Наряду с большой педагогической работой Парусников продолжал и активную проектно-строительную деятельность. Достаточно сказать, что в середине 1930-х гг. по его проектам в Москве было построено несколько школ. Их массовое строительство явилось прямым следствием постановления СНК СССР и ЦК ВКП(б) от 28 февраля 1935 г. «О начальной и средней школе». 1 сентября 1935 г. 127 тыс. учащихся сели за парты в новых, еще пахнущих штукатуркой зданиях — 72 школы были построены в Москве за 145 дней.
Проектирование школьных зданий, отвечавших новым требованиям, когда основным местом занятий оказывался класс, а внешний облик здания должен был отвечать еще совсем не сформулированным представлениям об архитектуре советской школы, было делом совершенно новым и для большинства участников этой работы вовсе профессионально непривычным. Поэтому столь велико было разнообразие авторских предложений, поэтому столь непохожи друг на друга московские школы, построенные в 1930-е гг. Достаточно сравнить, например, школы на 2-й Черногрязской, 7а, и на Нижней Пресненской (ныне Рочдельская, 22) улицах, сооруженные по проектам М. П. Парусникова и И. Н. Соболева, чтобы убедиться в том, что архитекторы воспринимали эту работу как экспериментальную. Действительно, в ее процессе отрабатывался тот облик школьного здания, который на какое-то время стал для Москвы одним из ее символов.
Строительство школ в столице было важной частью осуществления Генерального плана 1935 г. Другой важнейшей работой, связанной с генпланом, была реконструкция улицы Горького, в которой Парусников принял самое деятельное участие.
Сегодня, анализируя Генеральный план реконструкции Москвы 1935 г., мы в первую очередь склонны подчеркивать его преемственность по отношению к исторически сложившейся структуре города — главную позицию важнейшего для всей советской архитектуры документа. При этом как-то выпадает из поля зрения двойное содержание этой позиции. Провозглашая сохранение и развитие исторически сложившейся структуры столицы, Генеральный план одновременно нацеливал архитекторов на создание принципиально нового облика столицы. Таким образом, сохранение исторически сложившейся структуры столицы как признанного памятника русского градостроительства сопровождалось решительной ломкой обществоравщих зданий и сооружений.
Одним из ярких примеров того, как срабатывала ада двойственная постановка задачи на практике, может служить реконструкция улицы Горького. Особенно важно подчеркнуть, что работа над улицей Горького осознавалась как в первую очередь работа над ансамблем и что характер ее определялся как триумфальный, она трактовалась как улица встречи героев, народных шествий, празднеств.
В проектировании отрезка улицы Горького от площади Пушкина до площади Маяковского кроме М. П. Парусникова приняли участие А. К. Буров, Г. П. Гольц, И. Н. Соболев. Чрезвычайно сложной оказалась противоречивая задача, поставленная перед архитекторами,— выразить триумфальный характер улицы не общественными или мемориальными зданиями, но зданиями жилыми, к выражению такой идеи, в сущности, малопригодными. Была проявлена масса выдумки и изобретательности, чтобы решить задачу с требовательностью, присущей этим мастерам.
Тему триумфа были призваны нести нижние этажи зданий, получившие крупный масштаб системой членений — арками (у Гольца, Парусникова и Соболева) или накладными порталами (у Бурова).
На долю Парусникова пришелся, пожалуй, наиболее сложный участок — от угла Пушкинской площади до здания Музея Революции. Сложность состояла прежде всего в том, что архитектуру новых жилых домов необходимо было решить в ансамбле с превосходным особняком XVIII в., в котором и по сей день размещается Музей Революции СССР (д. № 21). Это обстоятельство по нынешним временам едва ли обыденное (хотя от этого не ставшее менее трудным) в контексте московской архитектурно-строительной практики 1930-х гг., когда новому всегда отдавалось предпочтение перед старым, воспринималось как досадное, мешающее творческому самовыражению. И надо отдать должное той тонкости и одновременно смелости, с которой Парусников сделал особняк содержательным центром протяженной композиции. Развернутая фронтально вдоль улицы, она начинается от угла площади Пушкина монументальным восьмиэтажным зданием с мощными, на три первых этажа прямоугольными арками (д. № 19). Следующее здание ступенчато понижается на два этажа, затем через трехэтажные реконструируемые крылья музея — пространственный переход к неглубокому курдонеру, где торжественно стоит музей с восьмиколонным портиком, хорошо читающимся на фоне яркоокрашенной стены. Далее композиция развивается симметрично — через второе крыло музея к Драматическому театру имени К. С. Станиславского и далее к восьмиэтажному объему жилого дома.