Службой в церковном ведомстве и техническо-строительном комитете можно объяснить, почему в наследии Померанцева такое большое место занимают церкви — они возводились по его проектам в крупных городах России и за границей. Достаточно назвать главные: соборы в Софии (1904–1912) в Болгарии, в Цетинье в Черногории, храм в память освобождения крестьян в Москве, Синодальный дом в Петербурге (1898). По проектам Померанцева строятся также главные здания парадной части Всероссийской выставки 1896 г. в Нижнем Новгороде (Императорский и Центральный павильоны, павильоны Художественного отдела и Средней Азии и Кавказа). Он является автором проектов крупных общественных зданий в быстро растущем промышленном Ростове-на-Дону — думы и городского торгового дома (1897), Большой Московской гостиницы, дома Генч-Оглуева, неосуществленных проектов перестройки Николаевского вокзала в Петербурге (1910) и Музея изящных искусств в Киеве (1898), архитектурной части памятника Александру III в Москве близ храма Христа Спасителя (1900).
Даже этот далеко не полный перечень основных построек Померанцева свидетельствует о незаурядной работоспособности зодчего, совмещавшего большую педагогическую работу и службу в государственных учреждениях с интенсивной творческой практикой.
Бесспорно, Померанцев был крупным и даровитым зодчим. Однако он не был первооткрывателем. Он шел проторенном дорогой, но на этом пути умел находить талантливые решения. Творчество Померанцева завершает целый период в развитии русской архитектуры, приходящийся на вторую половину прошлого столетия, а именно путь развития эклектики. Ему были чужды новые стилевые искания; идя традиционным путем, он обнаружил черты определенной каноничности и нормативности в стиле.
То, что в 50 — 60-х годах было новшеством, два-три десятилетия спустя стало обычным; строительство вокзалов на станциях железных дорог, комплексов промышленно-художественных выставок, проектирование гражданских зданий в «русском» стиле и при этом археологическая точность воспроизведения прототипа, широкое использование металлических конструкций, новые типы зданий.
Предшественник Померанцева архитектор Гартман мечтал о проектировании выставочного павильона из стекла и металла, который затем можно будет использовать как рынок, а по проекту Померанцева осуществляется строительство самого большого в Москве и крупнейшего в Европе пассажа. Сравнение сооружений, спроектированных обоими зодчими, показывает, насколько изменились размах и размеры, как быстро и радикально входили в жизнь новшества. Работы Померанцева свидетельствуют и о другом — как бы параллельном и непосредственно не влияющем друг на друга развитии двух процессов: стилевого, собственно художественного, и другого, затрагивающего конструктивно-утилитарную сторону архитектуры.
В сооружениях, возведенных по проектам Померанцева в Ростове, Нижнем Новгороде, Москве и Петербурге, мы встречаемся со свойственными архитектуре конца прошлого столетия чертами: любовью к пышности и богатству, обилием декора, археологической точностью воссоздания отдельного мотива и с компоновкой этих мотивов в композициях, ничего общего не имеющих с прототипом, с определенной дробностью и измельченностью, проистекающей от обилия деталей и декора, и одновременно — с грандиозностью и размахом, с любовью к большим размерам и крупным масштабам. Это совмещение взаимоисключающих, сосуществующих на равных основаниях как будто бы несовместимых черт постоянно обращает на себя внимание в сооружениях и проектах Померанцева.
Ассоциативно-символическое толкование архитектурной формы определило своеобразие наиболее известного из сооружений Померанцева и одного из наиболее выдающихся сооружений конца прошлого столетия в Москве — Верхних торговых рядов. Вторая половина XIX века проходит под знаком роста национального самосознания, оказавшего самое непосредственное влияние на русское искусство, в том числе и на архитектуру. Свидетельства этого видимы во всем. Теперь, пишет рецензент, анализирующий поступившие на конкурс проекты Верхних торговых рядов, невозможно строительство на Красной площади здания "в том стиле, какой имели прежние ряды". Иными словами, в пореформенный период вблизи исторических святынь русского народа, близ Кремля кажется немыслимым возведение здания с применением ордерных форм. "Историческую Московскую площадь", как называет Красную площадь тот же автор, можно застраивать лишь в формах «исторических», представляющих с достаточной мерой убедительности и наглядности значение данного места в отечественной истории. Таким стилем и такими формами, по представлениям людей второй половины XIX века, могли быть только «русский» стиль и формы древнерусской архитектуры. Начало реконструкции Красной площади было положено в 1870-е годы В. О. Шервудом, автором фасадов Исторического музея. В 1890-е годы почти одновременно возводятся Верхние и Средние торговые ряды, в непосредственной близости к Верхним, на Никольской улице, — Заиконоспасские, и все в «русском» стиле.