25 мая местное большое жюри санкционировало его передачу в суд. Формальное обвинение против Скопса выдвинул его приятель Сью Хикс, местный прокурор, который отлично знал подкладку этого дела. Сам Скопе все время оставался на свободе и в июне даже ездил со своим адвокатом в Нью-Йорк для встречи с руководством Союза в защиту гражданских свобод.
Начавшийся 10 июля процесс стал международной сенсацией. На суд присяжных фактически была вынесена одна из ключевых концепций науки, благодаря чему мировая пресса не без оснований сравнивала это дело с процессом Галилея. На кону также оказались такие фундаментальные принципы, как академическая свобода и независимость школы от церкви. Вдобавок, а может, и главное: и обвинение, и защиту возглавляли знаменитости самого высокого ранга. Против Скопса выступил сам Уильям Брайан, которого попросил об этом баптистский пастор Уильям Райли, один из ключевых лидеров американского консервативного христианства первой половины XX века, основатель и руководитель Всемирной Ассоциации христианских фундаменталистов. Брайан в молодости работал прокурором, однако после избрания в Конфесс ни разу не выступал в судах. Несмотря на это, Брайан сразу же согласился возглавить обвинение, причем без всякой оплаты. Прославленному политику ассистировали его сын, федеральный прокурор Уильям Дженнингс Брайан Младший, генеральный прокурор Теннесси и будущий сенатор Соединенных Штатов А Томас Стюарт и его заместитель Бен МакКензи. Группу защитников возглавил звезда американской адвокатуры Кларенс Дарроу, которому помогали известный защитник гражданских свобод Артур Хейс, его партнер по юридической практике Дадли Малон и профессор права Джон Нил. Председательское место занимал местный судья Джон Раулстон.
Дарроу запретил своему подзащитному давать свидетельские показания, поскольку прекрасно знал, что тот фактически не наставлял своих учеников в дарвинизме. Он мог бы легко доказать отсутствие в действиях учителя состава преступления, однако это вовсе не было его целью. Будучи убежденным антиклерикалом, Дарроу стремился добиться отмены самого закона Батлера. Когда судья не позволил ему пригласить для дачи показаний ученых, Дарроу применил блестящий полемический прием. Он вызвал на свидетельское место самого Брайана в качестве эксперта по Священному Писанию и стал задавать ему вопросы о смысле библейских утверждений. В ходе этой дискуссии Брайан стал путаться и его ответы потеряли убедительность. Американская пресса провозгласила, что Дарроу одержал убедительную победу; во всяком случае, он убедительно продемонстрировал, что библейские рассказы о том, как Бог сотворил мир, как остановил Солнца Иисус Навин и как Иона побывал во чреве кита, нельзя понимать буквально.
Формальный исход процесса с самого начала ни у кого не вызывал сомнений. Более того, Дарроу сам просил присяжных признать учителя виновным, чтобы затем принести апелляцию на это решение. Присяжные так и поступили, однако не определили Скопсу меру наказания. Это решил судья Раулстон, приказав виновному выплатить минимальную сумму, предусмотренную законом Батлера — 100 долларов. Дарроу опротестовал приговор в Верховном Суде Теннесси, который через полтора года его аннулировал, однако лишь потому, что судья превысил свои полномочия, единолично установив величину штрафа (согласно законодательству штата, любые штрафы, превышающие 50 долларов, могли назначать только присяжные). По этой причине Дарроу лишился возможности довести свою апелляцию до Верховного Суда США и попытаться убедить его членов признать закон Батлера антиконституционным. В результате этот закон еще много лет формально сохранял свою силу, хотя прокуроры штата больше ни разу никого не преследовали за его нарушения. Сам же Скопе получил от Чикагского университета стипендию для изучения геологии и со временем стал инженером-нефтяником.
«Обезьяний процесс» 1925 года не положил конец спорам о преподавании дарвинизма, но сильно подорвал позиции сторонников его запрета. В том же году законодатели Оклахомы отменили просуществовавший всего два года закон об исключении дарвинистских концепций из школьных учебников. В 1968 году Верховный Суд Соединенных Штатов постановил, что арканзасский «антиэволюционный» закон противоречит Конституции США и Объявил его не имеющим силы, автоматически аннулировав тем самым его и в Миссисипи, втором штате, принявшем такой закон в 1925 году. Годом раньше, в 1967, Генеральная Ассамблея Теннесси отменила закон Батлера, который после дела Скопса ни разу не применялся на практике.