Цицерон вступил на италийский берег во время грозных событий — началась война за власть между Цезарем и Помпеем. Великий оратор пытался примирить противников, настойчиво уговаривая их прийти к соглашению. Он предложил даже разрешить Цезарю заочно домогаться консульства, а Помпею, когда Цезарь будет избран, удалиться в Испанию. Под давлением оптиматов сенат отверг эти предложения и объявил военное положение. В ответ Гай Юлий Цезарь из Галлии, своей провинции, вторгся в пределы Италии. У Помпея в Италии было всего 2 легиона против 11 легионов Цезаря. Он счел поэтому в данный момент сопротивление невозможным, оставил Рим врагу, объявив набор в войска по всей Италии. Сенату и консулам Помпей приказал выехать в Капую. Цицерон как член сената подчинился приказу главнокомандующего не без колебаний. В своих письмах Цицерон писал, что не знает, на какую сторону ему стать.
Помпей, вяло и нерешительно организовавший оборону, в конце концов покинул Италию. Цицерон не последовал за ним, а остался в своем имении. Цезарь прислал ему письмо, советуя присоединиться к нему. Если же он отказывается, то пусть тогда едет в Грецию и живет там спокойно, ожидая дальнейших событий.
Захватив Италию, Цезарь отправился в Испанию против находившейся там армии Помпея. После его отъезда Цицерон отплыл к Помпею, где его встретили с радостью. Однако претор Марк Порций Катон высказал мнение, что Цицерону для блага отечества лучше бы оставаться в Риме. Теперь же он стал врагом Цезаря и без всякой нужды подвергается величайшей опасности. Помпей не давал Цицерону никаких важных поручений, и тот ходил по лагерю угрюмый и печальный, ворча и критикуя распоряжения главнокомандующего. В конце концов Помпей решил избавиться от Цицерона и Катона, отправив их в Диррахий.
Великий оратор не принял участия в битве при Фарсале. Помпеянцы предложили Цицерону, как бывшему консулу, командовать флотом и остатками разбитой армии. Он отверг это предложение и вообще отказался от дальнейшего участия в войне. Цицерон считал, что после Фарсальской битвы дело Помпея проиграно и следует заключить почетный мир. Сын Помпея со своими друзьями, обвинив великого оратора в измене, хотел его убить. Цицерон спасся только благодаря вмешательству Марка Катона, а затем бежал из лагеря.
После этого Цицерон высадился на италийский берег в Брундизии и жил здесь некоторое время до возвращения Цезаря из Египта и Азии. Наконец, пришло известие, что Цезарь высадился в Таренте ' и идет к Брундизию. Цицерон поспешил ему навстречу. Цезарь милостиво приветствовал его и с тех пор не переставал оказывать ему знаки уважения и благосклонности.
Во время диктатуры Цезаря Цицерон отошел от общественной деятельности, посвятив все свое время научным и литературным занятиям. Изредка приезжал он в город, чтобы приветствовать Цезаря и произнести в его присутствии речи в защиту сторонников Помпея. В речах великий оратор иногда кривил душой, допуская неумеренные похвалы диктатору.
В этот период к печали о гибели республики, многих друзей и соратников у Цицерона прибавились еще и семейные неприятности: ему пришлось разойтись с женой Теренцией, с которой он прожил много лет. Материальное положение Цицерона бы\о очень тяжелым — его обременяли большие долги. Для того чтобы уплатить неотложные долги, ему приходилось делать новые займы. В надежде выйти из затруднения, престарелый оратор решил вновь жениться на богатой девице, чтобы с помощью ее приданого расплатиться с кредиторами. Вскоре после этого Цицерона постигло новое несчастье — умерла его любимая дочь.
Между тем против Цезаря был составлен заговор, во главе которого стояли Брут и Кассий. Диктатора убили 15 марта 44 г. до н. э. Цицерон, хотя и имел самые дружеские отношения почти со всеми заговорщиками, не был посвящен в их замыслы. Сразу же после убийства Цезаря великий оратор вернулся к политической деятельности и стал во главе сенатской партии.
Заговорщики, достигнув успеха, не сумели тотчас же захватить власть: они колебались, не зная, каково настроение народа и солдат Цезаря. Обе партии — сенатская и цезарианская находились в состоянии полной растерянности.
Через два дня собрался сенат и по предложению Цицерона помиловал убийц Цезаря, но вместе с тем утвердил и все распоряжения покойного диктатора.
Воспользовавшись всеобщим замешательством, консул Антоний, один из ближайших помощников Юлия Цезаря, завладел его завещанием, а также государственной казной. Цезарь завещал огромные суммы для раздачи римскому народу и назначил своим наследником внучатого племянника Октавиана.