12 июня 1895 года в Витебске, в семье Великовских родился третий ребенок. Младшего сына назвали Иммануилом.
Но вот пришло время, когда отец Иммануила решился переехать в Москву. Здесь дела его сразу пошли в гору. Очень скоро он стал одним из самых видных и наиболее уважаемых оптовых торговцев столицы. Казалось бы, все шло хорошо. И тут выяснилось, что еврейские дети в православной Москве не имеют возможности учиться в гимназии. Поэтому сначала двух старших детей, а потом и Иммануила обучали частные учителя: отец надеялся, что позже удастся устроить детей во второй или третий класс гимназии. Кроме учителей по самым обычным, традиционным предметам в семье Великовских был и еще один, обучавший не только мальчиков, но и их отца. Это был первый в истории Москвы преподаватель иврита. Здесь самым способным оказался Иммануил, с особой заинтересованностью и старанием изучавший Тору и Талмуд.
Результаты обучения превзошли все ожидания. Когда Иммануилу исполнилось одиннадцать лет, финансовое положение отца, пошатнувшееся было во время русско-японской войны, упрочилось, появилась возможность отдать мальчика в гимназию. И вот Шимон сидит в приемной, а за массивной дверью гимназические преподаватели экзаменуют его сына. Время идет, ребенок не выходит, Шимон не знает уже, чего и ждать: время, отведенное на экзамены, давным-давно истекло. Но вот его наконец пригласили в кабинет. Слова директора его потрясли: «Мальчик поразил нас своими знаниями. Ему нечего делать в третьем классе (а по возрасту Иммануил должен был пойти во второй). Это единодушное мнение — мое и обоих учителей. Но… не будем в этом случае выходить из рамок установленных правил. Кроме того, господину Великовскому, вероятно, известно, что 9-я императорская гимназия — одна из самых престижных в России. Так что пусть все идет своим чередом. Ваш сын зачисляется в третий класс». В течение всех шести гимназических лет Иммануил был первым учеником.
Иммануил Великовский окончил гимназию в 1912 году с золотой медалью, что, впрочем, никого не удивило. Тем не менее радость всего семейства не поддается описанию. Дело в том, что золотая медаль давала бесспорное право на поступление в университет в счет пятипроцентной нормы для евреев. Каково же было разочарование Великовских, когда даже с медалью Иммануила в Московский университет не приняли. Тогда они всерьез задумались о возможности поступить в какой-нибудь зарубежный университет; где-нибудь там, где антисемитизм не так силен.
Такое место нашли: в августе 1912 года Иммануил поступил на медицинский факультет университета в Монпелье, на юге Франции. Проучившись здесь год, Иммануил кратко посетил Палестину, после чего пришел к выводу, что теперь может попробовать поучиться и в Англии, чтобы заодно овладеть еще одним иностранным языком (по-французски и по-немецки дети Великовских свободно говорили с детства, их обучала мать). Так случилось, что он поступил на учебу в Эдинбургский университет в Англии на медицинский факультет.
Однако в 1914 г. быстро вернулся в Россию, так как началась мировая война. Осенью 1914 года Иммануил Великовский был зачислен студентом Вольного университета в Москве, который был основан стараниями некоторых преподавателей Московского университета в знак протеста против дискриминационной политики царского правительства. В течение двух семестров Иммануил слушал здесь курс юриспруденции, истории и экономики. А уже в 1915 году ему удалось поступить на второй курс медицинского факультета Московского университета. При этом учебу в Вольном университете он не оставил, получив таким образом два образования: медицинское и гуманитарное, и после шести лет учебы получил в 1924 г. в Московском университете специальность врача.
Великовскому было легче, чем большинству студентов медицинского факультета. С младенческих лет приученный к систематическому учению, обладая незаурядными способностями и феноменальной памятью, он схватывал и запоминал изучаемый материал быстрее и легче, чем его однокурсники. Благодаря этому у него оставалось время для стихов, публицистической деятельности. И для углубленного изучения Библии.
С тревогой наблюдал он за очень немногочисленными студентами-евреями Московского университета. Оживление политической активности, обусловленное войной, обстановкой в стране, слухами о поражениях на фронте, коррупции и воровстве в тылу, влекло некоторых из них в различные партии, благо в партиях тогда не было недостатка. Наиболее привлекательными для них казались леворадикалы — большевики, меньшевики, эсэры. Этой патологии, как считал Великовский, еще можно было найти объяснение. Но как понять вот такое: Великовский знал еврейского парня, студента юридического факультета, который шумно поддерживал крайне реакционную и откровенно антисемитскую монархическую партию. Несколько студентов-медиков были даже приглашены на грандиозную церемонию его крещения в храме Христа-спасителя.