На следующий день он снова призвал ее, говоря: «Неразумная дева, пожалей свою красоту: поклонись нашим богам — и будешь свободна». Маргарита ответила ему: «Я почитаю Того, перед Кем трепещет земля, содрогается море, Кого страшатся все создания». Префект сказал: «Если не послушаешь меня, я прикажу терзать твое тело». Она же ответила: «Христос по Своей воле предал Себя на смерть ради меня, и потому я жажду умереть за Христа!».
Тогда префект велел поднять ее на дыбе, сечь розгами и терзать железными гребнями до тех пор, пока не обнажились кости и кровь не хлынула из ее тела, как из чистейшего источника. Стоявшие рядом люди рыдали и говорили: «О Маргарита, мы скорбим о тебе, видя, сколь жестоко истерзано твое тело! О, как гибнет красота твоя из-за твоего неверия! Уверуй снова, чтобы сохранить себе жизнь». Она же ответила: «Отойдите от меня, дурные советчики, и убирайтесь прочь! Это терзание плоти есть спасение души». Сказала она префекту: «Бесстыдный пес! Ненасытный лев! Ты имеешь власть над плотью, но душу хранит Христос». Префект же закрыл лицо плащом, не в силах смотреть, как льются потоки крови.
Наконец он приказал снять ее с дыбы и снова заключить в темницу. Дивный свет воссиял вокруг, и дева с молитвою обратилась к Господу, дабы Он воочию явил ей врага, с которым она сражается. Тотчас же предстал перед ней великий дракон и захотел пожрать ее, но Маргарита сотворила крестное знамение, и дракон исчез. Рассказывают и по-другому: дракон захватил голову девы своей пастью, обвил ее ступни языком и разом проглотил. Но когда он захотел отправить ее во чрево, дева осенила себя крестным знамением. Силою креста дракон со страшным треском разорвался, и дева вышла из него невредимой. Однако история о том, как дракон пожрал Маргариту и затем лопнул, считается апокрифом и нелепой сказкой.
Диавол же, чтобы погубить деву, вновь явился ей в облике человека. Увидев его, Маргарита предалась молитве. Едва она поднялась с колен, диавол подошел к ней и сказал, коснувшись ее руки: «Достаточно того, что ты совершила, отойди от меня». Тогда дева схватила диавола за голову, повергла наземь перед собой и сказала, поставив правую ногу ему на шею: «Прострись, гордец, у ног женщины!». Демон стал кричать: «О святая Маргарита, я побежден! Я не стыдился бы так сильно, если б меня победил юноша. Увы, я потерпел поражение от нежной девы. Я страдаю еще больше оттого, что твои отец и мать были мне друзьями».
Маргарита приказала ему объяснить, зачем он пришел к ней. Демон отвечал, что явился убедить ее повиноваться префекту. Она велела рассказать, для чего диавол так часто искушает христиан. Демон поведал, что по своей природе ненавидит добродетельных людей, и хотя они часто гонят его прочь, в нем неистребимо желание соблазнять достойных. Ибо диавол завидует счастью людей, тому счастью, что навсегда утратил сам, и потому стремится отнять у других то, что сам не может обрести.
Он также рассказал ей, что однажды Соломон заключил бесчисленное множество демонов в некий сосуд. После смерти царя демоны сотворили так, что тот сосуд озарился пламенем. Люди решили, что в нем хранится великое сокровище, и разбили сосуд. Так демоны освободились и заполнили собою воздух. Выслушав этот рассказ, дева убрала ногу с его шеи и сказала: «Беги, несчастный!» — и демон немедля исчез. Маргарита же почувствовала себя в безопасности, уверенная в том, что легко одолеет прислужников демона, если одержала победу над их господином.
На следующий день при большом стечении народа святая Маргарита вновь предстала перед судьей и отказалась принести жертвы богам. С нее совлекли одежду и стали жечь ее тело горящими факелами. Собравшаяся толпа дивилась, как может юная дева переносить столь тяжкие мучения. Затем судья приказал связать ее и бросить в большой чан, полный воды, чтобы сила страданий увеличилась от перемены пыток. Но тут земля содрогнулась, и на глазах у всех дева невредимой вышла из чана. Увидев это, пять тысяч мужей уверовали и во имя Христово приняли смертную казнь.
Префект испугался, как бы все остальные не обратились к вере, и приказал тотчас обезглавить святую Маргариту. Она же попросила дать ей время для молитвы и стала благоговейно молиться за себя и за своих гонителей, а также за тех, кто будет чтить ее память и призывать ее имя в молитвах. Она просила также о том, чтобы любая роженица, обратившаяся к ней с молитвой, могла благополучно разрешиться от бремени. И тогда с неба раздался глас, возвестивший, что все просьбы ее услышаны. Восстав от молитвы, дева сказала палачу: «Брат, возьми свой меч и срази меня». Одним ударом палач отсек ей голову, и дева приняла мученический венец.