Началось великое перемещение бояр. «До 12 тысяч этих выселенцев зимой с семействами шли пешком из отнятых у них усадеб на отдаленные пустые поместья, им отведенные». Многие из депортированных и не депортированных бояр уничтожаются физически. «Князь Курбский в своей Истории, перечисляя жертвы Ивановой жестокости, насчитывает их свыше 400. Современники иностранцы считали даже за 10 тысяч» ().
Униженные и оскорбленные, лишенные исконных древних прав и привилегий бояре морально и физически сломлены, не протестуют, кроме бежавшего за границу диссидента Курбского. Главный оппонент царя — князь Курбский известен как участник Казанского похода, воевода в Ливонской войне. Опасаясь опалы за близость к казненным Иваном Грозным феодалам, в 1564 г. бежал в Литву, стал членом королевского совета (рады), воевал против войск царя. Потомки знают его прежде всего, как писателя публициста — автора трех посланий Ивану Грозному и «Истории о великом князе Московском».
Эпистолярный диалог Ивана Грозного и Курбского, согласно Ключевскому, можно свести к двум фразам. Курбский: «Обычай у московских князей издавна желать братий своих крови и губить их убогих ради и окаянных вотчин, ненасытства ради своего». Царь: «Жаловать своих холопей мы вольны и казнить вольны же».. Царь и «жаловал»: «К концу XVI в. государственное тягло стало гораздо тяжелее, чем вначале его» ().
Парадокс в том, что не бояре — политически один из наиболее сильных слоев населения, но крестьяне выступили против политики царя и «проголосовали» ногами. Заселение Поволжья началось сразу после взятия Казани, но массово народ «рванул» на новые земли с начала 1560-х гг. и особенно после введения опричнины, т. е. после того как боярские вотчины были отданы в поместья, и крестьяне получили новых хозяев — владельцев земли. Интенсивность процесса была также связана с «замирением» Поволжья. В итоге великого исхода «громадное, измеряемое многими десятками тысяч число деревень (от 50 до 90 % в разных районах) превратилось в пустоши» (). Именно тогда «англичанин Флетчер по пути между Вологдой и Москвой встречал села, тянувшиеся на версту, с избами по сторонам дороги, но без единого обывателя…» ().
Размер бегства крестьян виден в сравнении с серединой века, когда только новые помещики получили земли, на которых было не менее 15 тыс. дворов, что составляло около 55 % всех дворов. Мы не знаем, сколько из как минимум девяти десятых всего населения ушло на новые земли, поскольку часть погибло от голода и мора, часть в войнах, часть попала в крымский полон, однако можем предположить, что большая часть. И в связи с этим утверждать: царь испоместил слуг своих, но они остались без крестьян на пустой земле, т. е. без оплаты своего труда. Последнее если не обусловило, то обострило кризисную ситуацию.
Крах полицейского режима, который сложился при Иване Грозном, достиг своего апогея в конце царствования Годунова, был предрешен, но одновременно полицейский режим как система правления был окончательно утвержден. Общество лишено собственности и самостоятельности. Значимость личности было приближена к нулю, а девиз государства Российского нашел свое выражение в словах Грозного именно тогда: жаловать своих холопей мы вольны и казнить вольны же.
По мере становления со второй половины XV в. Российского государства с каждым десятилетием расширялся круг вопросов, требовавших разрешения, возрастала острота проблем и необходимость все более быстрых действий. Время как бы сжималось. Особенно во второй XVI в. Не только утверждалась политическая и экономическая власть государства: «коренным явлением истории служилого землевладения в XVI в. был рост поместного владения и подчинение вотчины повинностям, лежавшим прежде только на поместьях» . Во всех сферах жизни происходили быстрые и, что существенней, необратимые изменения, события чрезвычайной важности. Основные процессы и события социально-экологического кризиса, обусловившие весь дальнейший ход его развития, случились во второй половине XV — середине XVI в. Произошло резкое ухудшение климатических условий, беспрецедентное повышение неустойчивости климата, рост неблагоприятных для земледелия явлений природы. Вызрел экологический кризис, обусловивший переход к низкоурожайному безнавозному трехполью. Инерционный рост населения вызвал падение уровня и качества жизни.