Замысел романа медленно зрел и на ходу менялся. В конце концов он приобрел очертания «Исповеди Клода». Реальная возможность приступить к работе появилась у Золя после его многотрудной жизни на улице Суффло. Именно здесь он собрал необходимый материал. Теперь не нужно было «измышлять триста страниц». Сама жизнь подсказывала героев, обстановку, интригу. Поступив на работу к Ашетту, Золя осуществит свой замысел. К концу 1862 года одна треть романа готова. Дальнейшая работа над ним, однако, приостановилась. Отвлекала служба, подготовка к печати «Сказок Нинон». Только в 1865 году, после первого серьезного успеха в литературе, Золя горячо берется за продолжение романа и заканчивает его в сентябре. В ноябре тот же Лакруа, который ровно год назад напечатал «Сказки», издает первый роман Золя.
Как и в «Сказках Нинон», Золя еще широко использует приемы романтической школы, но, по существу, он уже полемизирует с романтизмом. В посвящении Сезанну и Байлю Золя писал: «Вся эта книга — борьба между мечтой и действительностью». Рассказывая историю юноши Клода, приютившего у себя в мансарде проститутку Лоране и позднее влюбившегося в нее, Золя не оставляет места иллюзиям, развенчивая романтическую идеализацию богемы. Не случайно в романе возникают образы героев Виктора Гюго и Анри Мюрже, изобразивших идеальных куртизанок и девушек полусвета. Как не похожа история Клода и Лоране на историю Дидье и Марион, как не похожи его молодые люди на героев «Сцен из жизни богемы»! «Если мне вздумается, — говорит Клод, — рассказать людям о своей давно минувшей любви, я, наверно, уподоблюсь тем плаксивым мечтателям, которые украшают злых гениев и приделывают им крылышки. Этих обманщиков называют певцами юности».
В действительности жизнь молодых людей, вынужденных прозябать в мансардах, ежедневно недоедать, ничем не напоминает шумную и веселую жизнь богемы, которую нарисовали Мюрже и другие писатели. «Они создали обманчивый мир юных грешниц, чарующих своей беспечностью и легкомыслием. Вы знаете их всех, Мими, Пенсон и Мюзетт, они вам снились, когда вам было шестнадцать лет, может быть, вы даже их искали. Они лгут, лгут, лгут. Знаете ли вы, насколько в действительности безобразны мансарды?» — спрашивает Клод. Лоране еще юная девушка, но что сделала с нею жизнь! На всем ее облике лежит печать изношенности, старости. Еще печальнее история Марии, умирающей от туберкулеза.
Клод пытается воздействовать на Лоране, вернуть ее к жизни, к труду. Но сам он еще очень мало знает жизнь. «Как мне обучать науке жизни, если я с жизнью не знаком?» Он не в состоянии переделать Лоране. Оказывается, что вовсе не достаточно иметь благородное сердце и благие намерения. Действительность разбивает иллюзии, она не терпит созерцательности и пассивности. Трагедия Клода заключается еще и в том, что, надеясь перевоспитать Лоране с помощью труда, он перестает трудиться сам, опускается до пагубного безразличия к жизни.
Клоду противостоит Жак, его школьный товарищ. Жак жизненно активен, но вся его воля направлена не на благо других, а на утверждение своего эгоистического «я». «Сердце его закрыто наглухо», он будет жить, «исполняя свой долг и применяясь к господствующим нравам». Золя не приемлет Жака и осуждает его. Однако в жизни процветают Жаки, а не Клоды, которых волнует «беспредельное желание добра».
Золя сочувствует своему романтическому герою, но примечательно, что объективно он развенчивает и его. В конце романа Клод по отношению к Лоране поступает как настоящий эгоист и без зазрения совести отправляет ее на улицу. Поступок Клода приобщает его к добропорядочному обществу Жаков. Его гневные филиппики против Лоране и ей подобных звучат вполне благонамеренно, в духе традиционной буржуазной морали.
Слабый конец романа сослужил Золя известную службу. Дело в том, что новым его произведением заинтересовались высшие власти. По словам Поля Алексиса, «Исповедь Клода» некоторыми своими реалистическими деталями потревожила целомудренность прокурора империи. На роман заведено досье, чиновникам дано поручение выяснить личность автора, познакомиться с его прошлым и настоящим. Участие Золя в газете «Ле Травай», а до этого связь его с антибонапартистским кружком молодежи, издававшим журнал «Ле Ревю дю прогрэ», вызывают у полиции серьезные подозрения. Генеральный прокурор Парижа получает задание от министра — хранителя печатей расследовать дело и лично познакомиться с крамольным произведением. Генеральный прокурор, однако, приходит к выводу, что конец романа, нравственное раскаяние Клода не идут вразрез с моралью бонапартистского общества, и в этом духе пишет свое заключение. Вот этот любопытный документ: