Христиане Великого Княжества некоторое время тешили себя надеждой, что король, рождённый в лютеранской Швеции, по крайней мере не будет препятствовать реформационному движению. Реальность очень быстро показала, что подобные надежды были напрасны. Жигимонт Ваза окружил себя иезуитами, которых знал ещё со Стокгольма, где члены этого ордена были его наставниками и воспитателями, и открыто заявил, что государственные должности он будет давать только католикам. Не имеет значение образование, способности, ум, важно только разделять программу короля — очистить Речь Посполитую от всего некатолического. На государственном уровне была объявлена война Реформации.
Однако стремления Жигимонта Вазы так и остались бы стремлениями, если бы его идеи были только его идеями. На самом деле король Речи Посполитой не был автором своей политики. Подлинными авторами, а также исполнителями политики Контрреформации в Речи Посполитой были иезуиты. Их неутомимая, продуманная работа дала католической церкви в Великом Княжестве много новых последователей. Вот как описывает их деятельность Ю. Лукашевич, автор фундаментальной работы «Деяния кальвинистской церкви в Литве»: «Иезуиты выступали с амвонов против Лютера, Кальвина, Цвингли, Ария и их последователей, вызывали диссидентов (так называли тогда католики евангельских христиан) на диспуты, проповедовали народу на рынках, стремились заполучить магнатов для католической церкви, не упускали не одного способа, чтобы ослабить или оклеветать иноверцев, науськивали на них толпу и разрушали им зборы, не обращая внимания на литовский Статут, который строго запрещал уничтожение святынь любого христианского вероисповедания… В Вильне печатник Даниэль из Ленчицы, кальвинист, не переставал издавать произведения своего вероисповедания. Чтобы этому помешать, иезуиты подкупили его слугу, чтобы тот выкрал шрифты, и когда он это сделал, иезуиты скрывали преступника в своём коллегиуме и не хотели выдать его потерпевшему … Не было в Литве уголка, где бы у них не было своих миссий. Особенно распространяли они своё апостольство на Жамойть, Белую Русь и Новогрудок. По усадьбам, костёлам, во время праздников, ярмарок, похорон, везде и всегда сновали иезуиты, в поисках новых сторонников католической церкви, попадая через глаза в сердце народа, организовывая театральные постановки, канонизации святых и т. д. Всё это было продумано так, чтобы нравилось толпе, а также чтобы унижало диссидентов, обряды и служителей которых иезуиты не забывали высмеивать и поносить всеми способами, в своих полемических произведениях, против тех направленных, всегда переходя на личности. О целомудренейших, образованнейших из числа диссидентов пускали разные сплетни. Так, например, Волана, который воздержанностью свою жизнь до 90 лет продлил, назвали пьяницей, о Судровском, своими знаниями не уступавшем иезуитам, придумали небылицу, что в молодости он был палачом во Львове, что серебряный талер украл и т. д. Решения диссидентских синодов высмеивали, потому что в них речь шла об овсе, дровах, курах и о прочих необходимых для министров вещах, как будто духовенство католического вероисповедания на своих собраниях никогда не говорило о десятинах и деньгах. По правде говоря, диссиденты не обращали внимания на эти нелепые обвинения, но иезуиты, тысячу раз поверженные, тысячу раз то же самое повторяли и, наконец, убедили в этом народ, который стал пренебрегать диссидентским духовенством, относясь к ним хуже, чем к нищим и пьяницам. К тому же иезуиты всевозможными способами собирали в свою Академию сыновей диссидентов, и среди своих 700 учеников имели их немало, более стараясь перетянуть их в католическую веру, чем углубить их знания или воспитать их праведными людьми и добрыми гражданами».
В 1589 году король Генрих IV изгнал из Франции иезуитов «как деморализаторов молодёжи, нарушителей общественного порядка, врагов короля и государства». В Речи Посполитой в это же самое время иезуиты были поддерживаемы всей силой королевского авторитета. Король благоволил иезуитам как только мог, и было очевидно, что занять в государстве высокий пост можно было только по их протекции. Души людей в то время начали удивительным образом изменяться, причём в сторону, которая соответствовала желаниям человека, имевшего право давать староства, воеводства, места в сенате. Магнаты, шляхта, часть горожан один за другим начали предавать Реформацию и переходить в католическую церковь, то ли желая получить должность, то ли опасаясь преследований. Наблюдая всё что, английский посол Томас Ро с горечью отмечал, что, как свидетельствует пример Речи Посполитой, «спесь и алчность многое могут в мире».