В начале военной службы Фадеев был прикомандирован к штабу партизанских отрядов Приморья, которыми с мая 1919 года командовал Сергей Лазо. Вскоре Фадеев вместе со своими товарищами был отправлен в агитационный поход в Никольск-Уссурийский уезд с задачей организации новых партизанских отрядов. Буквально в каждом селе на пути следования им приходилось устраивать митинги и призывать мужское население к переходу на сторону советской власти. Именно во время этого похода Фадеев стал вести дневник, который сослужит ему хорошую службу в работе над первыми произведениями.
Друзья-однополчане в шутку называли Фадеева и трех его друзей четырьмя мушкетерами. Сам Фадеев позднее так напишет о своих друзьях: «Я на всю жизнь благодарен судьбе, что у меня в боевые годы оказалось трое таких друзей! Мы так беззаветно любили друг друга, готовы были отдать свою жизнь за всех и за каждого! Мы так старались друг перед другом не уронить себя и так заботились о сохранении чести друг друга, что сами не замечали, как постепенно воспитывали друг в друге мужество, смелость, волю и росли политически. В общем, мы были совершенно отчаянные ребята – нас любили и в роте, и в отряде. Петр был старше Гриши и Сани на один год, а меня – на два, он был человек очень твердый, неболтливый, выдержанно-храбрый, и, может быть, именно благодаря этим качествам мы не погибли в первые же месяцы: в такие мы попадали переделки из-за нашей отчаянной юношеской безрассудной отваги».
В августе 1919 года Фадеев оказался в партизанском отряде Петрова-Тетерина. В том же месяце под ударами превосходящих сил японцев и белоказаков партизанам пришлось отступить из Сучанской долины в глубь тайги. Осенью отряд, в котором находился Фадеев, встал на постой в его родном селе Чугуевке. Правда, родные Фадеева еще год назад перебрались на жительство в город, поэтому Александр их уже не застал.
В январе следующего года партизаны Приморья перешли в наступление и освободили город Спасск. После вступления в город Фадеев и его двоюродный брат Игорь Сибирцев были избраны в состав Спасского укома РКП(б) и делегатами на IV Дальневосточную краевую конференцию РКП(б), которая состоялась в начале марта. В том же месяце по предложению Сергея Лазо Сибирцев был назначен комиссаром Спасско-Иманского военного района, а Фадеев его помощником.
В начале апреля, нарушив мирное соглашение, японские войска напали на партизанские отряды и гарнизоны красных войск во Владивостоке, Хабаровске, Спасске и других городах Приморья. Во время одного из этих боев Фадеев был ранен. Он наверняка бы погиб, если бы не его товарищ С. Пищелка, который, рискуя жизнью, по пояс в ледяной воде, вынес тяжело раненного Фадеева из японского окружения. Выздоравливал Фадеев уже в городе Имане.
В мае 1920 года Фадеев принял активное участие в эвакуации военного имущества, вооружения и боеприпасов из Приморья в Амурскую область. На пароходике «Пролетарий» с прицепленной баржей он проделал шесть рейсов по реке Уссури. Позднее он так опишет это время: «Рейсы по Уссури в 1920 году – одно из самых счастливых воспоминаний моей юности. Мне было 18 лет. Я поправлялся после ранения, полученного мною под Спасском, еще хромал, но уже было ясно, что все будет хорошо. Все время стояла ясная солнечная погода, мы много ловили рыбы неводом, и я – по немощности – бывал за повара. В жизни не едал такой жирной налимьей и сомовой ухи. Постоянное напряжение, опасности, наши, иногда кровопролитные, схватки с дезертирами из армии, не раз пытавшимися овладеть пароходом, чтобы удрать за Амур, – все это только бодрило душу».