Внутренние войска МВД России в рамках контртеррористической операции провели уже к декабрю 1999 года более 130 специальных операций против вооруженных бандформирований и их пособников, по обнаружению и изъятию оружия, боеприпасов и военной техники у населения, а также проверке паспортного режима. Результат: взяты под контроль более 90 населенных пунктов на территории Дагестана и Чечни, задержано за преступления и административные правонарушения 133 человека, изъято 203 единицы огнестрельного оружия, около 400 ручных гранат, более 10 тысяч различных боеприпасов. Обнаружено и уничтожено более 660 взрывоопасных предметов. А еще внутренние войска задерживали автомашины, перевозившие ворованные грузы, уничтожали минизаводы по производству левых ГСМ.
Командующему генералу Панькову нужно было принимать участие в создании военных комендатур в освобожденных селах, налаживать работу местных органов власти. Очень больной вопрос — беженцы. Совместно с МЧС, сотрудниками органов внутренних дел надо было организовать их пропуск с территории Чечни через КПП “Кавказ”, разместить.
Новый, 2000 год начинался для него непросто. Он стал уже Героем России и был повышен в звании до генерал-полковника, но оставался на передовой со своими войсками, которым было очень трудно. Войска штурмовали Грозный. И штурм этот - мучительный, тяжелый, когда драться приходилось за каждый дом, за каждый квартал, за каждую улицу - и для войск, и для Панькова лично был тем моментом истины, которым проверялась верность выбранного еще осенью пути.
Паньков убежден был твердо: путь верный. Брать Грозный нужно, не брать — нельзя. Вот только с чем в корне был не согласен, так это с методами, которыми в верхах решено было выбивать засевших в бетонных джунглях чеченской столицы боевиков. Не ополченцев, не разрозненных “партизан”, а матерых, с бородами до пупа, опьяненных кровью и ваххабитскими истинами “псов войны” — арабских наемников, террористов-профессионалов, которым терять уже было нечего. Для этих Грозный был важен не менее, а может быть, и более, нежели для федеральных войск. Сдавать город они не собирались. Решение о судьбе чеченской столицы принималось на самом верху. Оно неприятно удивило Панькова. Еще бы: в городе планировалось провести “спецоперацию по поиску и уничтожению незаконных вооруженных формирований”. Говоря проще — жесткую зачистку. Исключительно силами внутренних войск и подразделений МВД. Армию, до этого огненным катком сминавшую боевиков на равнине, в Грозном задействовать не предполагалось. Армию оставляли в оцеплении района проведения спецоперации. В город на глубокоэшелонированную оборону противника бросали подразделения Министерства внутренних дел, у которых не было ни тяжелого вооружения, ни вообще достаточно сил и средств.
Но приказ есть приказ. И свое несогласие с принятым решением Панькову пришлось упрятать подальше. Необходимо было выполнять приказ. Имеющимися силами. То бишь полками и бригадами, не имевшими к тому времени ни дня передышки. Как вошли вместе с Михаилом Анатольевичем в Дагестан, так и дошли вместе с бессменным своим командующим до столицы Чечни. И хоть для проведения спецоперации была создана отдельная группировка, получившая название “Особый район г.Грозного”, с опытным армейским генералом Булгаковым во главе, и хоть от внутренних войск у Булгакова был заместитель - генерал Ивлев, Паньков в эти неимоверно трудные дни для себя решение принял: быть с войсками, помогать, чем только можно. Потому что здесь под свинцовым ливнем по городским улицам прорывались его солдаты и офицеры.
Все внимание штаба группировки, которую он возглавлял, в те дни было сосредоточено на Грозном. Сложнейшие вопросы взаимодействия между подразделениями разных ведомств, всестороннего обеспечения боевых действий Панькову и штабу группировки внутренних войск пришлось решать в предельно сжатые сроки. Каких усилий это стоило -знает только сам Михаил Анатольевич. А ведь кроме Грозного непростая обстановка складывалась и в других районах Чечни - в Аргуне, Гудермесе, Шали. На нее тоже нужно было оперативно реагировать...
В первые дни спецоперации штаб группировки из Моздока был переведен в только что освобожденную Ханкалу. Поближе к месту разворачивающихся событий. Это было явным признаком смещения приоритетов всей кампании. Овладение Грозным становилось ключевым моментом тех дней.