7 апреля путешественники прибыли в Момбасу, но вскоре, не заходя в гавань, вынуждены были покинуть и ее, узнав о намерении момбасского короля захватить корабли и взять команду в плен (сведения были получены от заложников, которых пытали кипящим маслом). В восьми милях от гавани взбешенные португальцы захватили барку, груженную золотом, серебром и съестными припасами.
14 апреля флот подошел к Мелинде, богатому мусульманскому городу. Местный шейх враждовал с правителем Мозамбика и был рад заключить союз с Гамой. В ответ на знаки внимания со стороны правителя португалец отослал ему воистину «царский дар»: монашескую рясу, две нитки кораллов, три шляпы, тазики для омовения рук, бубенчики и два куска дешевой полосатой материи. В другой ситуации шейх, возможно, не стерпел бы такого неуважения, но сейчас он боялся непрошеных гостей и согласился дать искусного лоцмана, необходимого для дальнейшего плавания. Им стал Ахмед ибн Маджида, носивший арабско-санскритское прозвище Малемо Кана – «ведущий по звездам». С его помощью в середине мая 1498 г. экспедиция добралась до Малабарского берега. Корабли бросили якоря близ крупнейшего индийского города Каликут (Кожикоде). Долгожданный морской путь в Индию был разведан.
Местный правитель, саморин, заинтересованный в развитии торговли с любыми странами, в том числе и христианскими, принял посланца Гамы радушно. Однако дальнейшее поведение командира португальцев накалило ситуацию.
28 мая Гама в сопровождении тридцати человек отправился на свидание с саморином. Португальцев поразила роскошная обстановка дворца, дорогие одежды царя и придворных. Тем не менее Васко, не ощущая разницы между племенными вождями Африки и саморином, собрался преподнести ему жалкие подарки: двенадцать кусков все той же полосатой грубой материи, несколько шапок и шляп, четыре нити из кораллов, тазики для мытья рук, ящик сахара, по два бочонка масла и меда. Увидев это, один из царских сановников презрительно засмеялся и заявил, что даже бедные купцы преподносят саморину более дорогие подарки. Царя следует одарить золотом, а подобных предметов он просто не примет. Случившийся казус быстро стал известен и во дворце, и в городе. Этим сразу же воспользовались мусульманские купцы, которые видели в португальцах опасных конкурентов. Они настроили против гостей и так уже оскорбленного саморина, убедив его в том, что в Каликут прибыли жестокие, кровавые пираты, благо, до них уже дошли слухи о событиях в Мозамбике и захвате арабского судна. На следующий день правитель несколько часов продержал делегацию в приемной, а при свидании вел себя холодно. В результате Гаме не удалось получить разрешение на основание здесь португальской фактории. С трудом члены экспедиции обменяли товары на пряности. А 5 октября португальцы, захватив шесть заложников, чтобы показать их своему королю, покинули индийские воды. Уже знакомым путем к сентябрю 1499 г. они добрались до родного порта, потеряв два корабля и 105 из 160 человек команды. Среди умерших был и единственный горячо любимый Васко человек, его брат Паулу. Он скончался от чахотки. Герой индийского плавания чрезвычайно тяжело переживал эту потерю. Некоторые историки сообщают, что он в течение девяти дней в полном одиночестве предавался скорби и не желал никого видеть.
К сожалению, многие документы, освещающие события после приезда Гамы в Португалию, погибли во время страшного лиссабонского землетрясения 1755 г. Но можно не сомневаться, что и король, и сограждане встретили путешественников с великим почетом и ликованием. В честь эпохального события была отчеканена золотая монета, получившая название «португеш», стоимостью в 10 крузаду.
Васко да Гама в одночасье превратился в национального героя, причем вполне заслуженно. Именно благодаря его воле, энергии и напористости экспедиция выполнила все возложенные на нее задачи и вернулась обратно. Команда любила, но и панически боялась неистового и жестокого предводителя. Его нахмуренные брови повергали в панику матросов, чьими действиями он был недоволен. А ведь это были отчаянные люди, всю жизнь проведшие в морских походах. Король осыпал героя индийского похода наградами. Во владение ему был передан г. Синиш, предоставлены льготы на торговлю с Индией. Ему и его потомкам даровали титул дона и назначили пенсию. Он стал официально зваться «адмиралом Индийского океана». Но сам путешественник, будучи алчным и жадным, остался недоволен.
О периоде жизни Гамы между первым и вторым путешествиями известны только отдельные факты. Например то, что примерно в это время он женился на донне Катарине ди Атайди. От этого брака у него было шесть сыновей – Франсишку, Иштеван, Педру, Паулу, Криштован, Алвароу, – а также дочь Изабелла.