц Зеунер (Heinz Zeuner), бывший в годы войны адъютантом Каммлера, заявил, что его бывший шеф умер 7 мая 1945 года и что труп Каммлера был опознан самим Зеунером, его личным водителем Преуком и рядом других очевидцев, которые утверждали, что Каммлер 7 мая 1945 года отравился цианидами. Автор книги «Грубая ошибка…» Том Агостон, ссылаясь на помощника Каммлера – доктора Вильгельма Фосса, руководителя завода «Шкода» в чешском городе Пльзень, рассказывает, что Каммлер принял цианистый калий по дороге между Пльзенем и Прагой, но произошло это не 7, а 9 мая 1945 года. Таким образом, первая версия причины смерти Каммлера – он принял яд. Причем случилось это не в Мюнхене, а где‑то между Пльзенем и Прагой.
Вторая версия принадлежит всё тому же Хайнцу Зеунеру, который свидетельствовал, что Ганс Каммлер просил Зеунера, как своего адъютанта, застрелить его. Эта версия Зеунера практически сразу же вызвала сомнения. В ходе реализации программы денацификации (entnazifizierung), начатой союзниками сразу после окончания Второй мировой войны в рамках Потсдамских соглашений с целью избавления немецкого и австрийского общества от пережитков нацистского режима, Зеунер в феврале 1948 года на слушаниях по этому вопросу заявил, что он со 2 мая 1945 года находился в плену у американских оккупационных войск. Тем не менее Том Агостон замечает, что эта версия была отражена также в последней книге воспоминаний Альберта Шпеера. По воспоминаниям Шпеера, адъютант Зеунер застрелил Каммлера в Праге.
Третья версия смерти Каммлера заключается в том, что он сам выстрелил себе в голову 9 мая 1945 года. Произошло это в Праге или её окрестностях и, согласно версии, изложенной в книге Тома Агостона, выглядело так: обергруппенфюрер обратился с речью к своим соратникам, в которой освободил их от дальнейшего выполнения своих обязанностей и посоветовал расходиться по домам. После чего Каммлер ушёл в лес и застрелился.