Мильтон писал также и на другие темы. В 1644 году он публикует «Обращение, или речь в защиту свободы бесцензурной печати» (The Areopagitica, or Speech for the Liberty of Unlicensed Printing), адресованную парламенту. Реакционный парламент принял закон, направленный на регулирование книгоиздания и другой печатной продукции: «ни одной книги, или памфлета, или листа разрешается с настоящего времени печатать, если они не одобрены и лицензированы лицом, специально для этого назначенным». Мильтон обращается к парламенту с призывом изменить этот закон и аргументирует тем, что такое подчинение писательского промысла неподходящему или капризному цензору является характерным для времени, в котором они живут. Поэт предупреждает о фальшивом чувстве безопасности, основанном на надежде, что такого рода законы ограничат издание злонравных книг. Мы не наказываем человека – рассуждает Мильтон – за то, что этот человек может совершить дурные поступки, – мы ждём, пока эти дурные поступки совершены. Давайте также поступать и с книгами: лицензия издавать что угодно будет малой привилегией, если правительство сохраняет за собой власть наказывать за это, как оно посчитает нужным.
Партия короля переживала упадок и расчленение. Сам Чарльз становится узником, сначала у шотландцев, затем у пресвитериан, наконец у протестантов. После казни короля, пресвитериане выражают негодование и публично обвиняют в своих памфлетах протестантов в совершившемся. Джон Мильтон мог принять что-то похожее со стороны старых роялистов или незнающих среди народа, но он был не в силах терпеть такого рода обвинения со стороны пресвитериан. Поэтому через несколько недель после смерти короля Мильтон публикует памфлет «Время для королей и чиновников» (The Tenure of Kings and Magistrates), в котором он, после перечисления обвинений против Чарльза Первого, пытается примирить читательское сознание с тем, что произошло, но вместе с тем он также обсуждает законность свершившегося суда. Мильтон обращает внимание читателей на то, что пресвитериане, кричащие о незаконности казни короля, сами отстранили короля от власти в парламентской борьбе и вели военные действия с мечом в руках против своего суверена. Острые факты и блистательная логика памфлета ранили пресвитериан глубоко и в уязвимое место. Если до этого они презирали Мильтона, то после издания памфлета они были вне себя от ярости.
Результатом политической активности Мильтона стало его назначение на пост Секретаря по иностранным языкам, которое он принял 13 марта 1649 года.
Многие всё ещё считали, что казнь короля была большим преступлением. Выражая эти настроения была опубликована книга под названием «Королевская икона» (Eikon Basilikè), которая способствовала усилению этих настроений в новом соединённом королевстве. Эта книга воспевания казнённого короля рисовала его как святого во всех проявлениях его личной жизни. Для того, чтобы повлиять на общественное мнение, Мильтон публикует одну из свои лучших политических работ, «Разрушитель икон» (Iconoclastes). Цель этой публикации была, конечно, сформулировать законный процесс против короля со стороны парламента и продемонстрировать ложность представления короля как святого мученика.