14 августа 1670 года флотилия Моргана вышла из Порт-Ройяла и встала на якорь у острова Ла Вака, назначенного для встречи всех желающих присоединиться к экспедиции, цель которой хранилась в тайне. Узнав о призыве Моргана, к острову потянулись флибустьеры. Не осталась в стороне и Тортуга: «Капитаны пиратских судов изъявили желание выйти в море и взять на борт столько людей, сколько суда могли вместить. Однако не все могли разместиться на кораблях и многие пошли на каноэ вдоль берега», — вспоминал Эксквемелин.
Сбор судов затянулся, к тому же обнаружились проблемы с продовольствием, и вдобавок налетевший шторм повредил несколько кораблей — им был необходим срочный ремонт. Когда флотилия Моргана (36 судов, 1846 человек) вышла в море, уже заканчивалась осень.
Экспедиция Моргана 1670 — 1671 годов в Панаму стала самой крупной пиратско-приватирской акцией, осуществленной в Испанском Мейне. Флотилия Моргана, в соответствии с традициями военных флотов, была разделена на две эскадры — «красного» и «белого» флагов; над флагманом взвился государственный стяг Англии. Лишь одно обстоятельство портило дело — флибустьерский главарь уже 5 месяцев как находился вне закона, так как 8 июля 1670 года в Мадриде был подписан мирный договор между Испанией и Англией и военные действия прекратились. Посланец Модифорда, отправленный предупредить Моргана об этом, не успел вовремя добраться до эскадры — впрочем, возможно, ему было приказано не торопиться, а может быть, пиратский адмирал и сам знал о заключении мира, но решил действовать на свой страх и риск?
Через несколько дней после выхода в море экспедиция добралась до острова Санта-Каталина и при курьезных обстоятельствах захватила крепость — стрельба, которую вели участники «сражения» за остров, представила собой настоящую бутафорию, так как губернатор при появлении флота решил капитулировать, но попросил флибустьеров пострелять для создания видимости крупного сражения. Холостая канонада продолжалась целый день, гарнизон капитулировал, потерь обе стороны не понесли.
Дальнейшие события разворачивались стремительно. Авангардный отряд Моргана подошел к устью реки Чагрес, с ходу захватил расположенную здесь крепость Сан-Лоренсо, уничтожив 300 солдат испанского гарнизона. Основные силы Моргана, 1400 человек, двинулись на баркасах, шлюпках и пирогах по Чагресу, углубившись в совершенно гиблые места. Чащи непроходимой сельвы, страшные болотные испарения, пронизанные миазмами, бурные пороги, ядовитые змеи, враждебные индейцы с отравленными стрелами, голод, изнуряющая дневная жара и леденящий ночной холод, бесконечные стычки с испанскими засадами — вот что ожидало пиратов на пути к золотой Панаме. Наконец 17 января 1671 года Морган добрался до города. Утром следующего дня последовал победный штурм, а затем произошла ожесточенная уличная схватка. Панама пала. Несколько недель бесчинствовали пираты в горящей столице. Пожар перекидывался от лома к дому, уничтожая складские помещения, церкви, магазины и прочие строения; на улицах правил бал сам Сатана. Безобразный дебош, дикие бесчинства, неуемная свирепая жестокость и нечеловеческие истязания людей в обстановке совершенного хаоса и погрома — таким запечатлелось в памяти современников пребывание Моргана в Панаме. Беспорядок дошел до такой степени, что пираты даже упустили из своих рук богатый галион, набитый драгоценностями, церковной утварью, на котором спаслись жены и дети наиболее влиятельных людей Панамы. В феврале флибустьеры вернулись в Сан-Лоренсо, где разделили захваченную добычу. Когда подсчеты были окончены и рядовые участники получили свои доли, оказалось, что сумма каждого составила лишь 200 пиастров. Возмущённые разбойники открыто заявили Моргану об обмане; среди флибустьеров главаря стали называть вором. Столкнувшись с угрозой бунта, «адмирал» пообешал разобраться в происшедшем. В тот же вечер он поднялся на борт флагманского судна, с наступлением темноты поднял якорь и вышел в открытое море. Вслед за ним последовало еще три судна. Через короткое время Морган пришел в Порт-Ройял. Пиратов же, брошенных в Сан-Лоренсо на произвол своим «адмиралом», ожидали различные судьбы. Часть флибустьеров, пришедших с Тортуги, решила рассчитаться с вероломным «адмиралом» и бросилась в погоню, но догнать Моргана не смогла. Другие разбрелись по побережью, ушли на самостоятельный промысел или вернулись в родные гавани.
Морган вернулся на Ямайку триумфатором. Но не прошло и нескольких месяцев, как все изменилось — губернатор Модифорд был арестован, посажен на торговое судно, перевезен в Англию и заключен в Тауэр. Ему было предъявлено обвинение в пособничестве и организации пиратства, и теперь правитель готовился дать отчет королевскому суду о своих действиях против испанцев. Весной 1672 года настала очередь и Генри Моргана предстать перед правосудием. На борту фрегата «Уелком» («Добро пожаловать») его доставили в Лондон. Началось следствие.
Дело Моргана вызвало широкий резонанс. Многие англичане видели в пирате национального героя, а грабеж испанцев, тем более с каперским свидетельством, расценивали как благородное дело. Вспоминали, как в угоду дипломатическим выгодам от союза Англии с Испанией взошел на плаху сэр Уолтер Рэли. Морган же, в свою очередь, щедро разбрасывал деньги и не жалел подарков нужным людям. Кончилось тем, что король Карл II дал пирату аудиенцию в Виндзорском дворце и милостиво говорил с ним. Морган был облечен монаршим доверием. Осенью 1674 года новый кумир Англии был назначен наместником провинции на Ямайке и возведен в рыцарское достоинство. В декабре того же года сэр Генри покинул Англию, вернулся в Порт-Ройял и приступил к исполнению своих служебных обязанностей. Нечего и говорить, что с таким послужным списком, который имел новоиспеченный рыцарь-пират, его деятельность на административном поприше шла от скандала к скандалу. Начать с того, что пиратский «адмирал» объявил амнистию всем морским разбойникам, а когда истек срок, отпущенный бандитам на возвращение к мирной жизни, приступил к репрессиям против бывших товарищей. «Я намерен, — писал Морган, — предать смерти, бросить в узилище либо выдать испанским властям всех пиратов, которых мне удастся задержать». И пошли в Англию корабли с закованными в кандалы пиратами — Морган, став важным чиновником, принялся рьяно выполнять свой долг: лондонские виселицы с телами повешенных флибустьеров он рассматривал теперь как необходимую ступеньку карьеры. «Я испытываю отвращение к кровопролитию, — лицемерно заявлял экс-пират, словно забыв о своих кровавых злодействах, — и меня очень огорчает, что за короткий срок управления колонией я так часто был вынужден приговаривать преступников к смерти». Впрочем, старый пират осознавал тот факт, что справиться с морскими разбойниками невозможно, и предупреждал правительство, что «вырвать с корнем буканьерство будет не легче, чем ликвидировать грабителей на королевских дорогах Англии».
Деятельность Моргана была далеко не похвальна. Он преследовал пиратов и одновременно вел с ними какие-то темные дела; он интриговал против своих коллег на Ямайке и писал бесконечные жалобы и доносы в Лондон; он погряз во взятках и попустительствовал беззаконию. Разнузданная жизнь сэра Генри и его брата капитана Чарлза, наполненная пьяными оргиями и возмутительными похождениями, приводила в смятение жителей Ямайки. В октябре 1683 года Моргана отстранили от занимаемой должности, но в июле 1688 года он восстановил свое положение. Однако жить ему оставалось уже недолго. Образ жизни давал себя знать — сердечные приступы, туберкулез, алкоголизм и цирроз печени свели пирата в могилу. 25 августа 1688 года он скончался и был похоронен на кладбище Палисейд в Порт-Ройяле. Власти хотели перевезти его останки в Англию и с почестями перезахоронить, но страшное землетрясение 1692 года затопило кладбище, и фоб с телом сэра Генри Моргана исчез в морской пучине.