Вот, к примеру, как описывал Клейн одно из несчастий, случившееся в декабре 1904 г., в письме Цветаеву, находившемуся в то время в Берлине: "В ночь… с 19-го на 20-е декабря, в 12 1/2 часов ночи, мне сообщили, что леса музея горят. Немедленно я отправился на постройку, и по мере приближения моего становились виднее клубы дыма и, наконец, подъехав к постройке, я увидел языки пламени из окон залы антиквария. Войдя на двор, я встретил пожарную команду, которая только что принималась за дело и, конечно, стала делать то, что именно не нужно, — поливать нагревшийся фасад. Я остановил эту работу, но было уже поздно, так как наличники окон успели уже получить трещины. Затем отправился в само помещение антиквария, куда еще можно было проникнуть, но с трудом, так как воздух был пропитан дымом и паром.
…Пожарными распоряжался лишь пьяный брандмейстер Тверской части, почему я сделал распоряжение… о присылке еще 3 пожарных частей. Через час действительно общий пожар был потушен, но в ящиках упаковка продолжала тлеть, и пожарные, не церемонясь, пробивали ломами насквозь ящики и таким образом громили все содержимое (речь идет о коллекциях, присланных из-за границы. — Л. С.)… Меня отчаяние охватывало до слез.
После пожара получилась следующая картина: снаружи обгорели наличники и мраморные перемычки окон, закоптились в некоторых местах мраморные стены, как под колоннадой, так и на боковом фасаде: исковеркано и поломано 14 железных рам.
Внутри попорчена вся штукатурка зала антиквария и библиотеки; сгорели все гипсы и попорчена бронза. На сводах стояла вода вершков на 8. Конечно, при 27 градусах мороза все обратилось в общую ледяную массу… Хладнокровнее всех, как мне показалось, отнесся к случившемуся Юрий Степанович (Нечаев-Мальцев. — Л.С.)… он успокаивал меня, говоря, что убытки небольшие и ограничатся суммою не более 25 000 рублей, но мне думается, что они значительнее".
Не менее драматичны письма архитектора главному меценату в период 1906–1908 гг., когда музею грозили финансовый крах и консервация не отделанного внутри здания. Тогда из-за общего хозяйственного кризиса в стране предприятие лишилось почти всех своих богатых жертвователей, а Нечаев-Мальцев резко сократил выдачу ежегодных субсидий.
Оканчивалось строительство Музея изящных искусств при крайне стесненных средствах. Долги заграничным и отечественным поставщикам-кредиторам достигли крупных размеров, и их пришлось погашать еще в течение нескольких лет после открытия музея.
Теперь Государственный музей изобразительных искусств имени А. С. Пушкина на Волхонке, преобразованный после Октябрьской революции, имеет мировую известность. Его интерьеры вместили в себя богатейшее собрание картинной галереи, а в белом парадном зале постоянно устраиваются крупнейшие международные выставки. Здание, созданное Клейном, неизменно находится в центре духовной жизни столицы, ее культурных и научных интересов.
В годы завершения строительства Музея изящных искусств Клейн вел реставрацию усадьбы «Архангельское», возводил там, при участии архитектора Г. Б. Бархина, храм-усыпальницу князей Юсуповых в палладианском стиле (ныне Колоннада); разрабатывал проект здания кинематографа «Колизей» на 700 человек на Чистых прудах.
Одним из наиболее значительных сооружений Клейна этого времени был Бородинский мост (совместно с инженером Н. И. Осколковым, при участии архитектора Г. Б. Бархина). Конкурс на постройку моста был объявлен Академией художеств в связи со столетней годовщиной Отечественной войны 1812 г. Новый мост должен был заменить понтонный, по которому проходила старая дорога из Москвы на Смоленск. Тема оформления моста посвящена победе русской армии в битве на Бородинском поле (отсюда его название и основные декоративные мотивы: надписи на обелисках, военные трофеи, шлемы, пилоны и т. д.) — Постройка Бородинского моста разрешала одну из важных транспортных проблем растущего города — соединение его центра с Брестским (ныне Киевский) вокзалом (автор — военный инженер И. И. Рерберг).
К последним крупным работам мастера, осуществленным в 1914–1916 гг., относится реставрация старого здания Московского университета на Моховой улице (архитектор Д. Жилярди); подготовка к публикации сделанных чертежей и всех деталей здания и обмеров и, наконец, постройка рядом с ним корпуса геологического и минералогического институтов. Последний фланкирует основное здание университета и, решенный в том же строгом стиле, завершает собой университетский ансамбль.