Даже размеры изданий Скарыны, свидетельствуют, что реформатор печатал Библию для ежедневного чтения людей посполитых, а не для литургических целей. Если напрестольные Евангелия в то время выпускались «в аркуш», то книги Скарыны были напечатаны «в четвёрку», это значит в четыре раза меньше, а то и в «в восьмёрку», что делало их удобными для читателя. Несмотря на сдержанную, а зачастую и открыто враждебную позицию православного духовенства, переводы Скарыны широко разошлись по всему Великому Княжеству, давая возможность сотням и тысячам литвинов понять Слово Божье. Скарына своей деятельностью подготовил изменения в сознании и способе мышления своих соотечественников, заложил основания подъёма Реформации в Беларуси в середине XVI века. Через сто лет униатский архимандрит А.Селява, обращаясь к православным, писал буквально следующее: «Перед унией (Брестской 1596 г.) был Скарына, еретик гусит, для вас печатавший в Праге книги по-руски». Кстати, это единственное упоминание в документах той эпохи, которое говорит нам о вероисповедании Скарыны.
На протяжении долгих лет среди учёных не умолкают споры о том, кем был по вероисповеданию Франциск Скарына из Полоцка, католиком или православным, хотя аргументация той и другой стороны базируется только на косвенных доводах. Сам Скарына нигде в своих произведениях не пользовался словами «католический» или «православный», он всегда говорил о христианстве. А все источники XVI века, в которых говорится про Скарыну, свидетельствуют о широкой реформаторской деятельности беларуского первопечатника, недаром Селява называет его «еретиком гуситом». Когда в миссионерском запале Скарына повёз свои Библии в Москву, все книги по распоряжению московского царя были сожжены, потому что православные богословы заявили о влиянии идей Лютера на издания Скарыны. Через несколько десятков лет князь Андрей Курбский, бежавший от Ивана Грозного в Великое Княжество, резко критиковал в своём письме к Григорию Ходкевичу, великому гетману литовскому, перевод Скарыны, обвиняя полочанина в «преступной связи» с Реформацией, в искажении православной веры и еретическом мышлении. Он утверждал, что Библия Скарыны «растленна», противоречит «всем апостольским и святым уставам» и во всём согласна с Библией Мартина Лютера.
В 1530 году великий князь литовский Жигимонт Старый провозгласил в Вильне первый декрет против «лютеран и анабаптистов», в котором запретил проповедь антикатолических взглядов не только публично, но и в частных разговорах, а также распространение книг подобного содержания. Этот документ не называет никаких фамилий, но после оглашения декрета Франциск Скарына выехал из Вильни в Кенигсберг к Альбрехту Гогенцоллерну, который уже провозгласил лютеранство вероисповеданием своего государства. Через несколько месяцев мы снова видим Скарыну в Вильне, но с письмами от прусского герцога к виленскому воеводе и виленскому магистрату, в которых герцог Альбрехт просит не притеснять доктора Франциска из Полоцка. Все эти факты ясно свидетельствуют, что одним из тех «лютеран и анабаптистов», против которых был направлен великокняжеский декрет, был и беларуский первопечатник Франциск Скарына.
Вся деятельность Скорины — это прежде всего реформаторская деятельность, направленная на возобновление личных отношений человека с Богом. Все предисловия первопечатника пронизаны идеями Реформации, горячим желанием вернуть христиан к первоисточнику — Библии. И поэтому абсолютно справедливо мы можем назвать Франциска Скарыну одним их первых деятелей Реформации в Великом Княжестве Литовском, начинателем беларуской Реформации.
В своём желании возвратить христианству евангельский облик Скарына не был одинок. Уже в 1525 году монах-францисканец Станислав Рапегелан проповедовал в Вильне учение Мартина Лютера. В скором времени он уехал в Виттенберг, долгое время был учеником самого Лютера и получил от него степень доктора богословия, а затем вернулся на Беларусь продолжить проповедь идей реформы.
Реформацией начали живо интересоваться горожане и шляхта, многие из которых познакомились с её идеями во время поездок за границу. Этому никак не мог воспрепятствовать ни уже упомянутый великокняжеский декрет в 1530 году, ни следующий подобного рода документ в 1538 году. В 1539 году при поддержке трокского воеводы Гаштовта магистр свободных наук Юрий из Эйшишек пробовал основать в Вильне лютеранскую школу, но это ему запретила капитула (совет католических священников). Но в том же 1539 году другой выпускник Виттенбергского университета, Авраам Кульва открыл школу, в которой училось более 60 учеников, прежде всего дети магнатов и шляхты. Кроме того, он проповедовал идеи Лютера в виленском костёле святой Анны. Деятельность Кульвы настолько распространила евангельское учение среди жителей Вильни, что виленский епископ Павел Гольшанский был вынужден обратиться к Жигимонту Старому с просьбой помочь остановить распространение «сектанства». В 1542 году в новом декрете король и великий князь приказал Кульве отречься от своих взглядов, а также угрожал каждому шляхтичу лишением дворянского звания и конфискацией имущества в случае, если тот будет исповедовать учение Лютера, запрещал направлять молодёжь на учёбу в Германию и приглашать немцев в качестве воспитателей и учителей. Однако никакие декреты и репрессии не могли остановить духовное обновление, и уже в следующем году был отменён закон, запрещавший учёбу в немецких университетах.