В ходе налета Зекка на кашииикские промышленные центры юные джедаи яростно противостояли врагам, но силы были неравны: Академия бросила в бой штурмовиков, Ночных Сестер и прочих темных джедаев из числа своих студентов. Зекк загнал бывших друзей глубоко в чащу дикого леса. Джейсен, Джейна, Лоубакка и Тенел Ка одолели большинство врагов, но Джайне пришлось особенно туго — Зекк отрезал ей путь к отступлению и отсек от остальных. Он не мог заставить себя поднять на нее меч, но вместо этого предупредил, чтобы она поскорее убиралась с Явина-4, ибо вскоре от джедайской Академии ничего не останется, и от студентов тоже. С этими словами он и покинул планету вуки, а его отряды увозили богатую добычу — они забрали все необходимое оборудование.
Таинственный, невидимый Император, так и не покидая саркофага, неожиданно сделал важное заявление. Ему не терпелось встать во главе «Второй Империи», и потому он отдал приказ атаковать Явин-4. Все необходимое для начала военных действий у заговорщиков уже было.
Юные джедаи поспешили на Явин, подняли всеобщую тревогу и приготовились к бою. Войскам Новой Республики была отправлена просьба о помощи, а Люк Скайуокер и его студенты решили пока держать оборону собственными силами. Вскоре зловещий силуэт Академии Теней возник в небе над Явином-4, а затем планету атаковали имперские войска: ДИ-истребители и штурмовики. Кроме того, на планету высадились полчища темных джедаев, которых вели в бой Зекк и Ночная Сестра Тамит Кай. А Бракисс в это время командовал военной операцией с орбиты, получая приказы Императора Палпатина по головидению.
Ученики Скайуокера показали себя отважными бойцами. Тенел Ка в одиночку подбила летающую боевую платформу, с которой Тамит Кай командовала передвижениям войск по джунглям, и бронированная машина рухнула в реку, а Тамит погибла. Джейна Соло угнала приземлившийся было имперский истребитель и задала врагам трепку их же оружием.
Пока Новая Республика отряжала флот на подмогу Академии, Бракисс вновь встретился со Скайуокером лицом к лицу, и учитель с учеником обнажили мечи. Но когда Люк уже почти одолел главу Академии Теней, Бракисс бежал обратно на орбиту. У него едва хватило сил добраться до борта Академии Теней.
Понимая, что поражение близко, Бракисс потребовал встречи с Императором. Двое гвардейцев попытались было воспрепятствовать этому, но Бракисс, недолго думая, сразил их световым мечом, а затем тем же оружием взломал непроницаемую дверь императорского саркофага. Каково же было его удивление, когда внутри он увидел третьего гвардейца, сосредоточенно работавшего за пультом управления в окружении множества компьютеров и голографических передатчиков. Итак, тайна саркофага была раскрыта: Император вовсе не воскресал! Красные гвардейцы создали убедительную иллюзию и умело ею пользовались, чтобы захватить власть над «Второй Империей». Третьему гвардейцу чудом удалось спастись от разъяренного Бракисса и бежать, но в последний миг он успел запустить программу самоуничтожения станции, и Академия Теней взлетела на воздух.
Когда огненный шар взрыва озарил небо над джунглями Явина-4, имперские войска поняли, что битва проиграна. И все же один из солдат пробрался в Великий Храм, где располагалась Академия джедаев, и заложил там бомбу замедленного действия. Когда оставшиеся в живых ученики Скайуокера, в том числе близнецы Соло и их друзья, направились было в Храм, дорогу им преградил Зекк.
Он был совершенно сломлен, ибо только сейчас осознал, что натворил, сколько зла причинил и скольких людей предал. Джейна решила было, что он намерен сражаться с ними не на жизнь, а на смерть, но на самом деле Зекк хотел лишь не дать им пойти на верную гибель. Бомба взорвалась, и большая часть храма-пирамиды рухнула. Никто не пострадал, но только благодаря Зекку — под сводами храма они были бы обречены.
Заговор «Второй Империи» был разгромлен, Академия Теней более не существовала, а оставшихся в живых имперцев и темных джедаев взяли в плен.
Сразу же по окончании военной операции ученики Скайуокера занялись восстановительными работами на территории Академии. Заработали не только руки, но и Сила. На развалинах Массассийского Храма Люк обратился к студентам с речью, призывая их продолжать учебу и готовиться к новым испытаниям. Были приняты меры предосторожности на будущее: над Явином-4 воздвигли защитный экран, планета обзавелась системой охраны, да и корабли Новой Республики теперь патрулировали орбиту, чтобы в следующий раз Академия не пострадала при внезапной атаке. Скайуокеру, конечно в глубине сердца, хотелось, чтобы его детище было более закрытым заведением, но он смирился с суровой необходимостью.