На другой стороне пьяцетты расположилась центральная внутренняя гавань Венеции, набережная и пристань Сан-Марко. Этот водоем тянулся от замощенного дока перед дворцом дожа, который назывался Молом, до островного монастыря Сан-Джорджо Маджоре – в наши дни там разместился центр современного искусства Пунта делла Догана, образованный на месте бывшей таможни. Сегодня большие корабли, минуя пристань Сан-Марко, следуют к причалам рядом с железной дорогой. В Средние века большие корабли вставали на якорь у Мола или там, где сейчас находится Рива делья Скьявони; напротив Дворца дожей проходила перегрузка товаров с крупных кораблей на лихтеры. В Венеции долго не было центральной таможни; капитан корабля просто получал от портовых служащих квитанцию с разрешением на разгрузку. Стратегические товары, например соль, отправляли на правительственный склад; остальные грузы переносили на частные склады, которые купцы устраивали прямо в своих домах. До начала XIV века на пристани Сан-Марко также ремонтировали суда, грузили их балластом, но в 1303 году подобные действия запретили, так как важно было сохранить резервуар для прохода судов.
Главной транспортной артерией, ведущей от набережной через весь город, служил Большой канал. На его берегах до XIV века располагались лодочные и камнедробильные мастерские. Канал все больше забивался каменной крошкой и стружкой. Чтобы не препятствовать возрастающему транспортному сообщению между Сан-Марко и Риальто, в 1333 году корабелам и каменщикам приказали перебираться в другие места. По Большому каналу мог свободно пройти корабль водоизмещением 200 тонн. Его берега постепенно превращались в престижный жилой квартал. Стоящие там дворцы являются памятниками архитектуры. Самый оживленный участок Большого канала находился в районе деревянного моста Риальто: там баржи, идущие со стороны материка, встречались с кораблями, заходившими в канал с моря. Вначале площадь вокруг моста была базарной, и венецианцы покупали там продукты. Позже площадь Риальто превратилась в место встреч оптовых торговцев из разных стран. Венецианцы предлагали восточные специи и шелка, ломбардцы и флорентийцы – изделия из металлов и ткани. Для приезжих из Германии рядом с мостом возвели так называемый «германский постоялый двор», Фондако деи Тедески – нечто вроде отеля и склада одновременно. В Венецию приезжали торговцы из стран, расположенных по ту сторону Альп, а также из других областей Италии. При заключении сделок они пользовались услугами менял (позже банкиров), которые расставляли столы под портиком небольшой церкви Сан-Джакомо у западной оконечности моста. Чуть дальше на том же берегу канала построили правительственный зерновой склад, на котором хранились городские запасы. В XIII веке на Риальто появились учреждения, занимавшиеся финансовыми операциями. Там же заключались договоры на поставку грузов в иноземные порты или прибывавших из-за рубежа.
Венецию не обошли процессы, затронувшие и другие крупные европейские города. По мере того как Венеция превращалась в мировой рынок, ремесленников с Риальто вытесняли торговцы. На западном конце Большого канала расположился центр ткачества. Важнейшие предприятия средневековой Венеции, доки и судоремонтные мастерские, изначально размещались в основном на другом конце города, между пристанью Сан-Марко и Лидо. Почти до середины XIV века некоторые крупнейшие верфи располагались на самой пристани – теперь там находится королевский парк Джардинетто-Реале. Позже верфи оттуда вытеснили, а на их месте построили новый зерновой склад. Городские верфи переместились на восточную окраину города, ближе к Лидо. Там по приказу правительства еще в 1104 году построили обнесенный стенами Арсенал. Венецианский Арсенал можно считать скорее верфью, чем центром производства оружия, хотя одно время он объединял в себе обе эти функции. Первоначально его использовали в основном для хранения кораблей и оружия и поддержания их в боевой готовности, однако между 1303 и 1325 годами его территорию увеличили в два с лишним раза; там возвели стапели и ангары для строительства галер.