Война с Москвой, которая продолжалась уже много лет, остро поставила перед Великим Княжеством давний вопрос об унии (союзе) с Польским Королевством. Военная машина Московского государства, направленная на завоевание новых земель, значительно превосходила оборонительные возможности Княжества, и наша страна серьёзно ощущала недостаток собственных сил, чтобы противостоять восточному агрессору. В 1563 году начались переговоры делегации Великого Княжества с представителями Польской Короны об условиях объединения государств. Польская сторона, ссылаясь на старые акты времён Ягайлы, настаивала на создании единого государства, но беларуские послы во главе с Микалаем Радзивилом Чёрным принципиально настаивали на сохранении независимости Великого Княжества. Споры длились не один год, тем временем война продолжалась, ослабляя страну. Шляхта, на плечах которой лежала основная тяжесть войны, всё громче требовала унии, соглашаясь на польские условия.
Наконец в январе 1569 года в Люблине собрался совместный сойм Великого Княжества Литовского и Польского Королевства, чтобы рассмотреть вопрос о союзе. Делегация Княжества вновь решительно не согласилась с идеей включения своей страны в состав Польского Королевства и в знак протеста покинула Люблин. Тогда Жигимонт Август, пользуясь своей властью великого князя литовского, присоединил к Польскому Королевству Подляшье, Волынь и Киевщину, тем более, что тамошняя шляхта была более всех благосклонна к унии, надеясь найти таким образом защиту от Москвы и от татар. Вильня была шокирована таким ходом событий, даже раздавались голоса о войне с Польшей, но если с западным соседом можно ещё было вести переговоры, то с Иваном Грозным говорить было не о чем: там, где проходили московские войска, оставалась выжженная земля. Послы Княжества снова приехали в Люблин, чтобы отстаивать самостоятельность своего государства и прийти к какому-то компромиссу. 1 июля 1569 года был объявлен акт создания Речи Посполитой Двух Народов — федерации Польского Королевства и Великого Княжества Литовского, которая имела одного короля и одну внешнюю политику, но две армии, два скарба (финансовые системы), два сборника законов.
Союз кальвинистского Великого Княжества с преимущественно католическим Польским Королевством начал новую страницу в истории Беларуси, но в то время мало кто мог предвидеть, что будет дальше. На Люблинском сойме почти все послы Великого Княжества были кальвинистами или лютеранами, а среди польской делегации евангельские христиане составляли примерно одну четверть. Несмотря на это многие в Беларуси считали, что принципиальных изменений во внутренней политике Речи Посполитой Двух Народов не предвидится.
Тем временем в Польше реформационное движение пошло на спад, и католическая церковь стала постепенно отвоёвывать свои позиции. Во главе этого движения, названного Контрреформацией, стали иезуиты — монашеский орден, имевший своей целью установление власти католической церкви во всём мире. В 1569 году первые иезуиты приехали в Вильню по приглашению виленского епископа Протасевича и в следующем году открыли свою школу. Евангельские церкви Великого Княжества, в то время очень сильные и расширяющие своё влияние, просто не заметили появления в столице своего в недалёком будущем опаснейшего врага. Внимание всех было сконцентрировано на спорах между большим и меньшим зборами, и на это были брошены интеллектуальные и материальные силы евангельских христиан. Однако самые дальновидные лидеры Реформации в Великом Княжестве понимали необходимость совместных действий представителей разных направлений реформационного движения. В марте 1570 года по инициативе Микалая Радзивила Рыжего в Вильне был заключён договор между лютеранами и кальвинистами, касающийся не столько догматических вопросов, сколько вопросов сотрудничества, консультаций и взаимопомощи. Пример Великого Княжества подействовал, и спустя несколько месяцев в Сандомире было заключено подобное соглашение, охватывавшее евангельских христиан всей Речи Посполитой.