Процессия с останками двинулась к Чудову монастырю в Кремле, Елизавета Федоровна шла за носилками пешком. В церкви она опустилась на колени рядом с носилками у амвона и склонила голову. Всю панихиду простояла она на коленях, только иногда бросала взгляд на сочившуюся сквозь брезент кровь.
Потом она встала и прошла сквозь замеревшую толпу к выходу. Во дворце она велела принести ей траурное платье, переоделась и стала составлять телеграммы родственникам, писала абсолютно четким, ясным почерком. Только казалось ей, что это делает за нее кто-то другой. Совсем другой. Несколько раз она справлялась о самочувствии кучера Ефима, который прослужил у великого князя двадцать пять лет и сильно пострадал во время взрыва.
Вечером ей сказали, что кучер пришел в сознание, но никто не решается сказать ему о гибели Сергея Александровича. И тогда Елизавета Федоровна пошла к нему в госпиталь. Увидев, что кучер очень плох, она склонилась над ним и ласково сказала, что все обошлось благополучно и Сергей Александрович просил ее навестить старого слугу. Кучер будто просветлел лицом, успокоился и через некоторое время спокойно скончался.
На следующее утро хоронили великого князя. В последний момент на одной из крыш у места убийства нашли его сердце. Успели положить в гроб.
Вечером она поехала в Бутырскую тюрьму. Начальник тюрьмы пошел в камеру преступника вместе с ней. На пороге камеры она на секунду задержалась: правильно ли я делаю? И будто голос был ей, голос мужа, желавший прощения убийце.
Каляев с горячечным блеском в глазах поднялся к ней навстречу и с вызовом крикнул:
— Вы кто?
— Я его вдова. Почему вы его убили?
— Я не хотел убивать вас, я видел его несколько раз в то время, когда имел бомбу наготове, но вы были с ним, и я не решился его тронуть.
— И вы не поняли того, что убили меня вместе с ним?
Убийца не ответил...
Она пыталась объяснить ему, что принесла прощение от Сергея Александровича. Но он не слышал, они говорили на разных языках. Елизавета Федоровна просила его покаяться, но ему были незнакомы эти слова. Более двух часов говорила с Каляевым великая княгиня, она принесла ему Евангелие и просила почитать его. Но все было напрасно. Оставив Евангелие и маленькую иконку, она ушла.
Великая княгиня просила императора Николая II о помиловании Каляева, но оно было отклонено, потому что преступник не раскаялся. На суде он требовал себе смертного приговора, с горящими глазами безумно повторял, что будет всегда уничтожать политических противников.
Ей передали, правда, что в последнюю минуту он взял в руки икону и положил ее на подушку.
Сергея Александровича похоронили в маленькой церкви Чудова монастыря, здесь был сделан склеп-усыпальница. Именно сюда каждый день и по ночам приходила Елизавета Федоровна, молилась, думала, как жить дальше. Здесь, в Чудовом монастыре, она получила благодатную помощь от мощей великого молитвенника святителя Алексия и потом всю жизнь носила в наперсном кресте частичку его мощей. На месте убийства мужа Елизавета Федоровна воздвигла памятник-крест, сделанный по проекту Васнецова.
На нем слова Спасителя, сказанные Им на кресте: «Отче, отпусти им, не ведают бо, что творят». В 1918 году крест снесли, в 1985 году обнаружили склеп с останками великого князя. А в 1995 году крест был восстановлен на старом месте.
После кончины мужа Елизавета Федоровна не снимала траур, много молилась, постилась. Решение пришло в долгой молитве. Она распустила двор, разделила свое состояние на три неравные части: в казну, наследникам мужа и самую большую часть на благотворительные нужды.
В 1909 году великая княгиня приезжала в Полоцк на перенесения мощей преподобной Евфросинии Полоцкой из Киева. Судьба Евфросинии о многом говорила Елизавете Федоровне: она умерла в Иерусалиме, будучи первой, по-видимому, русской паломницей. Как вспоминала она их поездку с Сергеем на Святую землю, сколь безмятежно было их счастье, как ей было хорошо и покойно там!
Она решила посвятить себя строительству и созданию милосердной обители. Елизавета Федоровна продолжала заниматься благотворительностью, помогала нашим воинам, бедным, сиротам — и все время думала об обители. Были составлены различные проекты устава монастыря, один из них подал и орловский священник Митрофан Сребрянский, автор книги, прочитанной ею с глубоким интересом, — «Дневник полкового священника, служившего на Дальнем Востоке во весь период минувшей Русско-японской войны», которому княгиня и предложила быть духовником монастыря. Синод не сразу принял и понял ее замысел, оттого устав переделывался много раз.