Вместо стажировки в Европе, 21- летний Чижов, в 1832 году блестяще окончивший университет со степенью кандидата физико-математических наук, был оставлен в университете, где стал читать в качестве адъюнкт- профессора алгебру, тригонометрию, аналитическую и начертательную геометрию и готовить диссертацию на степень магистра. Его научным руководителем был академик Остроградский, основоположник петербургской школы математики, физики и механики. Через четыре года Чижов успешно защитил диссертацию, получил должность профессора и чин надворного советника.
Но... вскоре он оставляет преподавательскую деятельность. Почему? Этот "положительный рационалист", как называли его друзья, начал тяготиться замкнутостью поприща ученого-математика. Он сближается с литературно-художественным миром Петербурга, начинает печататься в журналах, задумывает четырехтомный труд по истории искусств. Эта новая страсть приводит его в Италию. Он изучает итальянский язык, в библиотеках Венеции и Ватикана работает над историей Венецианской республики. Республиканский образ правления представлялся ему "зародышем новой истории".
В юности Чижов свободно овладел французским и английским языками, позже — немецким. Знание английского позволило ему издать в 1838 году в Петербурге первый на русском языке труд о паровых машинах, основанный на сочинениях англичан Пертинггона, Стефенсона и Араго, а через два года — солидный том под названием "Призвание женщины" с рассуждениями о роли женщины в семье, государстве. Его перевод с итальянского "Записок Бенвенуто Челлини", изданный в двух томах в качестве приложения к первому номеру журнала "Современник", позволил знаменитому художнику эпохи Возрождения впервые "заговорить по-русски".
Истый библиофил, Чижов был завсегдатаем маленьких антикварных итальянских лавчонок. Он отказывал себе во многом, кроме книг и путешествий. Его библиотека, поступившая в дар Румянцевскому музею, состояла из 4 тысяч томов. А в остальном — "режим строгой экономии". Сбитень и булочка — вот и весь его дневной рацион.
И вдруг — опять поворот. Чижов, бывший профессор математики, после увлечения историей и журналистикой обращается к предпринимательству.
Виной тому были внешние обстоятельства. Летом 1843 года, собирая материалы по истории Венецианской республики, Чижов совершил пешеходное путешествие из Венеции в Истрию, Далмацию, Черногорию. Встречи с местным славянским населением, находившимся в то время под властью австрийской и османской монархий, вовлекли Чижова в национально-освободительную борьбу: "Я всею душою отдался славянскому вопросу; в славянстве видел зарю грядущего периода истории; в нем чаял перерождения человечества". Славянские симпатии Чижова разделили московские славянофилы, поручив ему издание журнала "Русский вестник". Но в 1847 году, при очередном пересечении австрийско-русской границы, возвращавшийся в Россию Чижов был арестован по подозрению в принадлежности к только что раскрытому на Украине тайному "Кирилло- Мефодиевскому обществу". После допросов в Петербурге (их вел сам начальник Штаба корпуса жандармов Дубельт) Чижову было запрещено проживать в обеих столицах и заниматься издательской деятельностью.
Он поселился на Украине, а чтобы иметь средства к существованию, занялся шелководством — взял в аренду у Министерства государственных имуществ 60 десятин шелковичных плантаций в 50 верстах от Киева. Они в течение многих лет не приносили казне дохода и потому были отданы в бесплатное 24- летнее содержание. Чижов быстро наладил производство шелка у себя в хозяйстве. Все, за что он ни брался, он делал профессионально и с блеском.
С воцарением нового императора Александра II запрет на проживание Федора Васильевича в Петербурге и Москве был снят. Воодушевленный открывшимися перспективами, он оставил свои шелководческие плантации на управляющего, и в 1857 окончательно переселился в Москву. Здесь он сблизился с группой славянофильски настроенных московских предпринимателей, отстаивавших идею покровительства отечественной промышленности путем протекционистских таможенных пошлин, строительства сети железных дорог, расширения технического образования. В лице Чижова они нашли горячего сторонника и работника. По предложению богатых заводчиков, костромских дворян Шиповых, Чижов стал редактором-издателем журнала "Вестник промышленности" (с 1858) и еженедельной газеты "Акционер" (с 1859). В середине 1860-х голов Чижов вел в газете И.С. Аксакова "День" экономический отдел, а также основал на деньги крупных московских купцов газету "Москва" ("Москвич").