Перед Советом и всем населением выросла несомненная угроза: захваченные в разных частях города 25 особняков, вооруженные пулеметами, бомбами, бомбометами и винтовками, были гнездами, на которые могла опереться любая контрреволюция. Несмотря на уверения идейной части анархистов, что никаких выступлений против Советов они не допустят, угроза такого выступления была налицо и за последнее время все чаще выдвигалась отдельными группами анархистов…
В ночь на 12 апреля по ранее разработанному плану вооруженные отряды Советской власти приступили к разоружению, решение было принято твердое, отрядам было отдано приказание разоружить всех анархистов во что бы то ни стало. Вместе с тем им было вменено в обязанность всюду, где это было возможно, ликвидировать дело бескровно. В большинстве случаев это удалось. Но там, где было оказано упорное сопротивление, были жертвы с обеих сторон. Есть несколько человек убитых и раненых с той и другой стороны. Несколько сот вооруженных людей, оказавших сопротивление и потом сдавшихся, арестованы… При разоружении отобраны масса оружия, бомб, ручных гранат, несколько десятков пулеметов и бомбометов, огромное количество винтовок, револьверов и патронов. Эта масса оружия в руках явных контрреволюционеров и уголовных бандитов была угрозой существования всего населения. Кроме того, найдено много золота и награбленных драгоценностей…
Президиум Московского Совета рабочих депутатов призывает все население к полному спокойствию; всякую попытку к выступлению он будет пресекать всеми силами, памятуя, что неизбежные при этой борьбе жертвы избавляют нас от еще большей массы жертв, если бы Совет не ликвидировал преступной деятельности вооруженных отрядов контрреволюционных громил и налетчиков, укрывшихся под флагом анархии. В особенности же Московский Совет рабочих депутатов обращается к товарищам рабочим и работницам и призывает их к поддержанию полного революционного порядка, столь необходимого в трудную минуту налаживания расстроенного народного хозяйства Советской Республики, со всех сторон окруженной явными и тайными врагами».
В тот же день в газете «Известия» за подписью Ф. Э. Дзержинского было опубликовано объявление:
«Всероссийская Чрезвычайная комиссия по борьбе с контрреволюцией и спекуляцией при СНК приглашает всех граждан, пострадавших от вооруженных ограблений, явиться в уголовно-розыскную милицию (3-й Знаменский пер., рядом с адресным столом) для опознания грабителей, задержанных при разоружении анархистских групп, в течение 3-х дней от 12 до 4 часов, считая первым днем 13 апреля».
В уголовно-розыскную милицию пришло немало москвичей, пострадавших от преступников. И тут оказалось, что большинство из называвших себя «идейными анархистами» были опознаны потерпевшими как грабители и убийцы. Следственная комиссия установила, что из всех арестованных лишь 20—30 человек можно было отнести к «идейным». В целом же расследование вскрыло «отвратительную картину тунеядства, разврата и воровства».
Вскоре после разоружения банд анархистов чекисты и муровцы ликвидировали еще несколько крупных преступных шаек и арестовали большую группу матерых преступников-рецидивистов, разоблачили и задержали некоторых содержателей притонов и скупщиков краденого.
В частности, была раскрыта кража государственных ценностей на сумму около 30 миллионов рублей золотом из патриаршей ризницы Московского Кремля. Воры похитили массу изумрудов, сапфиров, редких бриллиантов, Евангелие 1648 года в золотом окладе с бриллиантами, Евангелие XII века, золотой оклад которого был осыпан драгоценными камнями, золотую чашу весом 34 фунта и много других ценностей. Президиум Московского Совета обратился ко всем гражданам Российской Республики содействовать розыску преступников и возврату драгоценностей, представляющих собой шедевры культуры и искусства прошлого и ставшие теперь достоянием народа.
Благодаря взаимодействию работников уголовно-розыскной милиции Москвы и Саратова кража была раскрыта и ценности возвращены в Кремль. Когда об этом доложили В. И. Ленину, он через управляющего делами СНК РСФСР В. Д. Бонч-Бруевича передал помощнику начальника саратовской уголовно-розыскной милиции И. Свитневу, руководившему этой операцией, благодарность от имени Советского правительства. Позже И. Свитнев перешел работать в МУР.
В середине мая чекисты и работники уголовного розыска провели крупную операцию по задержанию преступников в районе Верхней и Нижней Масловки. Был захвачен ряд бандитов, терроризирующих длительное время население города. Среди них участники ограбления военно-промышленного комитета, где налетчики захватили более 250 тысяч рублей. Этой же шайкой были ограблены кооператив Земского союза на сумму 196 тысяч рублей, а также контора братьев Бландовых, где преступники похитили свыше 40 тысяч рублей. У налетчиков изъяли большое количество винтовок, револьверов, бомб, другого оружия и трубки с хлороформом для усыпления жертв. По решению коллегии ВЧК наиболее отъявленные преступники были расстреляны.