До сих пор не решена проблема религии магов, которые являлись жрецами в западном Иране и играли большую роль в политической жизни Мидии и Ахеменидской державы. Некоторые исследователи (Ж. Дармстетер, В.В. Струве, И.М. Дьяконов и др.) полагают, что маги были мидийским племенем, представители которого монополизировали исполнение функций жрецов в Мидии, а вслед за ней и в других иранских областях. Другие ученые считают, что маги были первоначально жреческой мидийской или персидской кастой (Дж. Мессинаи др.). Но вопрос о характере религии магов разными учеными решается по-разному. Исходя из западноираиского происхождения зороастризма, Ж. Дармстетер и В. Джексон считали, что маги Мидии были зороастрийцами. И.М. Дьяконов, следуя обычному современному мнению о восточном происхождении зороастризма, полагает, что "термин «маги» изначально связывался с последователями учения Заратуштры и с зороастрийским жречеством". Существует и другая точка зрения, что маги Мидии не были зороастрийцами, хотя и являлись последователями маздеизма, развивавшегося в западном Иране в IX-VIII вв. до н.э. (В.В. Струве, Э.А. Грантовский).
По-разному трактуется и религиозная позиция магов в ахеменидскую эпоху (середина VI-IV вв. до н.э.). Как считают советские ученые М.А. Дандамаев и В.Г. Луконин, при Ахеменидах религии персидского народа, царей и магов «не вполне совпадали, хотя различия между ними постепенно стирались». С точки зрения некоторых других исследователей, признающих Дария I и Ксеркса последователями Зороастра (И. Гершевич и др.), маги не были зороастрийцами. По мнению части, ученых, считавших Зороастра современником Дария I, маги в раннеахеменидский период не были зороастрийцами и Дарий I выступил против них как против врагов новой веры; тогда маги были вынуждены принять зороастризм, но впоследствии исказили его, а в IV в. до н.э. последующие цари – Артарксеркс II и Артарксеркс III под влиянием магов отклонились от зороастризма (И. Хертель, Э. Герцфельд и др.). При этом ссылаются на то, что в надписях ранних Axeмeнидов упоминается только один Ахура-Мазда, а при Аратаксерксах II и III кроме Ахура-Мазды упомядуты Митра и Анахита.
Судя по надписям Дария 1 и Ксеркса, религиозная система Ахеменидов во многом напоминала зороастризм: верховным божеством признавался Ахура-Мазда, хотя культ древних богов по-прежнему существовал. Неотъемлемой частью ахеменидской религии был дуализм: противопоставление благого начала злому. Вместе с тем ряд положений и особая терминология в значительной степени отличались от зороастрийских.
Греческий историк V в. до н.э. Геродот, собравший подробные сведения по истории и обычаям древних персов и мидян, не упоминает имени Зороастра, хотя и сообщает о религии древних персов. Сведения Геродота о магах дают основание считать, что они придерживались представлений маздеистского типа: «Маги резко отличаются от остальных людей и египетских жрецов. Жрецы египетские свято блюдут правило не умерщвлять ничего живого, кроме жертвы. Маги, напротив, собственноручно умерщвляют всякое животное, кроме собаки и человека, а также вменяют себе в заслугу умерщвление возможно большего числа муравьев, змей и других пресмыкающихся и летающих животных».
Погребальные обряды древних персов не соответствовали .погребальным обрядам зороастрийцев, как они описываются в "Младшей Авесте. Сведения греческих авторов и археологические памятники говорят о существовании особых гробниц персидских царей, вырубленных в скалах (Накше Рустам), или надгробных башен. В то же время рядовых персов хоронили в земле, но предварительно их трупы покрывали воском. Погребальные ритуалы магов соответствуют обрядам погребения, описанным в Авесте, что подтверждает Геродот: «Трупы магов погребаются не ранее того, как их разорвут птицы или собаки». Более поздние греческие писатели и философы в конце ахеменидского периода уже знали имя Зороастра и характеризовали религию магов как зороастризм, хотя многое в их описаниях не совпадает с учением Зороастра и «более соответствует зороастризму, представленному в Младшей Авесте».
Видимо, в позднеахеменидское время был введен так называемый зороастрийский календарь, названия месяцев и дней в котором отражают состав пантеона божеств Младшей Авесты. Эти данные позволяют сделать вывод, что зороастризм в этой форме получил в то время признание в западном Иране и среди магов.
В 30-х годах IV в. до н.э. ахеменидская держава пала под ударами армий Александра Македонского. В конце IV в. до н.э. Иран вошел в состав греко-македонского государства Селевкидов, а затем царства новой иранской династии Аршакидов с центром в отпавшей от македонян в середине III в. Парфии. Парфянское царство Аршакндов просуществовало до начала III в. н.э.