Содружество с Казаковым, увлеченным проблемами отечественного градостроения, было плодотворно для Еготова, который в числе ведущих зодчих своего времени разрабатывал классическую линию русской архитектуры.
Дальнейшее развитие градостроительных идей в творчестве Еготова связано с Кремлем. В 1806 г. зодчий приступает к работе над вторым в своей практике значительным общественным сооружением — музеем Оружейной палаты. Бесценные сокровища Оружейной палаты хранились в подвалах различных кремлевских сооружений, страдали от пожаров и от отсутствия надлежащих условий содержания. В начале XIX века Оружейная палата правительственным указом была преобразована в дворцовый музей. Еготов разрабатывает проект реконструкции Сытной палаты под музейное здание. Этот проект, включавший полную переделку средневековых интерьеров и фасада, не был осуществлен, так как решили строить специальное здание.
Еготов предложил расположить новое здание Оружейной палаты вблизи двух крупных общественных сооружений XVIII века — зданий Арсенала и Сената. Чтобы осуществить строительство, предстояло расчистить большое пространство Сенатской площади, занятое ветхими постройками Троицкого подворья. При сносе Троицкого подворья определились четкие контуры площади: она имела вид треугольника, вершина которого совпадала с Никольскими воротами, а сторонами служили здания Арсенала и Сената. В основании треугольника, лежащего на оси Троицких ворот, Еготов запроектировал здание Оружейной палаты.
Многочисленные авторские чертежи здания свидетельствуют о том, что зодчий последовательно добивался стилистического единства своего сооружения с построенными ранее зданиями. Еготов строит архитектурную композицию на четких сочетаниях крупных объемных форм, используя трехчастную систему классического фасада с выделением центрального объема и фланкирующих ризалитов. Центральная часть венчалась куполом и украшалась шестиколонным портиком с тремя фигурами в рост.
Сенатская площадь, решенная М. Ф. Казаковым на основе четких принципов классицизма и удачно завершенная Еготовым, явилась своеобразным эталоном при последующих реконструкциях Кремля.
Интерьер здания строился на сочетании прямоугольных и овальных помещений. Еготов создал торжественные анфилады, богато украшенные лепниной и росписью. "Российский музей сей, — писал в 1809 г. по окончании строительства Оружейной палаты начальник Экспедиции Кремлевского строения П. С. Валуев, — украшающий императорскую площадь, не уступает ни огромностью, ни высотою, ни великолепием Арсеналу, основанному Петром Великим, и Сенату".
К сожалению, судьба этого здания оказалась неудачной. В 60-е годы XIX века оно было неузнаваемо перестроено архитектором К. А. Тоном, приспособившим его под солдатские казармы.
Другое градостроительное начинание Еготова касалось Китай-города, ветхость которого приводила к печальным результатам: обвалился Гостиный двор, устроенный еще во времена Ивана Грозного, целыми участками рушилась Китайгородская стена и т. д. Мысли об ансамблевой реконструкции Китай-города были отражены в неосуществленном проекте зодчего, мечтавшего привести в порядок болотистую речку Неглинную, создать по ее руслу бассейны и каналы, украсить берега прекрасными зданиями. По китайгородской стене, взамен традиционных лавок, он предусматривает создание торговых залов с колоннадой по фасадам. В целом этот градостроительный замысел оказался невыполнимым, однако он повлиял на решение вопроса о строительстве нового Гостиного двора по проекту Дж. Кваренги. При активном содействии тогдашнего военного губернатора Москвы А. Беклегдова эта постройка была окончена за два года. Руководившие строительством зодчие И. Еготов, Селехов, С. Карин внесли в проект Кваренги отдельные изменения в соответствии с условиями местности. До сих пор Гостиный двор на Варварке (ныне улица Разина) является украшением этой исторической части Москвы.
Последняя работа Еготова датируется 1815 г. Он строит Никольскую церковь в селе Цареве по Ярославской дороге. Никольская церковь существенно дополняет сведения, известные нам по усадьбе Загряжских в Яропольце и по некоторым проектам. Создавая классически ясный план церкви, основным объемом которой является ротонда, перекрытая куполом с опорой на восьми столбах, Еготов во внешнем оформлении использует традиционное сочетание красных стен и белокаменных деталей, стрельчатые проемы окон, украшает купол и башенки пинаклями. При этом Еготов применяет классический ордер в конструктивных членениях фасада и дает принятую в неоклассике широкую полосу скульптурного фриза работы академика Г. Т. Замараева. Использование так называемых «псевдоготических» элементов служит чисто декоративным целям.