Через двенадцать дней после начала разгрома Советской Армией немецко-фашистских войск под Москвой, 19 декабря 1941 г., Б. М. Иофан и его группа получили распоряжение продолжить композиционную и проектную работу над Дворцом Советов — факт, отразивший уверенность в неминуемой победе над фашизмом. В 1945 г. на первой послевоенной сессии Верховного Совета СССР в Георгиевском зале Большого Кремлевского дворца демонстрировалась модель Дворца Советов в ^юо натуральной величины (4,5 м высотой) и большая перспектива (3X5 м) с изображением новых архитектурноскульптурных элементов композиции, отразивших героику Великой Отечественной войны.
Помимо работы над так называемым свердловским вариантом Дворца Советов в годы войны Б. М. Иофан проектировал и осуществлял авторский надзор за сооружением станции метро третьей очереди «Бауманская» (1938—1944 гг.); проектировал и строил (совместно с Е. Н. Стамо) лабораторный корпус Института физических проблем АН СССР — лабораторию академика П. Л. Капицы (1944— 1947 гг.); работал над проектом восстановления и реконструкции Театра имени Евг. Вахтангова (ул. Арбат, 26), разрушенного во время одного из налетов вражеской авиации на Москву (1943 г.); разработал эскизное предложение по восстановлению центра Сталинграда (1943 г4); спроектировал и приступил к осуществлению генерального плана восстановления Новороссийска (1944—1945 гг.). Исследователи творчества Б. М. Иофана, несомненно, еще обнаружат в планировочных работах по Сталинграду и Новороссийску стремление архитектора воплотить в них прогрессивные идеи, которыми руководствовались московские зодчие при составлении в 1935 г. Генерального плана реконструкции столицы.
Крупнейшей работой, целиком захватившей архитектора, стало проектирование и сооружение в Москве в 1947—1948 гг. первых восьми высотных зданий. По его представлению постройка высотных зданий, с самого начала размещавшихся с учетом расположения Дворца Советов, расширяла ансамбль центра Москвы до масштабов всего города, поскольку зона их влияния распространялась на значительную территорию столицы.
Архитектор с энтузиазмом принял задание на проектирование 32-этажного здания на Ленинских горах, затем нового здания Московского государственного университета имени М. В. Ломоносова. Он не ограничивался работой над собственными проектами — ведь речь шла о сооружениях, ориентированных на будущий Дворец Советов. В печати, публичных лекциях, выступлениях по радио и на различных совещаниях Иофан говорил о своем понимании решения общей задачи, передавал опыт, накопленный при проектировании и строительстве Дворца Советов, и знания в области высотного строительства , приобретенные во время поездок в США и Европу. Б. М. Иофан охотно показывал эскизы высотных зданий желающим.
Однако за несколько дней до завершения проекта, когда уже построенная перспектива ждала отмывки, а инженеры и экономисты заканчивали подсчеты, проектирование высотного здания на Ленинских горах неожиданно было перепоручено другой группе архитекторов во главе с Л. В. Рудневым. На память невольно приходил беспрецедентный в истории роспуск «архитектурной команды» В. И. Баженова.
Причиной замены автора проекта МГУ явилась принципиальная позиция Иофана как художника. Мягкий в обращении с людьми, способный пойти на компромисс в личных отношениях, весьма почтительный к мнению руководства, он становился неуступчивым, когда речь шла о художественных качествах произведения архитектуры. Так было, когда рассматривалось предложение увеличить высоту павильона СССР на Международной выставке 1937 г. в Париже, стоящего напротив фашистского «мастодонта». Он категорически возражал и победил. Так было и при уточнении местоположения здания МГУ на Ленинских горах осенью 1948 г. Зодчий не соглашался отодвинуть здание в глубину участка от Москвы-реки, считая подобное решение большой потерей для художественного ансамбля столицы — при взгляде со стороны центра города здание загораживали холмы, падало значение водного зеркала реки, играющего активную роль в композиции задуманного архитектором «храма науки». Иофан возражал и был отстранен.
К чести Л. В. Руднева надо сказать, что он бережно сохранил как все объемно-прстранственное решение, так и пятиглавую композицию центральной части сооружения, предложенные в эскизе Б. М. Иофана.
Через год после прекращения работы над зданием МГУ архитектор активно включился в проектирование нефтяного и горного институтов на Калужском шоссе (ныне Ленинский просп, 62). Их содержательная схожесть с МГУ позволяла надеяться на осуществление некоторых из прежних замыслов: Иофан задумал пространственную композицию ансамбля новой площади, образуемой монументальными зданиями институтов. К сожалению, в дальнейшем проектное задание изменилось. Строительство горного института не состоялось, а начавшаяся творческая перестройка привела к такому архитектурному решению здания Института нефтехимической и газовой промышленности, которое, к сожалению, никак нельзя считать удачей зодчего: его вынужденный и вымученный объем не украшает парадную магистраль столицы.