В 1941 г. Щусев проектирует для Центрального парка культуры и отдыха в Москве деревянный ажурный павильон боевых трофеев, построенный в 1942 г.
А. В. Щусев участвует также в проектировании на завершающей стадии строительства Театра оперы и балета в Новосибирске, торжественно открытого в дни празднования Победы в Великой Отечественной войне 1941—1945 гг. Это — одно из ведущих зданий ансамбля центра Новосибирска.
Из послевоенных построек Щусева в Москве упомянем прежде всего административное здание на площади Дзержинского. К пространству площади с северо-восточной ее стороны более 30 лет (с 1947 по 1983 г.) обращено было большое здание, состоящее из двух разных частей (фасадов): левая, темно-серая, тяжеловесная, построена в самом конце XIX в.; правая часть, оранжевато-коричневая, более легкая, живописная, сооружена в 1940—1947 гг. по проекту А. В. Щусева, который предложил сделать весь фасад единым. В 1983— 1984 гг. были проведены работы по завершению замысла автора — перестройке фасада левой части здания. В композиции использованы архитектурные приемы и формы итальянского Возрождения в интерпретации А. В. Щусева: система горизонтальных членений, облегчающаяся кверху рустовка, итальянские балконы и классические карнизы —вот основные мотивы фасада. Обе части здания объединены сейчас серым гранитным цокольным этажом.
Здесь творчество Щусева предстает перед нами в новом обличье. Фасад нового административного здания виделся ему мощным монолитом с едва намеченной центральной осью (она выделяется небольшим повышением с часами). Подлинным центром композиции является бронзовая скульптура Ф. Э. Дзержинского, стоящая посреди площади. Она выразительно выделяется на фоне целостного фасада здания. Щусев разрабатывал также варианты проекта реконструкции района площади Дзержинского, расширяя (на месте нынешнего универмага «Детский мир») проспект Маркса и превращая его в звено зеленого кольца магистралей и бульваров, окружающих центральное ядро Москвы — Кремль и кварталы бывшего Китай-города.
Все послевоенные годы А. В. Щусев продолжал работу над главным зданием Академии наук, возглавляя архитектурно-проектную мастерскую Академпроект. Для строительства этого крупного комплекса была в то время предназначена площадка на берегу Москвы- реки у Крымского вала, 10, Всесоюзное музейное объединение «Государственная Третьяковская галерея». По одному из вариантов проекта комплекс Академии наук СССР представляет собой пространственно развитое восьмиэтажное здание с множеством помещений и залов, с внутренними дворами и угловыми выступами. Центр композиции отмечен двухъярусным портиком и небольшой купольной ротондой, увенчивающей здание. Из глубины комплекса вверх устремляется стройная башня, оживляющая архитектуру самого здания и необходимая для придания градостроительному окружению живописного силуэта. В последних вариантах высота башенной части здания повышается до 15 и 20 этажей. В наши дни комплекс президиума Академии наук СССР построен на возвышенном участке правого берега Москвы-реки между Нескучным садом и Ленинскими горами по проекту авторского коллектива ГипроНИИ (заменившего Академпроект), руководимого архитектором Ю. П. Платоновым. Проектирование А. В. Щусевым здания Академии наук, несомненно, оказало влияние на проекты таких крупных московских комплексов, как МГУ на Ленинских горах и др. По его проектам сооружено несколько зданий научно-исследовательских институтов Академии наук СССР.
Щусев участвовал в проектировании высотных зданий, выполнив свой вариант проекта гостиницы «Бородино» на Дорогомиловской набережной (на месте нынешней гостиницы «Украина»). Его проекты высотных зданий — гостиницы и Академии наук — свидетельство того, что зодчий заботился о продолжении той традиционной черты московской архитектуры, которая выражается в живописном характере силуэта города.
Одно из наиболее ярких произведений Щусева последнего периода деятельности станция метрополитена «Комсомольская»-кольцевая. К проектированию этого сооружения зодчий приступил в 1945 г. Площадь трех вокзалов по его проекту превращалась в площадь четырех вокзалов. Взамен построенного в 1935 г. скромного наземного павильона радиальной линии метро, который не мог уже вместить сильно возрастающего в новом пересадочном узле потока пассажиров, Щусев создал более крупный, по своему масштабу приближающийся к соседним зданиям Ленинградского и Ярославского вокзалов павильон. Как бы завершая цикл работ для советской столицы, зодчий возвратился к художественным идеям старорусской архитектуры, желая этим подчеркнуть и преемственность русской культры, и глубину партиотического духа и подвига народа, только что вышедшего победителем из тяжелейших испытаний Великой Отечественной войны. Перекликаясь с ансамблем Казанского вокзала, раскинувшимся на южной стороне площади, павильон со своим купольным завершением имеет подчеркнуто живописный характер. Куб павильона с двумя приставленными с юга и севера колонными портиками увенчан богатырским шлемом — такова символическая форма купола. Подкупольное пространство вестибюля поражает своей величиной и ощущением свободы.
Но самое значительное художественное впечатление производит перронный зал станции. Здесь мы видим реминисценции архитектурных форм и идей, которые владели зодчим еще во время строительства Казанского вокзала (отметим при этом, что зал соединен переходами с вестибюлем метро и другими помещениями, расположенными в здании Казанского вокзала, и, следовательно, может рассматриваться как его продолжение). Двойная визуально-композиционная связь архитектуры одной из крупнейших станций метро и Казанского вокзала (наружных объемов через пространство площади и интерьеров через подземные переходы) как бы завязывает композицию Комсомольской площади в один узел.
Однако, несмотря на внешнее сходство с интерьерами Казанского вокзала, зал станции метро «Комсомольская» — это все же новое произведение, решающее новые задачи: прославить ратные подвиги народа. Подземное пространство имеет более крупные габариты, чем на других станциях. Высокие своды опираются на мраморный аркатурный пояс и на мощные восьмигранные столбы-колонны из светло-розового мрамора. Праздничный колорит станции оживляется цветными вставками. По обеим сторонам свода крупным ритмом идут золотистые рельефы, изображающие на ярко-красном фоне в живописном скульптурном обрамлении русское оружие. На продольной оси свода на золотом фоне в сочных скульптурных картушах помещены мозаики. Великолепно выполненные художником П. Д. Кориным, мозаичные картины из героической истории народа придают архитектурному образу станции конкретно-историческое звучание. Зал станции «Комсомольская» является наиболее ярким примером той художественной тенденции в советской архитектуре, которая заключалась в трактовке станций метро как дворцов для народа, в преодолении ощущения «подземности» помещений метрополитена не только собственно архитектурными средствами, но и привлечением декоративно-изобразительных искусств.
Понимая все значение идеи размещения мозаик над центральным пространством подземного зала, необходимо все же иметь в виду, что в многолюдном потоке пассажиров, почти постоянно заполняющих станцию и вечно спешащих, затруднительно встать посреди зала и внимательно рассматривать расположенные в зените изображения. Это можно без затруднения сделать лишь в ранние утренние или в поздние вечерние часы.
Строительство станции метро «Комсомольская» завершалось после смерти А. В. Щусева по его эскизам архитекторами В. Д. Кокориным, Ю. А. Заболотной, О. А. Великорецким. Станция была торжественно открыта в 1952 г. Пафос победы, патриотических традиций русского народа особенно остро ощущался советскими людьми в те годы, когда было еще свежо воспоминание о только что минувшей войне.
В конце 1970-х гг. в процессе реставрации Казанского вокзала получила первоначальную окраску (темно-красную) главная башня Казанского вокзала. Однако башне не были полностью возвращены те изысканные формы, которые прежде исказила облицовка. Возможно, когда-нибудь в будущем будет восстановлена в своей первоначальной изящной красоте кирпичная башня с белокаменными деталями, которую сам мастер так неосторожно изменил, облицевав мрамором.