Станция «Кропоткинская» до настоящего времени считается классической в истории советского метростроения благодаря простоте архитектурных форм и лаконизму общего замысла. За проектирование и строительство станции «Кропоткинская» А. Н. Душкин получил в 1941 г. Государственную премию СССР.
В 1937 г. сооружена станция метро «Площадь Революции». Автор стремился в интерьере подземного зала зрительно облегчить тяжесть пилонов. Это с успехом достигнуто устройством над проходами архивольтов[1 Архивольт — обрамление арочного проема, выделяющее дугу арки из плоскости стены.] захватывающих окончанием своих дуг части пилонов, и заполнением глухих стен почти круглой скульптурой, выполненной скульптором М. Г. Манизером.
Наружный вестибюль станции «Площадь Революции» (1938 г.) с основной частью — эскалаторным залом, сооруженный рядом с Центральным музеем В. И. Ленина, спроектирован Душкиным как скромный вестибюль, ведущий к площади, и, в отличие от интерьера станции, решен спокойно и просто.
В это же время Алексей Николаевич спроектировал и построил в Москве 13 общеобразовательных школ (на 800 учащихся каждая).
В получившей широкую известность станции «Маяковская» (1938 г.) впервые в станции глубокого заложения бетон внутренних опор был заменен металлом и таким образом тяжелые пилоны превратились в изящные колонны. Два ряда колонн поддерживают три продольных свода овального сечения и завершаются овальными же арками; каждое звено центрального свода завершается поперечным куполом, трактованным как источник освещения зала. Новым в этой станции явилось использование нержавеющей стали в качестве декоративного материала, а также применение в куполах мозаики из смальты на тему «Авиация» (художник А. А. Дейнека). Нельзя признать удачным включение в композицию куполов мозаики. Глубина двойного купола скрывает живопись, лишает нас возможности видеть ее под разнообразными углами, ряд плафонов пе воспринимается одновременно. Несмотря на это, станция «Маяковская» может служить примером новаторского решения архитектурных задач.
Следующей станцией метро явилась станция «Автозаводская» с вестибюлем (1940—1943 гг.), за которую автор получил Государственную премию СССР 1946 г. Колонны и стены подземного зала облицованы светлым мрамором и украшены мозаичными панно на тему труда и обороны.
В послевоенные годы Алексей Николаевич совместно с архитектором Б. Д. Хилькевичем спроектировал в Сталинграде вокзал (1944 г.) и совместно с архитекторами Н. Д. Панченко и Б. Д. Хилькевичем Пантеон героям Отечественной войны, по его проектам было осуществлено строительство железнодорожных вокзалов в городах Симферополе (соавтор Г. Г. Аквилев, при участии архитектора И. М. Потрубач, 1949 г.), Днепропетровске (соавтор архитектор И. М. Потрубач, 1950 г.), Сочи (соавтор архитектор Г. Г. Аквилев, 1951 г.).
С конца 1930-х и до 1960-х гг. Алексей Николаевич занимал ряд ответственных постов: он был начальником архитектурного отдела Метропроекта, главным архитектором Центральной архитектурной мастерской МПС, главным архитектором Мосгипротранса, главным архитектором Метрогипротранса Министерства транспортного строительства.
В 1951 г. по проекту А. Н. Душкина совместно с архитектором А. Ф. Стрелковым построена станция Кольцевой линии третьей очереди метрополитена «Новослободская». Основной замысел авторов в композиции перронного зала состоит в применении цветных, подсвеченных изнутри витражей на пилонах. Этот прием впервые встречается в оформлении станций; интересный сам по себе как декоративное средство, в данном случае он конструктивно не оправдан. Архитекторы перенасытили станцию декоративными мотивами.
В 1951 г. по проекту А. Н. Душкина совместно с архитектором Б. С. Мезенцевым построен высотный дом на Лермонтовской площади.
Высотное здание Министерства транспортного строительства СССР на Лермонтовской площади расположено на пересечении Садового кольца с Каланчевской улицей. Здание представляет собой сложный комплекс административных и жилых корпусов, архитектурно решенных как единый объем, имеющий в плане форму незамкнутого прямоугольника.
Центральная часть здания занята управлениями министерства, боковые корпуса — жилые. Административная часть здания в виде центральной башпи имеет 16 рабочих этажей и достигает высоты около 110 м. С обепх сторон ее — торцевые башни.