Два благородных и глубоко верующих мужа явились к Фоме и, проливая слезы, клятвенно заверили архиепископа, что многие придворные поклялись его убить. Больше опасаясь за Церковь, чем за свою жизнь, муж Божий предался бегству. В Сансе он был принят Папой Александром, который направил его в монастырь в Понтиньи: так Фома прибыл во Францию. Король, со своей стороны, отправил послов в Рим, чтобы прекратить, наконец, все разногласия. Получив отказ, он еще сильнее разгневался на архиепископа. Король захватил все, что принадлежало Фоме, и отправил в изгнание всю его родню — как мужчин, так и женщин, не считаясь с их положением, возрастом и состоянием. Фома же каждодневно молился за короля и королевство Англию. Архиепископу было открыто, что он вернется в свою Церковь и с пальмовой ветвью мученичества проследует ко Христу. На седьмой год изгнания архиепископ согласился возвратиться и был с почестями принят всеми.
За несколько дней до его мученической кончины некий юноша был восхищен из тела и затем чудесным образом вернулся в него. Юноша поведал, что был вознесен к высшему чину святых. Среди престолов, на которых сидели апостолы, он увидел один, остававшийся пустым. Юноша спросил, кому принадлежит этот престол, и ангел ответил, что он приуготовлен для некоего великого святого англов.
Один священник ежедневно служил обедню Блаженной Деве Марии. За это священник был обвинен перед архиепископом, который вызвал его к себе и отстранил от служения как дурачка и невежу. В то время святому Фоме понадобилось заштопать власяницу: он убрал ее под кровать, чтобы в надлежащее время привести в порядок. Тогда Пречистая Дева Мария явилась священнику и сказала: «Иди к архиепископу и скажи ему что Та, из любви к Которой ты служил обедни, заштопала власяницу, спрятанную архиепископом под кроватью, и оставила рядом красную нить, которой Она ее зашивала. Передай также, что Она приказывает снять наложенное на тебя отлучение». Услышав рассказ священника и найдя все, о чем тот поведал, Фома изумился и снял с него отлучение, но велел хранить все произошедшее в тайне.
Как и прежде, святой Фома защищал права Церкви, и король не мог склонить его на свою сторону ни силой, ни увещеваниями. И вот, поскольку Фома был неколебим, два королевских воина в полном вооружении пришли к нему и, возвысив голоса, спросили, где архиепископ. Фома же, бывший там, сказал: «Я здесь. Что вам нужно?». Они ответили: «Мы пришли убить тебя! Ты не должен оставаться в живых». Архиепископ сказал им: «Я готов умереть за Бога, защищать справедливость и хранить свободу Церкви. Итак, если вы ищете меня, именем Всемогущего Бога и под угрозой отлучения я запрещаю вам причинять вред кому-либо из окружающих. Дело Церкви и себя самого я препоручаю Богу, Пречистой Деве Марии, всем святым и святому Дионисию». Едва он произнес это, досточтимая глава святого была поражена мечами нечестивцев, священный венец пал, по церковному полу растекся мозг, и мученик принес себя в жертву ради Господа в лето Господне 1174-е.
Рассказывают, что когда клирики запели Вечный покой и стали служить заупокойную мессу, внезапно сонмы ангелов прервали пение предстоящих и начали служить мессу во славу мученика. Ангелы возгласили: Славится праведный в Господе, и все клирики вторили ангельским голосам. Воистину, десница Всевышнего изменила богослужение: скорбные песнопения перешли в славословия, и голоса, певшие заупокойную службу по мученикам, сменились звуками хвалебных гимнов. Так было засвидетельствовано, что Фома обладал высочайшей святостью и был славным мучеником Господним, ибо своим приходом ангелы удостоили его великой чести и причислили к сонму святых.
Претерпел же святой страдания за Церковь, в церкви, в святом месте, в священное время, на руках у священнослужителей и верных, дабы всем была явлена святость мученика и жестокость его гонителей.