В середине столетия каменные дома были большой редкостью; однако в последние десятилетия они строились не только для бояр и дворян, но и для посадских людей средней зажиточности и богатых купцов. Планировка первых каменных домов была еще тесно связана с приемами, характерными для деревянного «хоромного» зодчества. Дома отличались сложным силуэтом, большой высотой, особенно при наличии «чердаков» — легких верхних этажей, и живописными крыльцами. Наиболее яркими примерами могут служить палаты думного дьяка А. Кириллова на Берсеневской набережной (1657), ансамбль подворья Крутицких митрополитов, созданный в 1693–1694 гг. (зодчие Л. Ковалев и О. Старцев), палаты боярина Волкова в Большом Харитоньевском переулке (конец XVII века), позднее принадлежавшие Юсуповым, Лефортовский дворец в Немецкой слободе (1697–1698, зодчий Д. Аксамитов), скромный дом Яцковой в Кожевниках (конец XVII века).
Павел Алеппский, секретарь антиохийского патриарха Макария, побывавшей в Москве, так описывает каменные жилые дома: "…мы дивились на их красоту, украшение, прочность, архитектуру, изящество, множество окон и колонн с резьбой, кои по сторонам окон, на высоту этажей, как будто они крепости, на их огромные башни, на обильную раскраску разноцветными красками снаружи и внутри…"
К концу века каменные дома становятся более компактными, однообъемными, высокие «чердаки» сменяют более пологие крыши с широкими карнизами-антаблементами. В палатах В. В. Голицына (около 1689), Троекурова в Охотном ряду (конец XVII века), доме Сверчкова в Сверчковом переулке (конец XVII века) и др.; внутренняя планировка еще близка древней «хоромной», но композиция фасадов сближается с западноевропейской трактовкой фасадов жилых домов и дворцов.
В это же время получает развитие строительство монументальных каменных общественных зданий административного назначения. Здания приказов в Кремле (1675) сдержанностью своих форм отличались от живописных жилых домов Москвы. Каменные здания складов (житные дворы на Басманной и у Калужских ворот), Печатного двора, построенного в 1642–1645 гг. Т. Шарутиным и И. Невериным, Нового Монетного двора в Китай-городе (1697) имели замкнутые внутренние дворы, что отвечало их назначению. По внешним углам этих зданий и над въездными воротами стояли башни. Окна были украшены наличниками, более сдержанными по рисунку, чем в гражданских и жилых зданиях, а ворота и шатровые башни — ордерными колонками и скульптурой, белокаменной резьбой.
Башенные завершения, получившие в Москве широкое распространение, отмечали не только въездные ворота, но и мосты, плотины, общественные и промышленные сооружения. Одной из уникальнейших башен XVII века стала знаменитая Сухарева башня у Сретенских ворот Земляного города (зодчий М. Чеглоков, 1692–1695).
Развитием шатровой формы московского храмового зодчества явилось создание одного из замечательных произведений XVII века — церкви Рождества Богородицы в Путинках (1649–1652). Она относится к типу храмов с декоративными двойными и тройными шатровыми завершениями, распространение которых приходится на 40 — 50-е годы XVII века. Асимметричность плана усиливается разномасштабностью отдельных объемов и многообразием их завершений. Обилие различных по форме кокошников и шатров придает церкви необыкновенную живописность и красоту.
Наиболее типичными образцами московского церковного зодчества середины и конца столетия, декоративные формы которых подсказаны яркой, нарядной архитектурой боярских и купеческих палат, являются церкви Николы на Берсеневке (1656), Троицы в Останкине (1678–1692), храм в селе Тайнинском (1675–1677), церковь Грузинской божьей матери в Никитниках (1628–1653). Асимметричные планы этих зданий родственны планам жилых домов. Вокруг основного объема группировались колокольня, приделы, паперти, лестницы с крыльцами и переходами; все сооружение было поставлено на широком подклете, служившем утилитарным целям.
Эти храмы могут служить примером исключительно богатого узорочья. Кирпичное «кружевное» убранство достигает в них необычайной виртуозности в разнообразных по рисунку кокошниках, наличниках, порталах и карнизах. Каждая деталь отличается пластической выразительностью и проработанностью. Убранство внутренних небольших помещений не уступало фасадам. Узорность иконостасов, красочность икон и росписей, орнаментика многочисленных деталей и обстановки — все это придавало храмам праздничную приподнятость, вызывало ощущение радости бытия и удивление мастерством зодчих.
Церковная реформа патриарха Никона, приведшая к расколу православной церкви, очень серьезно отразилась на архитектуре московских храмов. Разработанные патриархом архитектурно-строительные правила должны были очистить культовое зодчество от светских наслоений и вернуть ему суровую монументальность эпохи становления Русского государства. С 1653 г. было запрещено строительство шатровых церквей; такие завершения сохранялись только над колокольнями. Таким образом, церковь Рождества в Путинках, сооруженная за год до издания никоновских правил, была последним шатровым храмом.