Такая колоссальная разница между половыми хромосомами была не всегда. Вдоль своей длины Х-хромосома содержит 5 различных областей, каждая из которых имеет гены, когда-то общие для X и Y, а теперь сохранившиеся только на X. Каждая из этих 5 областей появилась в результате произошедшего в ходе эволюции скачка, при котором Y-хромосома теряла очередную часть сходных с X генов. Иными словами, эти участки отражают скачкообразный процесс постепенной утраты былого сходства двух половых хромосом за те (примерно) 300 миллионов лет, которые прошли со времени их появления. Это позволяет думать, что первоначально они были практически подобны, как это имеет место в любой паре обычных аутосом. Сейчас почти все их сходные гены сохранились на хромосоме Y только на самых кончиках — тех самых, которыми он еще может переплетаться с Х-хромосомой в процессе деления клетки.
На этот вопрос ответило сравнение этой хромосомы у разных млекопитающих, включая собаку, крысу, мышь и курицу. У человека и собаки как сами гены на Х-хромосоме, так и их порядок оказались практически одинаковыми. Сравнение человека с мышами и крысами выявило, что гены на Х-хромосоме у них тоже одинаковы, но в некоторых случаях их порядок изменен. А вот сравнение с курицей показало, что большинство генов человеческой Х-хромосомы находятся у курицы либо на аутосоме 2, либо на аутосоме 4. Этот факт говорит в пользу того, что обе половые хромосомы действительно произошли из пары обычных аутосом. Можно представить себе, что поначалу у млекопитающих все пары хромосом были обычными, а затем (около 300 миллионов лет назад) в одной из этих пар у одной хромосомы каким-то случайным образом появился признак, определяющий мужской пол (этот признак, или «мужской половой участок» SRY, находится на Y-хромосоме) и позволяющий потомку тоже иметь мужской пол (а потомку, получившему не эту хромосому, а ее партнера, быть, «по умолчанию», женского пола) и с этого началось постепенное расхождение этой хромосомы с партнером X. Сама же X, как говорят сравнения с другими млекопитающими, осталась практически неизменной, видимо, потому, что по мере дальнейшего «мужания» Y утратила возможность переплетаться с ней и меняться генами.
В генном составе X есть и другие загадки. Плотность генов в этой хромосоме (то есть количество генов на единицу ее длины) — самая низкая среди всех хромосом человека. И это естественно, потому что огромную ее часть занимают не гены, а так называемый генетический «мусор». Это, прежде всего, бывшие гены, теперь изуродованные мутациями почти до неузнаваемости и уже неактивные (их называют псевдогенами), а также совсем не работающие (то есть не способные кодировать белки) участки ДНК, которые повторяются подлине хромосомы сотни и тысячи раз. Такие «повторы» занимают 56 процентов длины Х-хромосомы; еще 29 процентов ее длины занимают длинные участки ДНК, способные сами себя вырезать из ее цепи и затем встраиваться в нее назад в любом другом месте (зачастую с опасностью для генов). Они называются ретротранспозонами, и самые распространенные среди них образуют семьи ALU и LIN Е-транспозонов, часть которых (подсемейство L1) порой достигает огромной длины в несколько миллионов звеньев ДНК. Чем объяснить такую замусоренность человеческой Х-хромосомы, непонятно, как непонятно и то, почему в ней такая низкая плотность генов. Возможно, эта низкая плотность была характерна уже для той исходной аугосомы, которая превратилась в Х-хромосому, а возможно, что самые важные гены (те, которые кодируют белки, жизненно необходимые женщине в удвоенном количестве) перешли с Х-хрососомы на другие, обычные хромосомы, чтобы иметь себе пару. Ведь у женщин, как уже сказано, вторая хромосома X инактивирована — именно для того, чтобы количество кодируемых Х-генами белков не превышало количество этих же белков у мужчины. Ясно, что все гены, необходимые женщине в удвоенном количестве, нужно было поэтому убрать с Х-хромосомы туда, где у них была бы активная пара, и вот природа путем случайных мутаций могла перевести их на аутосомы.