Видя такие успехи католической церкви в борьбе с Реформацией, а с другой стороны, будучи не в состоянии сами справиться с евангельскими христианами, которые «не по одной, але велікімі громадамі стадо Хрыстово урываючы да своее сборы плюгавае загоняють», некоторые иерархи православной церкви на Беларуси и Украине обратились к папе римскому с просьбой о заключении унии между православной и католической церквами в Речи Посполитой. Причины такого шага очень ясно изложены в программном документе унии — Грамоте от 2 декабря 1594 года: «А наиболее потому, что в настоящее несчастливое время среди людей намножилось немало разных ересей. Многие, отступая от христианской православной веры, бегут от нашего закона и Божьей церкви, отрекаются истинной хвалы Бога, в Троице единого». Папа римский Климент VIII с радостью принял выступление православной церкви Великого Княжества против общего врага — реформационного движения, и в 1596 году в Бресте была заключена уния между православной и католической церковью.
Заключение Брестской унии стало ещё одним успехом Конрреформации в Великом Княжестве С огромной скоростью страна, как и 50 лет назад, изменяла свой облик. Магнаты, влиятельные и жертвенные евангельские верующие, умирали один за другим, уступая свои места в сенате католикам, воспитанникам иезуитов, которым Жигимонт Ваза давал высшие должности в государстве. Конец XVI — начало XVII столетий — это время смены поколений в Великом Княжестве. Отходило в вечность поколение Реформации, люди, которые приняли Божье Слово в свою жизнь, жили этим Словом и изменили страну, закладывая основания Божьего благословения для своего Отечества. Их дети не пошли вслед за родителями, сделали иной выбор. Если посмотреть биографии различных государственных деятелей Великого Княжества того времени, бросается в глаза, что почти все они были кальвинистами или лютеранами, учились в реформаторских школах, в университетах Кенигсберга, Виттенберга, Лейпцига, но в начале 90-ых годов XVI века в их жизни произошло резкое изменение мировоззрения, и мы видим их или католиками, или униатами.
Почему это произошло? Почему Реформация так быстро и повсеместно охватившая Великое Княжество, стала стремительно терять позиции? Можно высказывать различные мнения, но даже не проводя специальных исследований можно назвать основные причины такой ситуации. Во-первых, войны с Московским государством ослабили Великое Княжество и вынудили его искать более тесного союза с Польским Королевством, открываясь таким образом на всевозможное влияние своего союзника. Победа Конрреформации в Польше предопределила подобные процессы и в Великом Княжестве. Второй, не менее важной причиной отступления Реформации была несолидарность реформаторов. Богословские конфликты разделяли евангельских христиан, которые часто считали более важным доказать, что остальные реформаторы ошибаются, чем в единстве выступать против общего врага. Кроме того, в общественных и политических делах евангельские христиане, в отличие от своих братьев по вере в остальных странах Европы, не выступали единым фронтом, и потому часто не могли защитить свои права или добиться выгодного для себя решения либо развития событий. Такое несогласие между сторонниками Реформации контрастировало с богословским и организационным единством, которое демонстрировала католическая церковь и которое импонировало шляхте. Ещё одной причиной победы Контрреформации в Великом Княжестве стало малое внимание, которое в последние десятилетие XVI века реформаторы уделяли своим служителям. Образованные, всемирно известные министры, такие как Волан, Судровский, Ласицкий, не оставили после себя настолько же образованных и заботливых наставников. Иезуитская пропаганда показывала евангельских служителей никчемными людьми, а самим реформаторам не хватило мудрости, чтобы серьёзно заинвестировать в то, чтобы поднять статус министров своего исповедания в обществе. В результате в начале XVII века реформационное движение ощущало огромную нехватку служителей, и десятки зборов были закрыты из-за банального отсутствия пастора. Верующие, не имея духовной опеки со стороны своих министров, легко находили её со стороны католических священников и принимали учение и практики католической церкви.
Великое Княжество всё более отходило от библейских принципов, и это проявлялось на всех уровнях общественной жизни. Преследования диссидентов, начатые в стране, поколебали мораль общества. Если ты можешь грабить, избивать, издеваться над соседом, потому что он верит не так, как ты, то что может помешать тебе делать то же самое в отношении другого человека? Стремительное падение морали стало характерной чертой начала XVII века. Всё это вызвало кризис политической системы страны. Деятели Реформации XVI века, которые создали конституционный строй Речи Посполитой Двух Народов, могли повторить слова, сказанные через двести лет Джеймсом Медисоном, одним из создателей Конституции США: «Мы поставили будущее всех наших политических учреждений в зависимость от способности человечества к самоуправлению, от способности всех вместе и каждого из нас управлять самим собой, сдерживать себя, руководствуясь десятью заповедями Божьими». Когда граждане страны в значительной своей части руководствовались в жизни Божьим Словом, а не своими желаниями, страна развивалась и служила примером всему миру. Когда общество отошло от Библии, от Евангелия, страна начала скатываться в хаос и анархию. В 1573 году во время первых выборов короля на элекционном поле несколько недель стояло пятьдесят тысяч вооружённой шляхты, которая собралась со всей Речи Посполитой, чтобы выбрать себе монарха. И за это время не выстрелило ни одно ружьё, ни один шляхтич не дрался на саблях с другим. В конце правления Жигимонта Вазы не было такого сойма или соймика, когда бы личные или политические вопросы не решались с помощью силы. Король первым показал пример беззакония своим подданным, в открытую нарушая постановления Варшавской конфедерации и поддерживая всяческие преследования евангельских христиан. Как внешняя, так и внутренняя политика Речи Посполитой характеризовалась тем, что идеология Контрреформации была не только вне морали, но и вне здравого смысла. Жигимонт Ваза, желая расширить власть католической церкви, начал войну Речи Посполитой со Швецией, войну, не нужную никому, кроме Рима. Горя этим же желанием, король поддержал московскую авантюру Лжедмитрия, пойдя против воли сената и общественности Речи Посполитой.