В основном работа Зарудного проходила в Москве. Своеобразие определяющего архитектурного стиля Москвы этого периода заключалось в том, что два его варианта — старомосковское и западное барокко — существовали как бы одновременно. Блестящим памятником новомосковской архитектуры стала Меншикова башня, создателем которой был И. П. Зарудный. Меншиковой башней народ прозвал церковь Архангела Гавриила, "что на Чистом пруду".
В 1704 г. А. Д. Меншиков, бывший прихожанином церкви Архангела Гавриила в Мясниках, сломал эту невзрачную и уже обветшавшую церковку, с тем чтобы с весны будущего года приступить к постройке новой. Последняя должна была стать обширнее и наряднее старой. Мало того, Меншикову хотелось, чтобы выстроенный по его заказу храм затмил своей красотой все московские строения, а высотой превзошел не только Сухареву башню, но и самого "Ивана Великого".
Башенная форма храма была подсказана необычайным успехом Сухаревой башни, всего лишь за три года до того оконченной к великой радости Петра I. Меншиков, уже тогда постигший искусство угадывать и предупреждать царские желания, знал, что ничем другим он так не расположит к себе Петра, как великолепным архитектурным сооружением, которое станет украшением города.
Постройка началась в 1705 г. и была закончена в 1707 г. "Сухарева башня — невеста Ивана Великого, а Меншикова — его сестра", — говорил парод, гордившийся тремя московскими великанами.
Постройку этой церкви Меншиков поручил Зарудному. Уже одно это показывает, что избранный им зодчий успел зарекомендовать себя какой-то ответственной и значительной строительной работой. Доныие сохранилась летопись церковных дел — так называемый синодик — церкви Архангела Гавриила, обнаруженный русским историком первой половины XIX века А. Ф. Малиновским. Этот документ, полностью подтверждает авторство И. П. Зарудпого как архитектора этого уникального здания.
В три года не могло быть закончено и отделано столь внушительное по размерам сооружение, и потребовалось еще немало времени. на доделки и украшение его интерьеров. Но главная задача была выполнена: над древней столицей поднялась башня, превысившая на полторы сажени (на 3,2 м) колокольню Ивана Великого (высота ее с крестом 81 м). Тогда Меншикова башня была на целый ярус выше и имела длинный «шпиц» — шпиль, увенчанный фигурой парящего ангела. Смелое решение верхнего покрытия здания говорит о знакомстве Зарудного с архитектурой стран Северной Европы, где этот элемент (шпиль) был уже традиционным. Для России же XVIII века подобное завершение постройки явилось очевидным новшеством. Определенное сходство Меншиковой башни с некоторыми голландскими и датскими зданиями, увенчанными иглоподобным «шпицем», не могло остаться незамеченным Петром I.
Принимавший деятельное участие в разработке плана строительства Петербурга, он, видимо, по достоинству оценил значение архитектурной идеи Зарудного. И возможно, именно это натолкнуло его на мысль создать такую башню, которая, подобно вертикальной оси, поднялась бы над новой столицей и была хорошо видна из разных уголков города. Архитектору Д. Трезини, которого Петр специально выписал из Дании для строительства Петербурга, было поручено сооружение колокольни Петропавловского собора. Соборный шпиль с фигурой парящего ангела имеет большое сходство со шпилем московской башни Зарудного. О преемственной связи говорит и своеобразное повторение крупных волют — характерной особенности церкви Архангела Гавриила — в архитектурном оформлении Петропавловской колокольни, она была заложена самим Петром I в день его рождения — 30 августа 1714 г. Устройство над зданием высокого шпиля, впервые использованное И. П. Зарудным в Москве, получило в последующем широкое применение в архитектуре Петербурга. О наличии прежде в композиции Меншиковой башни указанных архитектурных элементов свидетельствует целый ряд документов. Среди них гравюра Ивана Бликландта "Российская столица Москва" — вид на Москву с колокольни Ивана Великого, исполненная в начале XVIII века; рисунок башни, сделанный около 1745 г., - из Тессин-Харлемаповской коллекции графических материалов по русской архитектуре первой половины XVIII века, принадлежащей Национальному музею в Стокгольме, и «Реляция» — донесение в святейший Синод о пожаре, в котором пострадала Меншикова башня.
До 1708 г., до переезда в Петербург, Менгдиков еще проявлял интерес к своей московской постройке и в этом году прислал специально выписанные из Англии часы с курантами, которые были установлены на деревянном ярусе башни, что возвышался над двумя каменными. Так высоко часы были поставлены архитектором не случайно. Деревянный восьмерик служил превосходным резонатором, усиливал ясность и чистоту боя курантов, которые отзванивали каждый час, половину и четверть часа, а ровно в полдень 50 башенных колоколов в течение целых 30 минут своими переливами и перезвонами тешили слух москвичей и заезжих гостей. Это еще больше подняло популярность Меншиковой башни.
В 1711 г. Меншиков приступил к постройке Ораниенбаумского дворца и с этих пор потерял всякий интерес к московской башне, в которой, по словам самого Зарудного, в то время "не только кровля, и шпицер и два полуглавия по самый осьмерик (с часами) мокротою и ветром зело обило… тако ж внутри церковь… стоит аки в запустении". В 1712 г., когда загорелась Сухарева башня, располагавшаяся в ней «навигацкая» школа была временно переведена в Меншикову башню. В основном же здание не использовалось. Летом 1723 г. от разряда молнии загорелся шпиль, составлявший чуть ли не одну треть всего сооружения. Пожар быстро охватил деревянный восьмерик с курантами. При такой высоте (84,2 м) тушить огонь было нельзя. Все дерево сгорело, и сорвавшиеся колокола, проломив своды, рухнули вниз.
Сгоревший третий восьмерик, его длинный, уходивший в небо шпиль и стоявшая на последнем медная статуя Архангела Гавриила с крестом в руке — все это значительно отличало прежнюю Меншикову башню от нынешней.
Новое покрытие, довольно удачно завершающее срезанную на целый ярус постройку, получило существующую теперь форму в 1773 г. (архитектор неизвестен), когда в здании обосновался филиал «Урании» — московской ложи "братьев каменщиков", как называли себя масоны — члены тайного религиозно-философского общества.
В последующие годы Меншикова башня несколько раз подвергалась реставрации.
Это сооружение, удивительно гармоничное во всех своих деталях, имеет в плане крест и отчетливо выраженное стремление вверх. Традиционным двускатным перекрытиям в форме полукружий, или «полуглав», как их называл Зарудный, зодчий дал дальнейшее развитие, разработав богатый карниз, украшенный сухариками и овальными модульонами.
Декорация главного фасада здания отличалась изысканностью: на фоне красных стен были расположены пилястры, тонко профилированные наличники, затейливые пышные карнизы и барельефы. Отлично исполненные детали орнамента пилястр, с головкой ангела вместо цветка, гирлянды, венки, балясины — все это свидетельствует о подлинно творческом подъеме художника, трудившегося над своим созданием с артистическим вдохновением. Две огромные волюты, подобно мощным контрфорсам, поддерживают хрупкий портик над входом. Построив Меншикову башню, И. П. Зарудный явил миру не просто великолепный образец новомосковского зодчества, он создал и поныне чарующую зрителей "стройную архитектурную поэму".
Зарудный много строил как до сооружения Меншиковой башни, так и после нее. Документально известно, что он внес существенный вклад в разработку нового для России архитектурного жанра — триумфальных ворот. Возникновение этого жанра в России не было случайным, оно обусловлено особенностями развития национальной культуры в эпоху Петра Великого. Триумфальные шествия и фейерверочные представления в которых участвовали самые широкие слои населения, были связаны с различными знаменательными событиями.
В 1709 г. в честь Полтавской «виктории» в разных частях Москвы на средства духовенства, купечества и др. было поставлено семь триумфальных ворот. Известно, что одно из этих сооружений строилось по проекту И. П. Зарудного.
Сохранившиеся гравюры свидетельствуют, что это были скорее живописные, нежели архитектурные сооружения: как и в предыдущих торжественных случаях (в честь победы над шведами в 1703, 1704 гг.), были поставлены деревянные каркасы, обитые холстом и расписанные под мраморный декор. К этому следует добавить, что носящие политический пропагандистский характер, скульптурно-живописные сцены и композиции панегирических триумфальных ворот находили отражение и в других областях русской культуры и искусства, например в фейерверках, в карнавальных шествиях, в интермедиях и действах "самодеятельного театра массовой игры" и особенно в школьной драме. Устроители и оформители петровских триумфов нередко применяли уже готовые театральные декорации — "комедийные картины", за которыми посылали в государев театр в село Преображенское; после празднеств их снова возвращали на место и использовали по назначению. Из дела Посольского приказа об украшении триумфальных ворот в Москве "комедийными картинами" известно, что при праздновании Полтавской победы эти картины служили украшением триумфальных ворот, что в "Китай-городе на площади у церкви Казанский Богородицы".