Среди работ Щусева, связанных с реконструкцией столицы, необходимо также назвать новый Большой Москворецкий мост, ведущий от Красной площади на улицу Большую Ордынку. Он построен в 1938 г. Проект вместе с А. В. Щусевым разрабатывали инженер В. С. Кириллов и архитектор П. Г. Сардарьян. Длина моста с подходами превышает полкилометра. Выполненный из монолитного железобетона, он лаконичен и смел по своим формам. У опоры моста по проекту было предложено установить на высоких пьедесталах скульптурные группы, олицетворяющие героические эпизоды истории Советского государства; этот замысел пока не осуществлен.
Представляет немалый интерес целый ряд проектов, созданных Щусевым для Москвы в предвоенные годы. Для характеристики творчества архитектора важны не только постройки, но и проекты, которые не были воплощены в жизнь. Среди них проекты главного здания АН СССР, Наркомтяжпрома и 2-го Дома Совнаркома в Зарядье, жилых домов на улице Горького и Октябрьской площади и многие другие.
В те же годы по проектам Щусева построены гостиницы в Баку, Батуми, Институт марксизма-ленинизма в Тбилиси, начато строительство Театра оперы и балета в Ташкенте (закончено в 1947г.). В двух последних зданиях с особенной силой сказалось умение Щусева сочетать классическую схему построения с использованием национальных традиций, деталей, орнамента и т. д. Так, в ташкентском театре отделку шести залов фойе в технике резьбы по ганчевой штукатурке вели народные мастера («усто») из шести районов Узбекистана. Национальный орнамент по рисункам и шаблонам Щусева, который в юности обмерял самаркандские памятники, использован в отделке зала, занавеса, люстр, дверных ручек.
Война с ее неслыханными разрушениями потрясла А. В. Щусева. Он участвует в обследовании состояния целого ряда исторических городов и ансамблей архитектуры, разрушенных немецкими захватчиками, посещает город Истру и Ново-Иерусалимский монастырь, едет в освобожденный Новгород. Им разрабатываются проекты восстановления и реконструкции Истры и ансамбля Ново-Иерусалимского монастыря, Новгорода, Пулковской обсерватории, Волгограда, Киева, Кишинева. В этих работах мастер стремится возродить былую славу ансамблей отечественного зодчества, гармонически сочетать новое и старину. Вопросы масштабности застройки, стилистических ее характеристик, создание охранных зон для памятников архитектуры, волновавшие Щусева, нашли отражение в этих проектах. Наиболее последовательно идеи А. В. Щусева были реализованы при восстановлении Новгорода.
В 1941 г. Щусев проектирует для Центрального парка культуры и отдыха в Москве деревянный ажурный павильон боевых трофеев, построенный в 1942 г.
А. В. Щусев участвует также в проектировании на завершающей стадии строительства Театра оперы и балета в Новосибирске, торжественно открытого в дни празднования Победы в Великой Отечественной войне 1941—1945 гг. Это — одно из ведущих зданий ансамбля центра Новосибирска.
Из послевоенных построек Щусева в Москве упомянем прежде всего административное здание на площади Дзержинского. К пространству площади с северо-восточной ее стороны более 30 лет (с 1947 по 1983 г.) обращено было большое здание, состоящее из двух разных частей (фасадов): левая, темно-серая, тяжеловесная, построена в самом конце XIX в.; правая часть, оранжевато-коричневая, более легкая, живописная, сооружена в 1940—1947 гг. по проекту А. В. Щусева, который предложил сделать весь фасад единым. В 1983— 1984 гг. были проведены работы по завершению замысла автора — перестройке фасада левой части здания. В композиции использованы архитектурные приемы и формы итальянского Возрождения в интерпретации А. В. Щусева: система горизонтальных членений, облегчающаяся кверху рустовка, итальянские балконы и классические карнизы —вот основные мотивы фасада. Обе части здания объединены сейчас серым гранитным цокольным этажом.
Здесь творчество Щусева предстает перед нами в новом обличье. Фасад нового административного здания виделся ему мощным монолитом с едва намеченной центральной осью (она выделяется небольшим повышением с часами). Подлинным центром композиции является бронзовая скульптура Ф. Э. Дзержинского, стоящая посреди площади. Она выразительно выделяется на фоне целостного фасада здания. Щусев разрабатывал также варианты проекта реконструкции района площади Дзержинского, расширяя (на месте нынешнего универмага «Детский мир») проспект Маркса и превращая его в звено зеленого кольца магистралей и бульваров, окружающих центральное ядро Москвы — Кремль и кварталы бывшего Китай-города.