Внутренние войска уже 26-29 декабря — в первые сутки спецоперации — столкнулись с ожесточенным, упорным сопротивлением боевиков по всему фронту. На трех направлениях штурмовые отряды встретились с хорошо подготовленной, глубокоэшелонированной обороной противника. Войска встали. Появились потери, которые вполне могли сломить любого. Уже спустя два-три дня после начала наступления стало ясно: принятое решение о проведении специальной, по сути дела, милицейской операции было в корне ошибочным. И здесь уже проверялся не только профессионализм командиров, но и их воля. В тяжелейшей ситуации, когда казалось, что и с места сдвинуться невозможно, нужно было найти решение, заставить солдат поверить в победу. Поверить в то, что удастся взять этот чертов город, одолеть террористов. И главное — нужно было оперативно исправлять ошибки, вносить коррективы в дальнейшую схему движения вперед. Что и было сделано при непосредственном участии генерала Панькова. Штурмовые отряды хоть и медленно, но двинулись к центру города.
Командующему и штабу группировки приходилось отрабатывать огромный объем возникающих в тот период вопросов по полноценному обеспечению действий штурмовых подразделений техникой, боеприпасами, питанием, водой. В войска было отправлено по три-четыре боекомплекта к артиллерийским системам, стрелковому оружию. Кроме того, было учтено, что противник может применить отравляющие вещества. Что и случилось в первых числах января на северо-востоке Грозного. Бандиты подорвали емкости с хлором — враг не останавливался ни перед чем.
Командующего в эти январские дни нового, 2000 года чаще видели на передовой, в боевых порядках бригад и полков внутренних войск, штурмующих кварталы Грозного, чем в штабе группировки. Михаил Анатольевич в те дни находился на самых важных участках операции, там, где его присутствие было важнее всего. Нередко весть о том, что прибыл командующий, подбадривала людей, и морально, и физически истощенных бесконечными боями, помогала мобилизоваться. Так было в софринской бригаде, которая мучительно, дом за домом брала сначала Старопромысловский, а потом вгрызалась в Заводской район Грозного. Софринцам было особенно тяжело. Их действиями в ту пору не очень были довольны наверху — мол, бригада идет слишком медленно, темп наступления не выдерживает. Но Паньков, прибывший в расположение части, не подгонял командира полковника Фоменко. Он прибыл помогать, а не ломать людей через колено. Сам не любил суетливых, крикливых, нервно-возбужденных людей, а всегда ценил в командирском труде спокойствие, уверенность, трезвую мысль. Только так можно побеждать. Только так можно сберечь людей — а это для всех командиров в тот период категорическое условие.
Паньков верит в своих солдат и офицеров, в своих комбригов и комбатов. Знает: им в первом эшелоне как никому другому виднее, что нужно делать, чтобы победить. Но он и помочь может реально: в распоряжении командующего группировкой хоть и ограниченные, но все же весьма ощутимые возможности. Вот только использовать их нужно не просто эффективно, а ювелирно. Для этого Паньков и работает в боевых порядках. Мотается по району боевых действий. Его видят то на западе, то на востоке, то на севере. В кабинете в Ханкале всех нюансов не уловишь, всей картины не охватишь. Ее, картину боя, видеть и понимать можно только здесь, в окопе, на КП, который в нескольких сотнях метров от переднего края. Да и, кроме того, ему, генералу Панькову, нельзя не быть рядом со штурмовыми отрядами. Он очень хорошо знает Грозный. Не только по прошлой чеченской кампании. Еще в советские времена три года командовал грозненским полком внутренних войск. При нем были возведены новые казармы, построено здание штаба...
17 января 2000 года, в день начала второго этапа спецоперации в Грозном, когда наконец-то наверху было принято решение об изменении тактики действий в городе, Михаил Анатольевич снова был на важнейшем направлении предстоящего штурма. На окраине Заводского района он с КНП смотрел на то, что осталось от расположения полка, которым он командовал когда-то. Груда развалин, в которых засели боевики. Через несколько минут на эти бетонные развалины пойдут его войска, правда, уже при поддержке армейских подразделений. Тот день, наверное, для него был одним из самых тяжелых во всей грозненской операции. И не только потому, что болело сердце при взгляде на рушащиеся под ударами артиллерии стены возведенных им когда-то казарм. На его глазах погиб генерал Малофеев, старший на западном направлении штурма. Цена операции в Грозном становилась все выше.