Новый подъем религиозности Г.П. Федотов связывает с Сергием Радонежским, деятельности которого присуща «совершенная мерность, гармония деятельной и созерцательной жизни». Задолго до историков и искусствоведов — советских и советского времени — Г.П. Федотов установил связь Сергия Радонежского с исихазмом и учением Григория Синаита о фаворском свете и божественных энергиях. Влияние византийского искусства палеологовского времени на творчество величайшего русского художника Андрея Рублева ныне убедительно доказано.
В начале XVI века Г.П. Федотов обнаруживает первые признаки духовного кризиса общества. Вместо «умной молитвы» Нила Сорского утверждается формальное «келейное правило» Иосифа Волоцкого.
В 1926 году в статье «Трагедия интеллигенции» Федотов заявлял, что «культура Северной Руси к началу XVI века находилась в зените», а затем происходит «декаданс художественного мастерства». Вину за это он возлагал на церковь, «один из самых национальных организмов в христианстве». Самая формулировка религиозно-национальной идеи, чуждая древней и греческой (то есть византийской) церкви», данная «бедным старцем Филофеем, который... отравил русское религиозное сознание хмелем национальной гордыни», легла «тяжким бременем на русскую церковь. в Москве XVI — XVII столетий, приведя к отрыву от вселенской церкви», с одной стороны, и к «окостенению всего стиля жизни» — с другой. Процесс «окостенения» характерен для всей эпохи Грозного.
Однако первый период его правления, когда, «готовясь к победоносному завоеванию Казани накануне небывалого расширения русской мощи на Востоке, царь Иван Васильевич в союзе с Избранной радой, руководимой Сильвестром и Адашевым, лихорадочно проводил земские реформы», был «проникнут высоким моральным пафосом покаяния».
Не проходит вдумчивый историк и мимо иных сил, действовавших в России Грозного. Он подчеркивает «огромный вклад в русскую культуру, который внес купеческий дух», в том числе и в «военно-служивой» Москве, которая, «сломив Новгород, задушив городскую жизнь Севера», сама вплоть до XVII века «сохраняет еще купеческий размах и предприимчивость».
Федотов отмечает, что в результате завоеваний Грозного изменилось не только пространство Руси, но и ее качество. «Задолго до воссоединения с зарубежной Русью (белорусскими и украинскими землями. — А.Х.) Москва разливается широко на туранский Восток и Юг, приобретая характер Евразийской империи. Узкая провинциальная культура Москвы оказывается непригодной для организации и одушевления этой колоссальной империи». «Волга, татарская река, становится матушкой, кормилицей» для Руси, замечает Федотов. Изменился и социальный состав населения. «Со времени Грозного оборона государства во все растущей мере зависит от иностранцев». Их привлекали разными способами — наемом за границей, переводом пленных в положение служилых и благодаря добровольному «выходу на государево имя» и поступлению на службу. Исследователи, изучающие роль и организацию иноземного войска, подчеркивают многоэтничность и поликонфессиональность воинов в его составе.
Деятельность первого царя Ивана IV и последующих царей Г.П. Федотов оценивал противоречиво: «Грозные цари взнуздали, измучили Русь, но не дали ей развалиться, расползтись по безбрежным просторам». Последнюю мысль он повторял в иной форме: «Деспотизм Москвы обеспечил России ее единство».
Орудие Грозного — опричнина — также получила неоднозначную оценку. Г.П. Федотов называл ее «кровавой революцией сверху», целью которой было, с одной стороны, «сбросить последнюю докучную узду» церкви, а с другой, создать «новую параллельную государственную организацию из новых людей», «новое управление и новый служилый класс, независимый от боярства». Этой второй цели, по Федотову, царь достигал с помощью перемещения больших масс служилых людей, добиваясь разрыва «хозяйственных и моральных связей между народом, крестьянским людом и потомками удельных княжат».
Так комплексно вопрос о роли опричнины в антиудельной политике Ивана Грозного еще никем не ставился. Опричнина превратилась в «социальный переворот, захвативший все слои русского общества», а отношения царя с боярством — в гражданскую войну. При этом одновременно Федотов подчеркивал, что «ошибочно видеть в опричнине целесообразный государственный институт, направленный против мятежного боярства». Однако в отличие от большинства историков вину за опричнину с ее разгулом зверств, грабежей и убийств Федотов возлагал на весь русский народ, на его «безумное молчание», о котором уже писал в 1916 году А.И. Яковлев. «Вся русская церковь и вся русская земля несла ответственность за собор епископов, осудивший святителя (митрополита Филиппа. — А.Х.). Вся земля и понесла кару в годину Смуты». Сама мысль о связи событий Смутного времени с опричниной была не нова, она прозвучала в монографии С.Ф. Платонова в 1899 году, однако под пером Федотова она получила иной — глубинный смысл, более поучительный для нас, людей XXI столетия.