Только 16 сентября Главное управление природных ресурсов Архангельской области (уже доложившее начальству и общественности, что все, в общем, в порядке) приостановило работы по перевалке нефтепродуктов, выполняемые "Волготанкером" в Онежском заливе, до окончания расследования. Но 23 сентября оно же вновь разрешило судну работать, поскольку был представлен "Перечень мероприятий", которые должны предупредить возможность таких аварий.
В конце сентября 12 тысяч ветеранов войны и труда Онежского района и 1500 жителей города Онега подписали письмо прокурорам района и города и в транспортную прокуратуру Архангельской области с требованием завести уголовное дело о сокрытии информации и прекратить перекачку нефтепродуктов в заливе, которая по их сведениям, несмотря на запреты, продолжалась.
7 октября пресса опубликовала заявление "Волготанкера" о том, что в воду попало около 0,15 тонн мазута, который и собрали силами и средствами танкера за три часа после происшествия; все остальное — выдумки.
31 октября Архангельская специализированная морская инспекция завершила расследование обстоятельств происшествия (тем временем люди, нанятые компанией "Волготанкер", за 700 рублей в день сжигали погибших птиц на побережье Белого моря). Прокуратура по этим материалам возбудила уголовное дело в отношении капитана судна. Дело было прекращено: 8 декабря 2003 года вступили в силу поправки к "Уголовному кодексу" и "деяние, совершенное капитаном" перестало быть уголовно наказуемым. Его нельзя было осудить даже просто за сокрытие информации, поскольку в его должностных инструкциях нет конкретного пункта, который обязывал бы его сообщать о происшествии, например, в морскую инспекцию.
26 декабря состоялось заседание в Арбитражном суде Архангельской области, на котором компании "Волготанкер" был предъявлен иск на 12 397 500 рублей. По подсчетам экспертов, во время аварии в Онежском заливе вылилось 45 тонн мазута. Следующая экспертиза заключит, что в Белое море вылилось и осталось неубранным 45 тонн мазута, с поверхности воды собрали до 9тонн, то ест ь в воду попало около 54 тонн. Эксперты также установили, что когда команда начала хоть как-то противодействовать утечке, основная масса мазута была уже за 1750 метров от места аварии. В дальнейшем оценка ущерба только увеличивалась. Представители "Волготанкера" отказывались признать любую оценку ущерба.
В апреле 2004 года капитан судна, виновника аварии, уволился по собственному желанию.
14 октября 2004 года Арбитражный суд Северо-западного федерального округа отклонил вторую и последнюю апелляцию "Волготанкера", пытавшегося оспорить решение предыдущих судов.
В 2004 году "Волготанкер" не перевозил нефть через Онежский залив, но до сих пор возит ее через другие порты. За все время действия нефтеперегрузочного комплекса в заливе компания создала 8 рабочих мест, перечислила в бюджет Онежского района 12 500 рублей и не сделала никаких вложений в его социальную сферу. Налоги в местный бюджет от "Онежского морского торгового порта" за 2003 год составили около 300 тысяч рублей. Муниципалитет города Онега и Онежского района практически не получили никакой компенсации от компании "Волготанкер".
Перевозка нефти в Онежском заливе может возобновиться.
19 января 2004 года судно получило пробоину и перевернулось. Погибло восемнадцать моряков. Пока не спасли всех, кого могли, работы по ликвидации аварийного разлива нефти не были первостепенными. Механический сбор нефти с поверхности моря начали 19 января в 23.43, когда Центр поисково-спасательных работ закончил свою операцию.
За ночь 19-20 января установили три ряда боновых заграждений, чтобы нефтяное пятно не распространялось по акватории. Владельца судна и страховщика консультировали опытные специалисты из Международной федерации владельцев танкеров по борьбе с нефтяными загрязнениями.
19 января началась и очистка береговой линии. Были организованы передовые пункты по борьбе с аварией в каждом из муниципалитетов, чья территория оказалась в районе бедствия. Руководили пунктами специально подготовленные люди из межмуниципальной ассоциации по защите при чрезвычайной ситуации. Подразделения при пунктах состояли из муниципальных служащих и людей, направленных сюда службой занятости и добровольцев. На самом сложном этапе в операции участвовали отряда вооруженных сил Норвегии и гражданской обороны.