Вследствие наводнений, высоких приливов и воздействия ветров и волн на прибрежные зоны под водой возникали наносы песка и ила, способные перекрывать проходы между островками или делать их непроходимыми для крупных судов. Канал, ведший из пристани Сан-Марко в море через порт Сан-Николо, уже в XIII веке начал опасно заиливаться. В 1305 году, после того как владельцы двух крупных трехпалубных судов поняли, что их суда слишком велики для захода в Венецианский порт, им разрешили продать корабли. Большие корабли запрещалось нагружать до максимальной отметки в пределах гавани – особенно во время отлива. Хотя большинство торговых судов осматривались портовыми чиновниками на пристани Сан-Марко, крупным кораблям разрешали пополнить груз и пройти еще один осмотр уже после того, как они проходили отмель вблизи Сан-Николо. «Порты» Маламокко и Кьоджа считались в те времена второстепенными, поэтому венецианцы всячески старались укрепить проход Сан-Николо: там построили волнолом, ограничили погрузку песка в качестве балласта (грузиться балластом можно было лишь в особо оговоренных местах). Кроме того, в прибрежных районах запретили вырубку и сожжение сосен, чтобы деревья прочнее удерживали почву. Сан-Николо оставался главным портом Венеции вплоть до XVI века.
Для усиления мер по охране порта назначали так называемых «стражей Лидо». В XIII веке им поручали следить за состоянием волнолома и маяков. Маяков было два; один стоял в Сан-Николо, на северо-восточной оконечности современного Лидо, а второй – на острове Санта-Елена. В 1407 году портовые службы объединили и подчинили так называемому адмиралу порта. В помощь кораблям, терпящим бедствие, вместо буксиров, столь заметных в современной Венеции, держали наготове большую шлюпку, управляемую 28 гребцами – во всяком случае, зимой. В шлюпке имелся запас перлиней и якорей. Адмирал порта квартировал в «замке» на маяке Сан-Николо. Над его жилищем красовалась эмблема, называемая «корзиной»; ее поднимали на топ мачты, показывая, когда начинается прилив, и спускали до половины мачты или ниже, если нужно было предупредить суда об отливе. По приказу адмирала проходы помечали вехами. В 1526 году случился большой скандал, когда едва не затонуло торговое судно, возвращавшееся из Александрии, потому что лоцман осмелился игнорировать вехи, расставленные адмиралом порта. Кроме того, адмирал порта досматривал все входящие и выходящие суда, дабы удостовериться, что их владельцы уплатили все надлежащие взносы. Такой же чиновник позже был назначен и в Маламокко.
Из-за отмелей и каналов, постоянно меняющих очертания, особую важность приобретала лоцманская служба. Лоцманы входили в привилегированное профессиональное объединение. Все портовые чиновники, подчинявшиеся адмиралу порта, в том числе смотрители маяков и судовые инспекторы, были вышедшими в отставку лоцманами. Для того чтобы иметь возможность вести суда в трудный зимний сезон, действующие лоцманы должны были с 1 сентября по 31 марта прибывать в город Паренцо на Истрии и там ждать, когда их возьмут на борт корабли, которым требовались их услуги. Помимо так называемых больших лоцманов, или педотти гранди, считавшихся аристократами и имевшими право выбирать работу на любых крупных судах (в 1458 году насчитывалось всего 13), имелись и малые лоцманы – они водили суда помельче. Хотя все лоцманы вынуждены были по полгода проводить на Истрии, все они были венецианцами; ни один уроженец Истрии в их цех не допускался.
Хотя проводить крупные суда мимо отмелей позволялось лишь избранным, все венецианцы, можно сказать, чувствовали себя на воде как дома. Жители других областей Италии подтрунивали над ними. Так, говорили: когда венецианец едет верхом, он обращается с уздечкой как с румпелем и обвиняет лошадь в «качке», если меняется направление ветра. В Средние века венецианцы чаще, чем сейчас, передвигались по своему городу и близлежащим островам на парусных лодках, барках и более мелких судах, напоминающих современные гондолы. Таким образом, в некотором смысле венецианцы оставались «речниками» даже после того, как их экономика стала зависеть от оптовых торговцев, собиравшихся вокруг Риальто, от органов власти, сконцентрированных на площади Сан-Марко, и от крупных судов, привозивших грузы из далеких земель.