Не будучи членом парламента, Мильтон обращается к публике через прессу. В 1641 году появляется его работа под заглавием «О реформации в Англии и причинах, которые препятствовали ей. Написано другу.» (Of Reformation in England, and the Causes that hitherto have Hindered it. Written to a Friend). Причин, которые препятствовали реформам, было много. Явное преимущество среди них было отдано деятельности епископов, чья любовь к почестям, пышности и власти излагаются Мильтоном как естественный результат того ложного положения в обществе, которое приписывается им, и которое обратило их в больших вредителей и искусителей вместо того, чтобы быть, соответственно их положению епископов, духовными пастырями церкви. Халл, епископ в Норвиче, выступил с защитой под заглавием «Уничижённая жалоба в пользу епископата» (Humble Remonstrance in Favour of Episcopacy), на что Мильтон незамедлительно ответил издав «Smectymnuus», с заглавием, представляющим комбинацию инициалов известных пуритан: англичан Стефана Маршала, Эдмунда Калами, Томаса Янга, Матью Ньюкоммена и шотландца Вильяма Спурстова. Архиепископ Ушер вмешался в полемику с изданием «Апостольского института епископата» (Apostolical Institution of Episcopacy). Мильтон ответил сразу двумя изданиями, «О епископате прелатов» (Of Prelatical Episcopacy) и «Причины церковного управления» (Reasons of Church Government). Епископ Халл издал свою вторую попытку защиты, «Жалоба» (Remonstrance), на что получил ответ Мильтона в «Критических комментариях» (Animadversions). В 1642 году полемика не угасала и на публикацию епископа Халла, «Скромное доказательство против постыдных сплетен и клеветы» (A Modest Confutation against a Sladerous and Scurrilous Libel) Мильтон ответил своей блестящей работой «Защита Smectymnuus» (Apology for Smectymnuus). Результатом этой пространной и страстной полемики стало изгнание епископов их палаты лордов, за этим последовало ограничение власти самого епископата как государственного института. Необходимо иметь в виду, однако, что Мильтон был не одинок в своей борьбе против епископов. Джон Пим, предводитель пуритан в палате общин парламента, был инициатором политической компании против епископов, поскольку они поддерживали короля и блокировали большинство законопроектов, принятых в палате общин. С изгнанием епископов из палаты лордов принятие законов, сформулированных пуританами и в своей основе направленных на обуздание королевской власти, не представляло более препятствий.
В 1643 году Мильтон заключил брак с Мэри Повелл, но не прошло и нескольких недель после их приезда в Лондон, как она получила письмо от родных с приглашением посетить их в Оксфорде. Мильтон попрощался с женой, и с тех пор он её больше не видел. Члены семьи Мэри была роялистами, и для многих, находящихся при дворе короля в Оксфорде, будущее монархии казалось обещающим лучезарные перспективы. Эти рассуждения заставили семью Повелл попытаться отряхнуть с себя любые связи, которые могли бы опорочить их репутацию. Не исключено и то, что и сами новобрачные совершили ошибку, заключая необдуманный брак. Даже если Джон Мильтон и был разочарован в своих ожиданиях, можно выразить в его защиту, что он был готов стоически отвечать за последствия: это был не Мильтон, кто пошёл на попятный, но Мэри Повелл, которая оставила его и нанесла Мильтону последующие оскорбления, как со стороны своей семьи, так и со стороны своих друзей-роялистов.
Следует упомянуть, что Джон Мильтон был женат три раза. Его второй брак обернулся счастливым, о чём красноречиво свидетельствует прекрасный сонет, написанный им в её честь. Со своей третьей женой Мильтон жил последние десять лет своей жизни, и эти годы также были отмечены любовью и заботой. Несмотря на твёрдое убеждение Мильтона о том, что сильный пол должен заботиться о слабом, можно также найти доказательства того, что он чувствовал признательность той прелести, которая лежит в женской природе, о чём свидетельствуют его поэтические описания Евы в «Потерянном Раю».
Относительно первого брака, Мильтон начал искать юридические пути выхода их него. В 1644 году он издаёт тезис, обращённый к парламенту, «Доктрина на тему развода» (The Doctrine and Discipline of Divorce). К этому времени партия пресвитериан пришла к власти в парламенте, так что идеи Мильтона были встречены в штыки. Мильтон был обвинён в деморализации общества и должен был предстать перед судом палаты лордов, однако в палате лордов господствовало другое мнение относительно развода, и Мильтон был отпущен, оправданный во всех обвинениях. В 1645 году Джон Мильтон издаёт второй тезис на эту же тему, «Четырёхглавие» (Tetrachorden), где он толкует четыре главы из Писания, посвящённые проблеме развода. Ядром доктрины Мильтона стала идея о том, что существуют другие причины для развода, кроме измены, эти причины описаны в законах Моисея; и именно эти причины следует принять как законные и для христианского судопроизводства: поскольку они упомянуты в законах Моисея, они не могут противоречить словам Христа. Другая идея заключается в том, что абсолютный запрет на развод, кроме условий, упомянутых в законах Моисея, будет являться противоречием самим намерениям этих законов. Основная точка зрения этого тезиса лежит в том, что такие причины, когда одна или обе стороны не имеют надлежащего основания для продолжения брака, или не в состоянии продолжать брак, или имеют несходные мнения на брак как результат природной несовместимости, что не позволяет радоваться брачному союзу как источнику мира и согласия, – все эти причины являются более вескими основаниями для развода чем измена, принимая во внимание, что обе стороны принимают развод.