Достижение несомненное, но детальный анализ телеметрии показал, что стыковка завершилась лишь механическим захватом: направляющий штырь активного корабля погнулся и не смог полностью войти в приемное устройство пассивного корабля. Несмотря на неисправность и перерасход топлива, корабли удалось развести. Новые проблемы начались на этапе спуска. "Космос-186" из-за сбоя солнечно-звездной ориентации выполнил посадку по баллистический траектории, приземлившись в нерасчетном районе. Пассивный корабль "Космос-188" решили сажать с помощью ионной ориентации, но и она подвела — траектория оказалась слишком пологой, и спускаемый аппарат был уничтожен системой автоматического подрыва.
Госкомиссия больше не спешила с возобновлением пилотируемых полетов, и на орбиту отправились еще два беспилотных "Союза" для выполнения повторной автоматической стыковки. Четырнадцатого апреля 1968 года стартовал "Космос-212" ("7К-ОК(А)" № 8); на следующий день запустили "Космос-213" ("7К-ОК(П)" № 7). На этот раз сближение, причаливание и стыковка были выполнены безукоризненно, а еще через пять дней спускаемые аппараты успешно приземлились в заданных районах. С 28 августа по 1 сентября 1968 года без замечаний прошел "зачетный" одиночный полет беспилотного корабля "Космос-238" ("7К-ОК(П)" № 9), и только после него Госкомиссия постановила вновь вернуться к пилотируемым полетам.
Тут нужно вспомнить, что в то самое время американцы уже завершили программу "Gemini", в ходе которой отрабатывались этапы полета на Луну, и перешли к активной реализации программы "Apollo". В октябре 1968 года на околоземной орбите побывал первый пилотируемый корабль нового типа "Apollo 7", а месяцем позже НАСА объявило о своей готовности отправить командно-служебный модуль корабля "Apollo 8" с астронавтами на борту в уникальный рейс с облетом Луны. То есть Советский Союз сильно отставал в лунной гонке и мог преодолеть разрыв лишь каким-то неожиданным смелым ходом. Советские космонавты обратились к правительству с предложением отправить экипаж из двух человек в облет Луны на корабле типа "Зонд" ("7К-Л1"), созданном на основе "Союза", и отобрать приоритет хотя бы у "Apollo 8". Но постоянные технические сбои, сопровождавшие программу, не внушали уверенности в успехе, поэтому правительство отказалось от рискованной затеи.
Двадцать пятого октября 1968 года с 1-й площадки космодрома Байконур стартовал беспилотный корабль, получивший имя "Союз-2" ("7К-ОК(П)" № 11). Через сутки с 31-й площадки был запущен "Союз-3" ("7К-ОК(А)" № 10), пилотируемый Георгием Береговым. Активный корабль вышел точно на заданную орбиту и после отделения от третьей ступени ракеты оказался всего в 11 км от "Союза-2". Сразу прошел сигнал "захват цели" системы "Игла", и началось автоматическое сближение кораблей. На расстоянии 200 м от пассивного корабля Береговой взял управление на себя, однако ему никак не удавалось держать свой "Союз-3" по курсу, и "Союз-2" автоматически отвернул в сторону. Повторная попытка стыковки тоже не удалась. Перерасход топлива из-за всех этих маневров оказался столь велик, что его едва хватало на посадку. Заслушав доклады специалистов, Госкомиссия приняла решение завершить полет: оба спускаемых аппарата приземлились благополучно.
Расследование показало, что корабли при сближении были перевернуты друг относительно друга на 180°, чего космонавт не мог определить визуально, и автоматика, которая "видела" проблему, в последний момент разводила их. Вывод комиссии был однозначным: причиной невыполнения программы полета стала ошибка космонавта. Тем не менее вряд ли нужно всю вину перекладывать на Георгия Берегового, ведь специалисты не учли, что ему приходилось работать в экстремальных условиях: стыковаться на первом же витке, без адаптации к невесомости и новому пространству, без связи с Землей и на ночной стороне, где плохо видна цель. Кроме того, процесс сближения кораблей в перевернутом положении не отрабатывался на тренажере — почему-то конструкторы забыли о такой возможности. Разумеется, в официальных сообщениях ТАСС об этой неудаче, как и о всех прочих, кроме гибели "Союза-1", не было сказано ни слова, — наоборот, полет Берегового представили как очередной значительный успех советской космонавтики.