Первоначально "Зениты" были оснащены комплексом "Фтор", состоявшим из фотоаппаратов "СА-20" и "СА-10", фототелевизионной аппаратуры "Байкал" и аппаратуры "Куст-12М" для радиоразведки. Однако после первых испытательных полетов стало ясно, что фототелевизионные устройства, которые должны были передавать снимки по радиоканалу, не соответствуют требованиям заказчика (нечто подобное произошло и у американцев). Их убрали, а освободившееся место использовали для расширения фотокомплекса: "Фтор-2Р" для поздних спутников "Зенит-2" включал уже три камеры "СА-20" и одну "СА-10". Комплект из трех длиннофокусных фотоаппаратов обеспечивал ширину полосы съемки в 180 км при высоте полета 200 км. Пленка состояла из 1500 кадров, то есть суммарная снимаемая площадь за время полета была равно 5,4 млн кв. км. Трехосную ориентацию спутника-разведчика поддерживал комплекс управления движением "Чайка", состоявший из инфракрасной вертикали, гироорбитанта и системы ионной ориентации по курсу. Для соблюдения режима секретности была установлена система аварийного подрыва объекта "АПО-2": в отличие от использовавшейся ранее она обладала более сложной "логикой", позволявшей с большой степенью уверенности определить, садится аппарат на своей или на чужой территории. Помимо основной аппаратуры на "Зенитах" иногда устанавливались научные приборы для проведения различных экспериментов (по метеорологии, регистрации космических частиц и тому подобные).
Из-за повышенной сложности электронных целей "Зенита-2" конструкторам пришлось разработать специальную процедуру монтажа и проверки. И все равно первый аппарат, стартовавший на орбиту 11 декабря 1961 года, был еще сырым и, вероятно, не сумел бы выполнить программу. Однако установить это не удалось: запуск сорвался из-за аварии ракеты-носителя "Р-7А" на участке работы третьей ступени (блока "Е"). Сам аппарат был ликвидирован системой АПО.
Пока дорабатывали третью ступень ракеты, конструкторам разведывательного корабля-спутника удалось решить большинство технических проблем. И следующий запуск, состоявшийся 26 апреля 1962 года, прошел успешно. В открытой печати аппарат получил официальное наименование "Космос-4". В ходе полета из-за стравливания воздуха из баллонов через клапан дренажа произошел отказ системы ориентации, и спускаемый аппарат был возвращен по прошествии всего трех суток. Хотя значительная часть полета "Космоса-4" проходила в неориентированном режиме, фотографирование все же проводилось и удалось получить несколько десятков неплохих снимков территории США. Сотрудники лаборатории Главного разведывательного управления даже пригласили Сергея Королева посмотреть на них. Остался доволен результатом и Никита Хрущев, который высказался в том смысле, что спутников фоторазведки надо делать больше и запускать чаще. Конструкторы могли вздохнуть с облегчением.
Следующий "Зенит-2" ("Космос-7") вышел на орбиту 28 июля 1962 года. Располагая накопленным опытом, его создатели опробовали различные режимы фотографирования: малыми сериями и протяженными трассами, при различной освещенности и разном положении Солнца. Хотя конструкторы сумели добиться результата, в два раза перекрывшего требования военных (реальное разрешение фотоаппаратуры "Фтор" составило 5–7 м против 10 м, заложенных в проекте), те захотели большего: поднять разрешающую способность до 3 м. Чтобы выйти на такой уровень, потребовалось улучшать качество пленки, фотоаппаратуры и дорабатывать систему ориентации "Чайка". В ОКБ-1 приступили к проекту спутника "4К" ("Зенит-4"), оснащенного фотокомплексом "Фтор-4" и корректирующей двигательной установкой.
Испытательные запуски "Зенитов-2" продолжались до 18 октября 1963 года. Надежность космического разведчика и его систем была доказана. Всего с декабря 1961 года было отправлено тринадцать "Зенитов-2". Из них десять выполнили свои задачи, три провалились по вине ракет. Приказом министра обороны 10 марта 1964 года "Зенит-2" вместе с ракетой-носителем и всем испытательным оборудованием был принят на вооружение Советской армии. Собственно, это был первый в СССР случай подключения сложного космического объекта к военному арсеналу.