В соответствии с программой были задействованы все системы "Алмаза", раскрыты солнечные батареи, станцию сориентировали на орбите. В отсеках поддерживался нормальный тепло-влажностный режим атмосферы. Радиоуправление и телеметрия обеспечивали постоянный контроль. Последовательно 4 и 8 апреля были проведены коррекции, и "Салют-2" поднялся с орбиты выведения (215 х 260 км) на рабочую (261 х 296 км). Четырнадцатого апреля станция ушла на "глухие" витки, которые не контролировались советскими средствами управления. И при выходе с этих витков в ночь на 15 апреля был зафиксирован отказ основной системы телеметрии. Дополнительная телеметрия показала резкое падение давления в гермоотсеке станции. В интервале между 177-м (14 апреля) и 193-м витками (15 апреля) было отмечено "изменение параметров орбиты, объясняемое действием внешних сил".
Государственная комиссия постановила, что "наиболее вероятной причиной аварии явился производственный дефект в двигательной установке". Однако у разработчиков станции остались сомнения в истинности этой версии. Тридцатого апреля в американской прессе появилось сообщение, что 14 апреля (то есть на "глухих" витках) "Салют-2" испытал "катастрофическое разрушение", причем от станции отделилось два десятка фрагментов, многие из которых быстро сошли с орбиты. Дальнейшее изучение вопроса привело конструкторов станции к выводу, что после выхода на орбиту взорвались остатки топлива в третьей ступени ракеты-носителя — в результате образовалось облако обломков, в которое вошел "Салют-2" и в котором он, очевидно, получил повреждение. Понятно, что эксплуатировать искалеченную станцию не было никакой возможности.
Теперь наступила очередь конкурентов из ЦКБЭМ. Научно-исследовательская орбитальная станция "ДОС-3" ("17К" № 123) должна была отправиться в космос 8 мая 1973 года. К экспедиции на нее готовились те же космонавты, которые собирались лететь на "ДОС-2"; основным экипажем по-прежнему оставались Алексей Леонов и Валерий Кубасов. Но в этот день запуск не состоялся. После объявления 20-минутной готовности обнаружилась течь окислителя в районе бокового блока "Г" первой ступени "Протона". Госкомиссия отменила старт. Между Василием Мишиным и Владимиром Челомеем, отвечавшими за ракету, возник спор: первый требовал заменить носитель, второй обещал отремонтировать его прямо на стартовой позиции. В итоге возобладало мнение Челомея.
Запуск "ДОС-3" состоялся уже 11 мая 1973 года. Станция была выведена на орбиту без замечаний. И тут неудачно сложились технические и организационные проблемы. На первом витке станция должна была погасить колебания и построить ориентацию для подъема орбиты. Подчиняясь сигналам нового ионного датчика, система ориентации и стабилизации так энергично работала с двигателями, что их выхлоп искажал сигналы датчика, и станция принялась "раскачиваться". Когда информация об этом дошла до Евпатории, было уже поздно: команда "отключить борт" не прошла. За полтора витка "ДОС-3" выработала весь бортовой запас топлива и стала неуправляемой.
Чтобы скрыть провал, выпустили сообщение ТАСС о старте тяжелого спутника "Космос-557", который "прошел успешно". Впрочем, западные эксперты быстро сумели установить природу "безликого" спутника по перехваченным радиосигналам. Двадцать второго мая 1973 года в результате естественного торможения станция сошла с орбиты.
Нужно было что-то делать с четырьмя готовыми "Союзами" для доставки экипажей на "ДОС-3" ("7К-Т" № 34,35,36 и 37). Ресурс хранения многих бортовых приборов и устройств истекал, посему требовалось либо запускать корабли, либо демонтировать их. Госкомиссия постановила запустить три судна в беспилотных вариантах для полномасштабных испытаний, от которых прежде отказались. Пятнадцатого июня 1973 года в двухсуточный полет отправился корабль "7К-Т" № 36 ("Космос-573"). Тридцатого ноября 1973 года стартовал "7К-Т" № 34 ("Космос-613") для 60-суточных ресурсных испытаний. А вот № 35 в космос так и не попал — его использовали для натурных испытаний новой системы аварийного спасения.
Оставался еще корабль "7К-Т" № 37 — его все-таки решили запустить с экипажем на борту для автономного испытательного полета. В период с июля по сентябрь 1973 года к полету на нем готовились два экипажа. Двадцать седьмого сентября, через два с лишним года после трагедии "Союза-11", на орбиту отправился "Союз-12" с экипажем в составе Василия Лазарева и Олега Макарова. В течение двухсуточного полета космонавты провели испытания модернизированного корабля, а также новых скафандров "Сокол-К".