В XIX веке за «благонадежностью» обществ следили Собственная Его Императорского Величества канцелярия и особенно ее III Отделение, учрежденное указом от 3 июля 1826 года, которые помогали монарху вникать во все мелочи жизни подданных, что стало особенно актуально после декабря 1825 года. В весьма широкий круг обязанностей III Отделения входил также контроль за религиозными сектами и различными обществами — научными, культурными, просветительными и другими. В отчете III Отделения императору за 1827 год отмечалось: «Мы видим уже зарождение нескольких тайных обществ... (Начало этого предложения подчеркнуто карандашом, на полях рукой Николая I написано: «Ou,qui sont les individus?» — «Где, кто — персонально?»). Но тайные политические общества не образуются без иностранного влияния».
Любопытно, но все последующие годы российские власти подозрительно относились ко всем — как к легальным, так и к тайным обществам, и собирали именно ту информацию, которую царь потребовал еще в 1827 году: где возникали общества, кто их создавал и не было ли это результатом влияния из-за рубежа.
До 1860-х годов уставы легальных обществ утверждались только императором. После реформ утверждение уставов многих категорий обществ перешло в компетенцию отдельных министерств. Например, благотворительные общества и общества взаимопомощи утверждал министр внутренних дел, научные общества — министр просвещения, сельскохозяйственные общества — министр государственных имуществ.
Фактически каждая общественная организация находилась под контролем с трех сторон: по линии политической полиции, по линии общей полиции и, наконец, по отраслевой линии. Жестко контролировались не только личный состав учредителей и членов обществ, но и формирование денежных средств, а особенно организация массовых мероприятий. Все общества обязаны были ежегодно представлять отчеты (содержащие сведения о составе, средствах и деятельности) губернатору и в соответствующее министерство. Если в течение двух лет отчет не был представлен, общество можно было закрыть. Чиновники изучали издания обществ и сообщения о них в печати. Осведомители, доносы, перлюстрация писем, обязанность посылать извещения о собраниях (с обязательной информацией — где, когда, кто, повестка дня), исключение публичных мероприятий (для созыва съезда требовалось разрешение министра — все это было повседневной практикой в жизни обществ.
Выставки открывались только после предварительной проверки экспозиции. «Вредные» произведения устранялись. Для публичных лекций и литературных чтений тоже требовалось разрешение. Издательская деятельность находилась под цензурой. Общества часто уклонялись от правил, и тогда следовали предупредительные меры, которые включали приостановление деятельности, закрытие или реорганизацию.
Проблемы регулирования деятельности общественных организаций активно обсуждались в период разработки проекта Гражданского уложения (1899-1903 годы). Правительство вносило поправки в уголовное законодательство, выпускало циркуляры в министерствах о регулировании различных видов частных обществ, но не собиралось даже накануне 1905 года принимать никаких законов о частных обществах, давая понять, что область взаимоотношений власти и общества не предусматривает никаких прав, а подлежит лишь регламентации и государственному надзору.
Исследователи, детально изучив правовые акты, единодушно пришли к заключению, что «законодательство о преследовании запрещенных организаций опережало законодательство об организациях разрешенных». Под нараставшим общественным давлением взаимные подозрения и страхи со стороны государства и частных обществ медленно, но верно преодолевались.